Meta analysis of Alzheimer's disease at the gene expression level
Alzheimer hastalığının gen anlatımı düzeyinde meta analizi
- Tez No: 463573
- Danışmanlar: DOÇ. DR. MEHMET SOMEL
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2017
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 138
Özet
Bu çalışmada, yayınlanmış mikrodizin gen ifade veri setleri kullanılarak, kontrol gruplarına kıyasla Alzheimer hastalarının postmortem beyin bölgelerindeki ortak gen ifade değişiklikleri araştırılmış ve bu ortak değişimlerin muhtemel fonksiyonel sonuçları saptanmaya çalışılmıştır. Çalışmadaki hipotezimiz, Alzheimer hastalığı gelişimi sırasında farklı beyin bölgelerinde ortak bir şekilde moleküler yolaklarda dengenin bozulmasına, değişmesine ve işlevsel bozukluğa neden olmasıdır. Toplamda 13 veri seti incelenmiş, bir tanesinin kalite kontrolü sonucu çalışmadan çıkarılması suretiyle 7 farklı beyin bölgesini kapsayan 12 veri seti analiz edilmiştir. Çalışmada, ayrı ayrı her bir veri setinde farklı gen ifadesi gösteren genlerin tespiti şeklindeki standart yaklaşım yerine, veri setleri arasındaki ortak gen ifadesi değişimi eğilimlerinin tespiti ve bunların istatistiksel anlamının yapılandırılmış permütasyonlar yoluyla belirlenmesi yöntemi kullanılmıştır. Veri setleri arasında ortak 8000'in üzerindeki gen arasından Alzheimer'de anlatımı ortak biçimde artma eğilimi gösteren 631 tane ve anlatımı azalma eğilimi gösterene 580 tane gen tespit edilmiş ve bunların istatistiksel olarak yüksek derecede anlamlı olduğu belirlenmiştir. Daha sonra bu genler kullanılarak, GO Biyolojik İşlev zenginleştirme analizi yapılmış ve anlatımı artan genlerin 343 GO kategorisinde, anlatımı azalan genlerin ise 94 GO kategorisinde zenginleştiği bulunmuştur. 343 GO kategorisi arasında en dikkat çekici olanlar, protein modifikasyonu, farklılaşma ve hücre döngüsüdür. Aynı zamanda, hücre-hücre sinyali, sinaptik aktivite ve enerji metabolizmasıyla ilişkili yolakların ise anlatımı azalan genlerde zenginleştiği gösterilmiştir. Bu çalışma, Alzheimer hastalığındaki patolojik değişikliklerin etkileriyle moleküler değişikliklerin aynı doğrultuda olduğu göstermekte ve farklı beyin bölgelerinin aslında benzer şekilde hastalıktan etkilendiğine işaret etmektedir.
Özet (Çeviri)
In this study, publicly available microarray gene expression datasets are used to investigate common gene expression changes in different postmortem brain regions in Alzheimer's Disease (AD) patients compared to control subjects, and to find possible functional associations related to these changes. The hypothesis is that pathogenesis of the disease converges into common patterns of dysregulation/alteration or dysfunction in molecular pathways across different brain regions in AD. In total, I studied 13 datasets, one of which was excluded from the analysis in quality checks, resulting in 12 datasets spanning 7 different brain regions. Instead of using the standard approach to identify differentially expressed genes in each dataset independently, I used an alternative scheme, focusing on shared trends across all datasets, and testing their significance using cross-dataset structured permutations. Among more than 8000 common genes in all 12 datasets, I identified those showing shared upregulated (631) or downregulation (580) trends in AD across all datasets, which was highly significant compared to permutations. I then performed GO Biological Process enrichment analysis on both gene sets. There were 343 GO BP categories enriched for upregulated genes and 94 GO BP categories enriched for downregulated genes. Among 343 GO categories enriched for upregulated genes, the most noticeable ones include protein modification,differentiation, and the cell cycle. Furthermore, cell-cell signaling, synaptic activity and energy metabolism related pathways are enriched in downregulated genes. These findings are in line with the effects of pathological changes in AD and suggests that different brain regions share common pathways deregulated by AD.
Benzer Tezler
- Fluorescent labeling of SPOCK1 and localization studies in live neural cell lines
Canlı sinir hücre hatlarında SPOCK1'ın floresan işaretlenmesi ve lokalizasyonu
ZEYNEP EDA KARABOĞA
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÇAĞDAŞ DEVRİM SON
DOÇ. DR. YEŞİM AYDIN SON
- Investigation of angiotensin – converting enzyme I/d polymorphism in patients with alzheimer's disease
Alzheımer hastalarında anjiyotensin dönüştürücü enzim I/d polimorfizminin incelenmesi
EZGİ YALÇINKAYA
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
Moleküler TıpYeditepe ÜniversitesiMoleküler Tıp Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ALTAY BURAK DALAN
- Comparison of Entropy and Ensemble-based feature selection through network analysis of Alzheimers disease-associated variants
Alzheimer ile ilişkili varyantların ağ analizi üzerinden Entropy ve Ensemble bazlı değişken seçiminin karşılaştırılması
SEVDA RAFATOV
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
BiyoistatistikOrta Doğu Teknik ÜniversitesiSağlık Bilişimi Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. YEŞİM AYDIN SON
- Alzheımer hastalığı ile ilişkili bazı genlerdeki tek nükleotid polimorfizmlerinin in siliko olarak değerlendirilmesi
In silico evaluation of single nucleotide polymophisms in some genes related to Alzheimer's disease
ARASH REZAEIRAD
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
BiyolojiÜsküdar ÜniversitesiMoleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ÖMER FARUK KARASAKAL
DOÇ. DR. MESUT KARAHAN
- Understanding neurodegeneration: Pathway analysis of neurodegenerative disorders by merged and meta-analyzed gene expression data
Sinirbozunumunu anlamak: Sinir bozunum hastalıklarının birleştirilmiş ve meta-analiz edilmiş gen ifade verisi ile yolak analizi
ABDULAHAD BAYRAKTAR
Yüksek Lisans
İngilizce
2019
BiyoistatistikMuğla Sıtkı Koçman ÜniversitesiBiyoenformatik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÖMÜR BAYSAL