Geri Dön

Hastane ve toplum kökenli c. difficile izolatlarının moleküler analizi

Molecular analysis of clostridium difficile isolates from outpatients and hospitalized patients

  1. Tez No: 464743
  2. Yazar: ÖZLEM YOLDAŞ
  3. Danışmanlar: PROF. DR. MUSTAFA ALTINDİŞ
  4. Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
  5. Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2014
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Afyon Kocatepe Üniversitesi
  10. Enstitü: Tıp Fakültesi
  11. Ana Bilim Dalı: Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 86

Özet

Clostridium difficile basit diyareden, psödomembranların bulunduğu, değişen derecelerde kolite kadar geniş bir klinik spektrumda enfeksiyonlara neden olur. C. difficile enfeksiyonlarının tanısında; hızlı, düşük maliyetli ve doğru sonuçların elde edilebilmesi için en uygun stratejinin belirlenmesi üzerine bina edilen tartışmalar devam etmektedir. Bu çalışmada, Afyonkarahisar bölgesinde ishalli hastalarda C. difficile sıklığının saptanması ve C. difficile varlığının belirlenmesi için tanı algoritmasının değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Bu araştırmada Ağustos 2012 - Eylül 2013 tarihleri arasında antibiyotik ile ilişkili ishali olan hastalardan elde edilen 95 gaita örneği C. difficile enfeksiyonu varlığı açısından test edilmiş ve dört farklı laboratuvar metodu birbirleriyle karşılaştırılmıştır. Elde edilen gaita örneklerinin kliniklere dağılımı şu şekildedir: % 53'ü poliklinik, % 33'ü klinik ve % 14'ü yoğun bakım ünitelerinde yatan hastalardır. Bütün gaita örneklerinin Cycloserine Cefoxitin Fructose Agara (CCFA) (Oxoid Ltd. Co., Hampshire, United Kingdom) kültür ekimi yapılmış ve ilaveten aşağıdaki tanı yöntemleri her örnek için birlikte uygulanmıştır. C. difficile varlığı Glutamate Dehidrogenaz enzimi (GDH) (C. Diff Quick Check complete, TECHLAB Inc., Blacksburg, VA, USA) ile, toksin A/B; Enzyme Linked ImmunoSorbent Assay (ELISA) yöntemi ve toksin A/B (Accudiagnostik Lab. Inc., Calabasas, LA, USA), immunokromotografik (ICT) yöntemle toksin A/B (Duo toxin A+B, Veda Lab. Ltd. Co., Alencon Cedex, France), C. difficile toksin B, binary toksin, ribotip 027/NAP 1 gerçek-zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (rtPCR) (Expert C. difficile, Cepheid Genexpert, Sunnyvale, LA, USA) yöntemi ile araştırılmıştır. Hastaların 48'i (% 50,5) erkek, 47'si (% 49,5) kadındı. C. difficile pozitiflik oranı GDH ile % 29,5 kültür ile % 10,5 bulunmuştur. GDH negatif örneklerin hiçbirinde kültürde üreme olmamıştır. Toksijenik C. difficile pozitifliği PCR, ELISA ve immunokromatoğrafik metodlar ile sırasıyla % 6,3, % 9,5, % 12,6 olarak saptanmıştır. PCR metodu ile C. difficile toksin B pozitif örneklerden 2'si ELISA ve kart testle negatif bulunmuştur, buna ilaveten farklı iki örnekte ise bakteriyel kültürde üreme gözlemlenmemiştir. Bu araştırmada toksin tespitinde PCR yönteminin ELISA ve immunokromotografik yöntemden daha duyarlı olduğu bulunmuştur. GDH ve kültür ile C. difficile varlığı saptanmayan ve PCR metoduyla toksin negatif olarak belirlenen örneklerden üçünde ELISA ile, altısında ise kart test ile, toksin pozitifliği saptanmıştır. Toksijenik C. difficile suşu pozitif olan 6 hastanın 4'ü yoğun bakım ünitesinde, 1'i serviste yatarak ve 1'i ayaktan tedavi alan hastalar olup yatan hastaların hastanede yatış sürelerinin 7 günün üzerinde olduğu gözlenmiştir. Hospitalize hastalarda toksijenik C. difficile pozitifliği % 11,1, poliklinik hastalarında % 2 olarak bulunmuştur. PCR metoduyla NAP1 suşu ve binary toksin pozitifliği belirlenmemiştir. C. difficile enfeksiyonu tanılı hastaların 4'ünde beta laktam+beta laktamaz inhibitörü içeren kombinasyonların, 2'sinde beta laktam grubu antibiyotiklerin kullanıldığı gözlenmiş ve antibiyotik kullanım sürelerinin 7-14 gün aralığında olduğu belirlenmiştir. PCR yöntemi ile karşılaştırıldığında sensitivite ve spesifite oranları C. difficile toxin A/B kart test için % 67 ve % 91, toksin ELISA için % 67 ve % 94 olarak saptanmıştır. Antibiyotik ilişkili ishal tanısında genellikle C. difficile toksin varlığı araştırılır. Toksin gaita örneklerinin nakli, saklanma süreci ve ısı şartları ile ilişkili olarak toksin belirleme testlerinde yanlış negatif sonuçlar gözlenmektedir. Lateks aglutinasyon testi ile toksin saptanmasında nontoksijenik suşlar ve kolon florasında yer alan Clostridium dışı bakterilerle çapraz reaksiyon nedeniyle yanlış pozitiflikler görülebilmektedir. Yüksek negatif prediktif değere sahip olan GDH'ın tarama testi olarak kullanılmasının C. difficile tanısında duyarlılık ve özgüllüğü artıracağı düşünülmüştür.

