A layout algorithm for visualization of graph alignments
Çizge hizalama için çizge görselleme algoritması
- Tez No: 463607
- Danışmanlar: DOÇ. DR. TOLGA CAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Computer Engineering and Computer Science and Control
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2017
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 56
Özet
Çizge yerleşim algoritmaları çizgeleri ve ağları görselleme için yaygın olarak kullanılır. Genellikle bu algoritmalar tek bir çizge üzerine odaklanır. Birden fazla çizgeyi tek seferde görselleyebilme için, biyolojik ağlar üzerinde uygulanan çizge hizalama algoritmalarının sonuçları gibi, yeni yerleşim algoritmaları geliştirilmelidir. Çizge hizalama görsellemesi için kullanılacak yerleşim algoritması, hizalanan çizgeleri birbirinden ayrı olarak göstermelidir ki, çizgeler ve hizalamaları bireysel olarak görüntülenebilsin. Ayrıca, hizalama sonuçlarının daha iyi yorumu için, tek bir çizge görselleme algoritmalarına benzer olarak, kenar kesişmesi küçültülmeli ve yoğun olarak birbirine bağlı düğüm alt kümeleri bir arada gruplanmalıdır. Bu tezde, hizalanmış iki çizgenin görselleştirilmesi için bir çizge yerleşim sezgisi öneriyoruz. Hizalanmış düğümlerin listesi, düğüm benzerliklerine göre sıralanarak, çizge hizalama algoritmasından girdi olarak alınır. Düğümler minimum doğrusal düzenleme çözümünden adapte edilen bir yaklaşım kullanılarak yeniden sıralanır. Düğümler sonrasında dereceleri kullanılarak yerleştirilir. Önerilen yerleşim algoritması biyolojik ağlar üzerinde uygulanır ve elde edilen yerleşimler, yerleşim algoritması değerlendirmede standard bir kriteri olan kenar kesişimleri sayısı kullanılarak kalite için değerlendirilir. Sonuçlarımız önerilen algoritmanın çizge hizalama görselleştirirken standard yerleşim algoritmalarına kıyasla daha iyi performans sergilediğini gösterir.
Özet (Çeviri)
Graph layout algorithms are commonly used when visualizing. Usually these algorithms focus on a single graph. To be able to visualize multiple graphs at once, such as the results of graph alignment algorithms on biological networks, new layout algorithms need to be developed. A layout algorithm for visualizing graph alignments should display the aligned graphs separately, so that both the graphs and their alignment can be viewed individually. In addition, for better interpretation of the alignment results, similar to single graph layout algorithms, edge crossings should be minimized and highly connected subsets of nodes should be grouped together. In this thesis, we propose a graph layout heuristic for visualization of alignments of two graphs. The list of aligned nodes, ordered with respect to node similarity, is taken as input from the graph alignment algorithm. The nodes are re-ordered using an approach adapted from a solution to the minimum linear arrangement problem. The nodes are then placed using their degrees. The proposed layout algorithm is applied on biological networks and the resulting layouts are assessed for quality using the number of edge crosses, a standard measure for evaluating layout algorithms. Our results show that the proposed algorithm performs better for graph alignment visualization compared to standard layout algorithms.
Benzer Tezler
- A circular layout algorithm for clustered graphs
Kümelenmiş çizgeler için çembersel yerleşim algoritması
MEHMET ESAT BELVİRANLI
Yüksek Lisans
İngilizce
2009
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Bölümü
DOÇ. DR. UĞUR DOĞRUSÖZ
- A layout algorithm for graphs with overlapping clusters
Kesişen kümelenmiş çizgeler için bir yerleştirme algoritması
CAN ÇAĞDAŞ CENGİZ
Yüksek Lisans
İngilizce
2014
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. UĞUR DOĞRUSÖZ
- An orthogonal layout algorithm for small compound graphs
Küçük bileşik çizgeler için dikey düzen yerleştirme algoritması
MUBASHIRA ZAMAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. UĞUR DOĞRUSÖZ
- A layout algorithm for undirected compound graphs
Yönsüz bileşik çizgiler için yerleşim algoritması
ERHAN GİRAL
Yüksek Lisans
İngilizce
2005
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
Y.DOÇ. UĞUR DOĞRUSÖZ
- An improved spring embedder layout algorithm for compound graphs
İyileştirilmiş bir bileşik çizge yerleştirme algoritması
ALPER KARAÇELİK
Yüksek Lisans
İngilizce
2012
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. UĞUR DOĞRUSÖZ