Geri Dön

İdrar kültürlerinden izole edilen GSBL oluşturan ve oluşturmayanEscherichia coli izolatlarında fosfomisin duyarlılığının otomatize sıvı mikrodilüsyon sistemi (Vitek-2), hızlı fosfomisin/E. Coli NP testi, disk difüzyon ve agar dilüsyon yöntemleri ile karşılaştırmalı olarak araştırılması

Comparative investigation of fosfomycin susceptibility in esbl-forming and non-esbl-forming escherichia coli isolates isolated from urine cultures by automated liquid microdilution system (Vitek-2), rapid fosfomycin/E.Coli NP test, disk diffusion and agar dilution methods

PDF İndir

  1. Tez No: 819561
  2. Yazar: ELİF TUĞÇE GÜNER
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. ÜMMÜ GÜL ERDEM
  4. Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
  5. Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2023
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Sağlık Bakanlığı
  10. Enstitü: Ankara Etlik Şehir Hastanesi
  11. Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Mikrobiyoloji Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: 100

Özet

Amaç: Hastane ve toplum kökenli üriner sistem enfeksiyonlarının en sık nedeni Escherichia coli'dir. Toplum kökenli alt üriner sistem enfeksiyonlarının ampirik tedavisinde sıklıkla tercih edilen antibiyotiklerden biri olan fosfomisinin duyarlılığının saptanması için Avrupa Antimikrobiyal Duyarlılık Testleri Komitesi (EUCAST) ve Klinik ve Laboratuvar Standartları Enstitüsü (CLSI) tarafından önerilen referans test, agar dilüsyon yöntemidir. Ancak bu yöntem, laboratuvarların rutin işleyişinde uygulaması zor ve zaman alıcıdır. Laboratuvarlarda antibiyotik duyarlılığı saptamak için genellikle kullanılan yöntemler, disk difüzyon testleri ve otomatize sistemlerdir. Çalışmamızda, rutin işleyişte sık başvurulan bu yöntemlerle fosfomisin duyarlılığını saptamadaki referans yöntem agar dilüsyon arasındaki kategorik uyumların araştırılması amaçlanmıştır. Ayrıca fosfomisin duyarlılığını belirlemede izolatların geniş spektrumlu beta-laktamaz (GSBL) üretme özelliğinden kullanılan yöntemler arasındaki kategorik uyumun nasıl etkilendiğinin ve mevcut yöntemlerden daha kısa sürede fosfomisin duyarlılığı saptayacak hızlı testin referans yöntemle arasındaki uyumunun araştırılması da hedeflenmiştir. Gereç ve Yöntem: Çalışmamıza, T.C. Sağlık Bakanlığı Sağlık Bilimleri Üniversitesi Dışkapı Yıldırım Beyazıt Eğitim ve Araştırma Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarına Ocak 2021 ile Mart 2021 tarihleri arasında gönderilen idrar örneklerinden izole edilen 75 GSBL üreten ve 75 GSBL üretmeyen olmak üzere 150 E.coli izolatı dahil edilmiştir. MALDI-TOF MS ( bioMerieux, Fransa) ile tanımlanan ve antibiyotik duyarlılık testleri otomatize sistemle (Vitek-2, bioMerieux, Fransa) yapılan