Özet (Çeviri)

Molecular Analysis of Clostridium difficile isolates from outpatients and hospitalized patients Clostiridium difficile causes broad spectrum infections various from simple diarrhoea to pseudomembranous enterocolitis in different degrees. In the diagnosis of C. difficile associated infections, discussions established on the determination of the most appropriate strategy continiuing in order to obtain rapid, cost effective and reliable results. This study aimed to determine the frequency of C.difficile in diarrheic patients, in the province of Afyonkarahisar, and evaluate to the diagnostic algorithm for determination of existence of C.difficile. In this study ninety five stool samples obtained from the patients with antibiotic associated diarrhea were tested four methods of C. difficile infections between August 2012 and September 2013, and diagnostic values of four different laboratory methods were compared with each other. Distrubition rates of the obtained stool samples according to the clinics were as follows 53 % outpatients, 33 % inpatients and 14 % intensive care units. All the stool samples cultivated on Cefoxitin Cycloserine Fructose Agara (CCFA) (Oxoid Ltd. Co., Hampshire, United Kingdom) and aditionaly following diagnostic methods performed for each samples similtanously; C. difficile glutamate dehydrogenase (GDH) (C. Diff Quick Check complete, TECHLAB Inc., Blacksburg, VA, USA), toxin A/B test by using both the ELISA and immunochromatographic test (ICT), for existence of C. difficile toxin, binary toxin and NAP 1/027 by with real time polymerase chain reaction (rtPCR). Of all the patient 48 (50,5 %) were male, 47 (49,5 %) were female. C. difficile positivity rate were 29,5 % and 10,5 % with GDH detection and culture methods respectively. All the GDH negative samples were found to be also negative with culture method. Positivity rate of toxigenic C. difficile were found 6,3 %, 9,5 % and 12,6 % with rtPCR, ELISA and ICT methods respectively. Of all the C. difficile toksin B positive samples with rtPCR, two ones were found to be negative with ELISA and ICT methods in adition to this in different two samples bacterial growth were not observed in culture. In this study it was found that PCR method was more sensitive than ELISA ICT at toxin detection. Toxin positivity were detected in six samples with ICT, in three samples with ELISA; in those samples C. difficile were found to be negative with PCR method. Six patients that toxigenic C. difficile strains were positive four of them were in intensive care units, one of them was inpatient and the other one was outpatient; duration of hospitalization was observed more than seven days. C. difficile positivity were found to be 11,1 % in inpatient patients, 2 % in outpatient. NAP 1 strain and binary toxin positivity were not detected with PCR method. Four of the patients who diagnosed with C. difficile infections were used beta-lactam + beta lactamase inhibitor combination before; two of them who used beta-lactam group of antibiotics before and antibiotic usage period was detected as 7-14 days. Sensitivity and specificity rates were detected 67 % and 91 for C.difficile toxin A / B, by ICT method and 67 % and 94 % for toxin detection by with ELISA method when comparing with PCR. Existance of C. difficile toxin was usually investigated in the diagnosis of antibiotics associated diarrhea. False negative results were may have been observed in toxin detection tests, related with transportation, storage time and temperature conditions of the stool samples. False positivity may have been observed because of cross reaction of nontoxigenic strains and bacteria other than Clostridium strains that colonised in colonic microflora in toxin detection with latex aglutination method. In our oppinion specificity and sensicitivity may be increased by using GDH screening test that has high negative predictive value in the diagnosis of C. difficile.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    511668

