Alzheımer hastalığı ile ilişkili bazı genlerdeki tek nükleotid polimorfizmlerinin in siliko olarak değerlendirilmesi
In silico evaluation of single nucleotide polymophisms in some genes related to Alzheimer's disease
- Tez No: 770068
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ ÖMER FARUK KARASAKAL, DOÇ. DR. MESUT KARAHAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Genetik, Biology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Tek nükleotid polimorfizmi (SNP), CHRNA7, GRIN1, in siliko, Alzheimer Hastalığı, Single nucleotide polymorphism (SNP), CHRNA7, GRIN1, in silico, Alzheimer's Disease
- Yıl: 2022
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Üsküdar Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 80
Özet
Alzheimer Hastalığı; genetik ve çevresel risk faktörleri ile ilişkili olan çok faktörlü bir hastalık olarak tanımlanmaktadır. Alzheimer hastalığının tanımlayıcı bir karakteristiği olan nöritik plaklar; Amiloid öncü proteininin (APP) ardışık proteolizinden türetilen Amiloid Beta (Aβ) peptitlerinin progresif serebral birikimi sonucu meydana gelir. APP, CHRNA7 ve GRIN1 genlerinin kodlamış oldukları proteinleri ile etkileşim halindedir. Bu çalışmada, in siliko yöntemler kullanılarak CHRNA7 ve GRIN1 genlerindeki yanlış anlamlı tek nükleotid polimorfizmlerinin (SNP) protein yapısı, fonksiyonu ve stabilizasyonu üzerindeki olası zararlı etkilerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Yanlış anlamlı SNP'lerin olası zararlı etkilerini tahmin etmek için; SIFT, PolyPhen-2, PROVEAN, SNPs&GO, SNAP2, PhD-SNP, Meta-SNP yazılım aracları kullanılmış ve tümünde ortak zarar verici olanlar tespit edilmiştir. Protein stabilizasyonuna etkisi I-Mutant 3.0 ve Mupro yazılım araçları ile değerlendirilmiştir. HOPE yazılım aracı ile bu ortak zarar verici olan amino asit değişimlerine ait üç boyutlu modellemeler değerlendirilmiştir. CHRNA7 genindeki 603 adet yanlış anlamlı SNP'nin in siliko analizlerin sonucunda; rs142728508 (Y233C), rs12899798 (W77G), rs138222088 (R227H), rs140316734 (R227C), rs199633275 (P322R), rs199819119 (L29F) , rs200147286 (Q49P) , rs200908085 (Y115C), rs201094833 (Q61R) , rs201473594 (N69D) ,rs201210785 (E195K) ve rs368352998 (S48W) polimorfizmleri ortak zarar verici SNP'ler olarak tespit edilmiştir. GRIN1 geninde bulunan 591 adet yanlış anlamı SNP'nin in siliko analiz sonuçlarına göre rs193920837 (P117L), rs3181457 (I540M) ve rs201764643 (R217P) polimorfizmleri ortak zarar verici SNP'ler olarak tespit edilmiştir. Bu çalışma ile ortaya çıkan sonuçların, Alzheimer Hastalığıyla ilgili ileride yapılabilecek tanısal ve deneysel stratejilere rehberlik etmek amacıyla faydalı bilgiler sunacağı düşünülmektedir.
Özet (Çeviri)
Alzheimer's Disease is a multifactorial disease associated with genetic and environmental risk factors. Neuritic plaques that a defining characteristic of Alzheimer's disease, result from progressive cerebral accumulation of Amyloid Beta (Aβ) peptides derived from sequential proteolysis of the Amyloid precursor protein (APP). APP interacts with the proteins encoded by the CHRNA7 VE GRIN1 genes. In this study, it was aimed to determine the possible deleterious effects of missense single nucleotide polymorphisms (SNPs) in CHRNA7 VE GRIN1 genes on protein structure, function and stabilization using in silico methods. SIFT, PolyPhen-2, PROVEAN, SNPs&GO, SNAP2, PhD- SNP, Meta-SNP software tools were used and common damaging ones were identified in all of them. Its effect on protein stabilization was evaluated with I-Mutant 3.0 and Mupro software tools. Three-dimensional models of these common damaging amino acid changes were evaluated with the HOPE software. As a result of in silico analysis of 603 missense SNPs in the CHRNA7 gene; It has been determined that rs142728508 (Y233C), rs12899798 (W77G), rs138222088 (R227H), rs140316734 (R227C), rs199633275 (P322R), rs199819119 (L29F) , rs200147286 (Q49P) , rs200908085 (Y115C), rs201094833 (Q61R) , rs201473594 (N69D) , rs201210785 (E195K) and rs368352998 (S48W) as common damaging SNPs were detected polymorphisms. According to the in silico analysis results of 591 missense SNPs in the GRIN1 gene; It has been determined that rs193920837 (P117L) , rs3181457 (I540M) and rs201764643 (R217P) as common damaging SNPs were detected polymorphisms. It is thought that the results of this study will provide useful information to guide future diagnostic and experimental strategies for Alzheimer's Disease.
Benzer Tezler
- İn siliko araçlar kullanılarak alzheimer hastalığı ile ilişkili bazı genlerdeki SNP'lerin değerlendirilmesi
Evaluation of SNPS in some genes associated with alzheimer's disease using in silico tools
NUR DEMİRCİ
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
GenetikÜsküdar ÜniversitesiNörobilim Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MESUT KARAHAN
DR. ÖĞR. ÜYESİ EBRU ÖZKAN OKTAY
- Development of mirna biomarkers for the differentiation between gingivitis and periodontitis: A pilot study
Gingivitis ve periodontitis ayrımı için mirna biyobelirteçlerinin geliştirilmesi: Pilot çalışma
DHAFIR LATIEF FAYADH FAYADH
Doktora
İngilizce
2023
BiyokimyaSüleyman Demirel ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA CALAPOĞLU
- Alzheımer hastalığı modeli oluşturulmuş SH-SY5Y insan nöroblastoma hücrelerinin tedavisinde histon metil transferazların etkilerinin moleküler analizi
Molecular analysis of the effects of histon methyl transferases in the treatment of SH-SY5Y human neuroblastoma cells formed with alzheimer's disease model
AYBÜKE ŞENİZ ATEŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
GenetikHaliç ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ AYYUB EBRAHIMI
- Alzheimer hastalığında CD33 gen polimorfizmi
CD33 gene polymorphism in Alzheimer disease
ŞAKİRE SERAP MEMİK
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
GenetikTurgut Özal ÜniversitesiTıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ESRA GÜNDÜZ
- LPS indüklü HMC3 mikroglia nöroinflamasyon modelinde Topo IIß gen ifadesinin susturulmasının incelenmesi
Investigation of silencing of Topo IIß gene expression in LPS-induced HMC3 microglia neuroinflammation model
MELİKE CANSEL EREN