izolatların fosfomisin duyarlılığı disk difüzyon, hızlı fosfomisin/E.coli NP testi ve agar dilüsyon yöntemleri ile belirlenmiştir. Agar dilüsyon yöntemiyle diğer yöntemler arasındaki uyumun belirlenmesi amacıyla kategorik uyum, küçük hata(KH), büyük hata(BH), çok büyük hata(ÇBH) oranları hesaplanmış sonuçlar ISO kriterlerine göre değerlendirilmiştir. Ayrıca yöntemler arasındaki kategorik uyumun, izolatların GSBL üretme özelliklerinden ve sonuçların değerlendirilmesinde tercih edilecek uluslararası rehberlerin seçiminden etkilenip etkilenmediği de hesaplanmıştır. Bulgular: İzolatların fosfomisine duyarlılıkları agar dilüsyon yöntemiyle %96 ve MİK 50 ile MİK 90 değerleri sırasıyla 1mg/L ve 8 mg/L olarak bulunmuştur. İzolatların fosfomisin duyarlılığı GSBL üretme durumlarına göre değerlendirildiğinde ise GSBL üretmeyen izolatların duyarlılığı %98,6 ve MİK 90 değerleri 4 mg/L iken GSBL üreten izolatlar için duyarlılık % 93,3 ve MİK 90 değeri 16 mg/L olarak bulunmuştur. Ayrıca GSBL üreten izolatların fosfomisin duyarlılıkları, çalışmamızda yer alan tüm yöntemlerle GSBL üretmeyen izolatlara göre daha düşük bulunmuştur. Sonuçlar, EUCAST v10.0'a göre değerlendirildiğinde tüm izolatlar için referans yöntemle DDT, Vitek -2 otomatize sistemi ve hızlı fosfomisin/E.coli NP testi arasındaki kategorik uyum sırasıyla %97,3, %98,6 ve %99,3 olarak bulunmuştur. DDT'nin sonuçları agar dilüsyon yöntemiyle karşılaştırıldığında ÇBH oranı saptanmazken %2,7 oranında BH tespit edilmiştir. Vitek-2 otomatize sistem sonuçları referans metodla karşılaştırıldığında ise %0,6 BH oranı saptanırken %16,6 ÇBH oranı bulunmuştur. Tüm izolatlara ait sonuçlar CLSI M100'e göre değerlendirildiğinde ise DDT ve Vitek-2 otomatize sisteminin referans yöntemle kategorik uyumları artarak oran %99,3 olarak hesaplanmıştır. CLSI M100'e göre yöntemler arasında BH ve ÇBH oranı saptanmazken %0,6 oranında KH saptanmıştır. Sonuç: Çalışmamızda, EUCAST v10.0'a ve CLSI M100'e göre DDT ve hızlı fosfomisin/E. coli NP testinin kategorik uyum oranlarının yüksek, hata oranlarının düşük olmasına dayanarak rutin laboratuvar işleyişinde bu testlerin referans metod yerine kullabılabilir olduklarını sonucuna vardık. Vitek-2 otomatize sisteminin antibiyotik duyarlılıklarını belirlemede bir çok ajan için aynı anda ortak ve kolay kullanılabilir bir yöntem oluşu da göz önüne alındığında, CLSI M100'e göre bulunan yüksek kategorik uyum ve düşük hata oranlarına dayanılarak, otomatize sistemlerin rutinde kullanımının uygun olacağı düşünülmüştür. Ancak özellikle çoklu ilaca dirençli ya da GSBL üreten etkenlerin neden olabileceği hastane kaynaklı enfeksiyonlarda muhtemel dirençli izolatları gözden kaçırmamak adına sonuçların referans yöntemle doğrulanarak bildirilmesi gerektiği kanaatindeyiz.