    İnvazif enfeksiyonlara neden olan genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz (GSBL) oluşturan Enterobacteriaceae izolatlarının hızlı teşhisi için DNA aptamerlerinin geliştirilmesi

    Development of DNA aptamers for rapid diagnosis of extensive spectrum beta-lactamase (ESBL) producing Enterobacteriaceae isolates which causes invasive infections

    HATİCE NUR HALİPÇİ TOPSAKAL

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    BiyolojiKahramanmaraş Sütçü İmam Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ASHABİL AYGAN

    PROF. DR. FATMA KÖKSAL ÇAKIRLAR

  2. Tez No

    700982

    Pseudomonas aeruginosa izolatlarında virulans faktörlerinin fenotipik ve genotipik yöntemlerle araştırılması

    Investigation of virulence factors in Pseudomonas aeruginosa isolates by phenotypic and genotypic methods

    ERHAN ÖZSOY

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon HastalıklarıTokat Gaziosmanpaşa Üniversitesi

    Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. UMUT SAFİYE ŞAY COŞKUN

  3. Tez No

    617049

    Klinik Acinetobacter baumannii izolatlarında florokinolon direnç mekanizmalarının araştırılması

    Investigation of fluoroquinolone resistance mechanisms in clinical Acinetobacter baumannii isolates

    GÜLŞAH GÜLER

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    MikrobiyolojiEge Üniversitesi

    Eczacılık Temel Bilimleri Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. BAYRI ERAÇ

  4. Tez No

    819561

    İdrar kültürlerinden izole edilen GSBL oluşturan ve oluşturmayanEscherichia coli izolatlarında fosfomisin duyarlılığının otomatize sıvı mikrodilüsyon sistemi (Vitek-2), hızlı fosfomisin/E. Coli NP testi, disk difüzyon ve agar dilüsyon yöntemleri ile karşılaştırmalı olarak araştırılması

    Comparative investigation of fosfomycin susceptibility in esbl-forming and non-esbl-forming escherichia coli isolates isolated from urine cultures by automated liquid microdilution system (Vitek-2), rapid fosfomycin/E.Coli NP test, disk diffusion and agar dilution methods

    ELİF TUĞÇE GÜNER

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    MikrobiyolojiSağlık Bakanlığı

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ÜMMÜ GÜL ERDEM

  5. Tez No

    192711

    Antibiyotiğe bağlı hastane ve toplum kökenli clostridium difficile araştırılması

    An investigation on the incidence of clostridium difficile among antibiotic related dirreic patient

    SİBEL USLUER

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2006

    MikrobiyolojiAfyon Kocatepe Üniversitesi

    Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ.DR. MUSTAFA ALTINDİŞ

Geri Dön