Meta analysis of Alzheimer's disease at the gene expression level
Alzheimer hastalığının gen anlatımı düzeyinde meta analizi
- Tez No: 463573
- Danışmanlar: DOÇ. DR. MEHMET SOMEL
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2017
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bu çalışmada, yayınlanmış mikrodizin gen ifade veri setleri kullanılarak, kontrol gruplarına kıyasla Alzheimer hastalarının postmortem beyin bölgelerindeki ortak gen ifade değişiklikleri araştırılmış ve bu ortak değişimlerin muhtemel fonksiyonel sonuçları saptanmaya çalışılmıştır. Çalışmadaki hipotezimiz, Alzheimer hastalığı gelişimi sırasında farklı beyin bölgelerinde ortak bir şekilde moleküler yolaklarda dengenin bozulmasına, değişmesine ve işlevsel bozukluğa neden olmasıdır. Toplamda 13 veri seti incelenmiş, bir tanesinin kalite kontrolü sonucu çalışmadan çıkarılması suretiyle 7 farklı beyin bölgesini kapsayan 12 veri seti analiz edilmiştir. Çalışmada, ayrı ayrı her bir veri setinde farklı gen ifadesi gösteren genlerin tespiti şeklindeki standart yaklaşım yerine, veri setleri arasındaki ortak gen ifadesi değişimi eğilimlerinin tespiti ve bunların istatistiksel anlamının yapılandırılmış permütasyonlar yoluyla belirlenmesi yöntemi kullanılmıştır. Veri setleri arasında ortak 8000'in üzerindeki gen arasından Alzheimer'de anlatımı ortak biçimde artma eğilimi gösteren 631 tane ve anlatımı azalma eğilimi gösterene 580 tane gen tespit edilmiş ve bunların istatistiksel olarak yüksek derecede anlamlı olduğu belirlenmiştir. Daha sonra bu genler kullanılarak, GO Biyolojik İşlev zenginleştirme analizi yapılmış ve anlatımı artan genlerin 343 GO kategorisinde, anlatımı azalan genlerin ise 94 GO kategorisinde zenginleştiği bulunmuştur. 343 GO kategorisi arasında en dikkat çekici olanlar, protein modifikasyonu, farklılaşma ve hücre döngüsüdür. Aynı zamanda, hücre-hücre sinyali, sinaptik aktivite ve enerji metabolizmasıyla ilişkili yolakların ise anlatımı azalan genlerde zenginleştiği gösterilmiştir. Bu çalışma, Alzheimer hastalığındaki patolojik değişikliklerin etkileriyle moleküler değişikliklerin aynı doğrultuda olduğu göstermekte ve farklı beyin bölgelerinin aslında benzer şekilde hastalıktan etkilendiğine işaret etmektedir.
Özet (Çeviri)
In this study, publicly available microarray gene expression datasets are used to investigate common gene expression changes in different postmortem brain regions in Alzheimer's Disease (AD) patients compared to control subjects, and to find possible functional associations related to these changes. The hypothesis is that pathogenesis of the disease converges into common patterns of dysregulation/alteration or dysfunction in molecular pathways across different brain regions in AD. In total, I studied 13 datasets, one of which was excluded from the analysis in quality checks, resulting in 12 datasets spanning 7 different brain regions. Instead of using the standard approach to identify differentially expressed genes in each dataset independently, I used an alternative scheme, focusing on shared trends across all datasets, and testing their significance using cross-dataset structured permutations. Among more than 8000 common genes in all 12 datasets, I identified those showing shared upregulated (631) or downregulation (580) trends in AD across all datasets, which was highly significant compared to permutations. I then performed GO Biological Process enrichment analysis on both gene sets. There were 343 GO BP categories enriched for upregulated genes and 94 GO BP categories enriched for downregulated genes. Among 343 GO categories enriched for upregulated genes, the most noticeable ones include protein modification,differentiation, and the cell cycle. Furthermore, cell-cell signaling, synaptic activity and energy metabolism related pathways are enriched in downregulated genes. These findings are in line with the effects of pathological changes in AD and suggests that different brain regions share common pathways deregulated by AD.
Benzer Tezler
- Alzheimer hastalığı olan bireylere bakım veren aile üyelerinde yaşın bakım veren yüküne etkisinin incelenmesi
Investigating the effect of age on caregiver burden among family members caring for individuals with Alzheimer's disease
HAZAL YILDIZ GÖZMEN
Yüksek Lisans
Türkçe
2025
HemşirelikDokuz Eylül Üniversitesiİç Hastalıkları Hemşireliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÖZLEM KÜÇÜKGÜÇLÜ
- Palyatif bakım hastalarında Prognostik Nutrisyonel İndeksinin bası yarası evresi değişimi ve mortalite üzerine etkisinin retrospektif analizi
The effect of the Prognostic Nutrition Index on pressure ulcer stage change and mortality in palliative care patients: A retrospective analysis
AYTENNUR SAYIN GÜNAYDIN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2026
Aile HekimliğiSağlık BakanlığıAile Hekimliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. CENK AYPAK
- Alzheimer hastalığında otonom fonksiyonun kalp hızı türbülansı ve kalp hızı değişkenliği ile değerlendirilmesi
Autonomic function assessed by heart rate turbulence and heart rate variability in alzheimers disease
YUSUF YEŞİL
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2013
GeriatriHacettepe Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MELTEM GÜLHAN HALİL
- Ankara Bilkent Şehir Hastanesinde mavi kod çağrılarının değerlendirilmesi
Evaluation of code blue calls in Ankara Bilkent City Hospital
TUĞÇE YILDIRIM
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
Aile HekimliğiSağlık Bilimleri ÜniversitesiAile Hekimliği Ana Bilim Dalı
DR. İREP KARATAŞ ERAY