Özet (Çeviri)

Objective: Escherichia coli is the most common cause of hospital and community-acquired urinary tract infections. The reference test recommended by the European Committee for Antimicrobial Susceptibility Tests (EUCAST) and the Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI) to determine the susceptibility of fosfomycin, which is one of the antibiotics frequently preferred in the empirical treatment of community-acquired lower urinary tract infections, is the agar dilution method. However, this method is difficult and time consuming to apply in the routine operation of laboratories. Disc diffusion tests (DDT) and automated systems are the methods commonly used in laboratories to detect antibiotic susceptibility. In our study, it was aimed to investigate the categorical concordances between these methods, which are frequently used in routine operation, and agar dilution, which is the reference method for detecting fosfomycin susceptibility. It is also aimed to investigate how the categorical agreement between the methods used by the extended-spectrum beta-lactamase (ESBL) production feature of isolates is affected in determining fosfomycin susceptibility, and the compatibility of the rapid test, which will detect fosfomycin susceptibility in a shorter time than existing methods, with the reference method. Materials and Methods: 150 E.coli isolates, 75 ESBL producing and 75 non-ESBL producing, isolated from urine samples sent to the University of Health Sciences Dışkapı Yıldırım Beyazıt Training and Research Hospital Medical Microbiology Laboratory, between January 2021 and March 2021 were included in our study. Fosfomycin susceptibility of isolates identified by MALDI-TOF MS (bioMerieux, France) and antibiotic susceptibility tests were performed with an automated system (Vitek-2, bioMerieux, France) were determined by disk diffusion, rapid fosfomycin/E.coli NP test and agar dilution methods. In order to determine the compatibility between the agar dilution method and other methods, categorical agreement, minor error (MiE), major error (MjE), very major error (VMjE) rates were calculated, and the results were evaluated according to ISO criteria. It was also calculated whether the categorical agreement between the methods was affected by the ESBL producing characteristics of the isolates and the selection of international guidelines to be preferred in the evaluation of the results. Results: The susceptibility of the isolates to fosfomycin was 96% by the agar dilution method, and the MIC50 and MIC90 values were found to be 1mg/L and 8 mg/L, respectively. When the fosfomycin susceptibility of the isolates was evaluated according to their ESBL production status, the sensitivity of the isolates that did not produce ESBL was 98.6% and the MIC90 values were 4 mg/L, while the sensitivity for ESBL producing isolates was 93.3% and the MIC90 value was 16 mg/L. In addition, ESBL-producing isolates were found to have lower fosfomycin susceptibility than non-ESBL-producing isolates by all methods in our study. When the results were evaluated according to EUCAST v10.0, the categorical agreement between the reference method, DDT, Vitek-2 automated system and rapid fosfomycin/E.coli NP test was 97.3%, 98.6% and 99.3%, respectively. In addition, DDT and agar dilution method were compared, no VMjE rate was detected, while MjE was detected at the rate of 2.7%. When the results of the Vitek-2 automated system were compared with the reference method, the rate of MjE was found to be 0.6%, while the rate of VMjE was 16.6%. If the results were evaluated according to CLSI M100, the categorical compatibility of DDT and Vitek-2 automated system with the reference method increased and the rate was calculated as 99.3%. According to CLSI M100, the rate of MjE and VMjE was not detected among the methods, while MiE was found at the rate of 0.6%. Conclusion: Based on the high categorical agreement rates and low error rates of DDT and rapid fosfomycin/E.coli NP test according to EUCAST v10.0, and CLSI M100, we concluded that these tests can be used instead of the reference method in routine laboratory operation. Considering that the Vitek-2 automated system is a common and easy-to-use method for determining antibiotic susceptibility for many agents at the same time, it was thought that automated systems would be appropriate for routine use, based on the high categorical agreement and low error rates found according to CLSI M100. However, we believe that the results should be reported by confirming with the reference method in order not to miss the possible resistant isolates, especially in hospital-acquired infections that may be caused by multi-drug resistant or ESBL-producing agents.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    458195

    İdrar kültürlerinden izole edilen escherichia coli suşlarında p fimbria varlığı ve antibakteriyellere karşı duyarlılıklarının incelenmesi

    The investigation of p fimbriae presence in escherichia coli strains isolated from urine samples and their antibacterial resistance

    EMEL İNEGÖL PAYKOÇ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    MikrobiyolojiAdnan Menderes Üniversitesi

    Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SÜHEYLA TÜRKYILMAZ

  2. Tez No

    497688

    Toplum kökenli idrar yolu enfeksiyonu tanısı alan hastalardan izole edilen bakterilerde genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz (GSBL) varlığının araştırılması ve antimikrobiyal direnç durumunun belirlenmesi

    The frequency of extended spectrum beta-lactamase (ESBL) and detection of antimicrobial resistance in bacteria isolated from the patients with community acquired urinary tract infections

    AYTAÇ KAPLAN

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon HastalıklarıSağlık Bilimleri Üniversitesi

    Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ESRAGÜL AKINCI

  3. Tez No

    889341

    İdrar kültürlerinden izole edilen escherichia coli izolatlarında tolerans varlığının incelenmesi

    Investigation of the presence of tolerance in escherichia coli isolates isolated from urine cultures

    ECEM BÜYÜKYANBOLU

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    MikrobiyolojiSağlık Bilimleri Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ELİF AKTAŞ SEPETCİ

    DR. MURAT ÖCAL

  4. Tez No

    260486

    AKÜ Ahmet Necdet Sezer Araştırma ve Uygulama Hastanesinde yoğun bakımdan izole edilen bakterilerde GSBL oranının yıllara göre dağılımı

    The distrubition of esbl rates in bacterial isolates which detected in AKU Ahmet Necdet Sezer Hospital intensiv care unit

    MEHMET BAYAR

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2010

    MikrobiyolojiAfyon Kocatepe Üniversitesi

    Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ZAFER ÇETİNKAYA

  5. Tez No

    871318

    Perkütan nefrostomi kateteri ve üreteral j stentli hastalarda kateter enfeksiyonlarının risk faktörlerinin ve etkenlerinin karşılaştırılması

    Başlık çevirisi yok

    BUKET DEMİRHAN

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik MikrobiyolojiSağlık Bilimleri Üniversitesi

    Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MUSTAFA ERTEK

Geri Dön