Melanogenez sürecinde rol oynayan uzun-kodlanmayan RNA'ların belirlenmesi
Identification of long-noncoding RNA's involved in melanogenesis
- Tez No: 465028
- Danışmanlar: PROF. DR. MELİKE BELKIZ ERKAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2017
- Dil: Türkçe
- Üniversite: İstanbul Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Zooloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Melanositler memeli derilerinde bulunan, biyopolimer yapıya sahip melanin pigment sentezinden sorumlu hü crelerdir. Epidermisin bazal tabakasında lokalize olmuş bu hücreler, melanin sentezini“melanozom”adını verilen lizozom benzeri organallerde gerçekleştirirler ve bu süreç melanogenez olarak adlandırılmaktadır. Melanogenez sürecinde rol oynayan protein kodlayan RNA (mRNA)'lar yüksek oranda bilinmektedir. Bu sürece doğrudan ya da dolaylı olarak etki eden 250 den fazla gen işlev görmektedir. Bununla birlikte, melanogenez de post-transkripsiyonel düzeyde etki eden uzun kodlanmayan RNA'lar (lncRNA) hakkında yeterli bilgi bulunmamaktadır. Bu çalışma kapsamında, B16F10 fare hücre soyu hücre kültüründe çoğaltılmış ve RNA dizileme yöntemi ile melanin üretiminden sorumlu hücrelerin lncRNA kompozisyonları ortaya çıkarılmıştır. Yapılan analizler sonucunda α-MSH uygulanan gruplarda melanogenezin ve tirozinaz aktivitesinin en yüksek olduğu zaman dilimi 48 saat olarak belirlenmiştir. Ayrıca kojik asit uygulanan gruplarda ise melanin sentezinin inhibe edildiği zaman dilimi 48 saat olarak belirlenmiştir. RNA dizileme analiz yöntemi ile B16F10 hücrelerine ait 155 milyonun üzerinde ham okuma elde edilmiştir. Melanogenenez sürecinde etkili olan 2387 bilinen lncRNA tespit edilmiştir. Bilinen lncRNA'lar arasında, dört lncRNA genin (Firre, H19, GAS5, Tctn2) ifadesinde önemli farklılıklar bulunmuştur. Ayrıca, B16F10 hücre soyuna özgü olan 287 lncRNA tespit edilmiştir ve bu genler arasında iki lncRNA genin (MSTRG.13664.1, MSTRG.10388.1) ifadesinde önemli farklılık görülmüştür. Sonuç olarak, mevcut tez kapsamında melanogenez süreci ile ilişkili potansiyel lncRNA'lar ortaya çıkarılmıştır ve birçok farklı hücresel süreç içinde rol oynayan lncRNA'ların melanin üreten hücrelerde tanımlanması ve melanin biyosentez sürecinin ayrıntılı olarak açıklabilmesi için büyük önem taşımaktadır.
Özet (Çeviri)
Melanocytes are located in mammalian skin and responsible for the synthesis of melanin biopolymers. These cells which are located in basal layer of epidermis produce melanin in the lysosome-like organelles called“melanosomes”and these process is known as“melanogenesis”. The role of protein-coding RNAs in melanogenesis process are well known and above 250 genes are directly or indirectly involved in this process. However, there is no sufficient information about the role of long-noncoding RNAs (lncRNAs) as post-transcriptional regulators in melanogenesis. In this study, B16F10 cell line were propogated in cell culture and RNA-Seq was used for unrevealing the lncRNA compositions of these cells responsible for melanin production. The analysis showed that 48th hours after incubation was determined as the time intervals for top tyrosinase and melanogenesis activity in a-MSH group. In addition, for Kojic acid-treated group, 8th hours after incubation was determined as the time intervals for melanin inhibation. Above 155 million raw sequences belonging to B16F10 cell were obtained using RNA-Seq and 2387 known lncRNAs were identified in the melanogenesis. The significant change was found in the expression of four-lncRNA genes (Firre, H19, GAS5, Tctn2) among known-lncRNAs. In addition, 287 unique lncRNAs were determined for B16F10 cell and there is significant differences in the expressin of two lncRNA genes (MSTRG.13664.1, MSTRG.10388.1). In conclusion, the potential lncRNAs related to melanogenesis process was presented in the concept of the thesis and the determination of lncRNAs which is involved in multibiological process in cells producing melanin holds important informations for elucidating comprehensively melanin biosynthesis process.
Benzer Tezler
- Vitiligo hastalarında beta karoten ve beta karoten-vitamin E kombinasyonunun serum nitrik oksit düzeyi üzerine etkisi
The effect of beta carotene and beta carotene-vitamin E combination therapy on the levels of nitric oxide in vitiligo patients
IŞIL DÜVER
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2001
DermatolojiGazi ÜniversitesiDermatoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. M. ALİ GÜRER
- Ellajik asit içeren bazı bitkisel ekstreleri ile hazırlanan formülasyonların melanogenezis üzerine inhibitör etkilerinin değerlendirilmesi
Evaluation of the inhibitory effect of some formulations prepared with plant extracts which contains ellagic acid on melanogenesis
BAŞAK MUTLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2004
Eczacılık ve FarmakolojiEge ÜniversitesiKozmetoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÖZGEN ÖZER
PROF. DR. BİJEN KIVÇAK
- Fare embriyolarında gonadal gelişim üzerine retinoik asitin etkilerinin araştırılması
The research of the effects of the retinoic acid on the development of gonad in the mouse embryos
TÜRKAN SARIOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2009
Histoloji ve Embriyolojiİstanbul ÜniversitesiHistoloji ve Embriyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. LEYLA TAPUL
- Bitkisel kaynaklı kozmetik ürün geliştirilmesi üzerine farmakognozik araştırmalar
Pharmacognostical research on developing plant-based cosmetic products
FATMA SEZER ŞENOL
Doktora
Türkçe
2016
Eczacılık ve FarmakolojiGazi ÜniversitesiFarmakognozi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İLKAY ERDOĞAN ORHAN
- Hipopigmentasyon problemine yönelik topikal nanoemülsiyonların hazırlanması, karakterizasyonu ve in vitro değerlendirilmesi
Preperation, characterization and in vitro evaluation of topical nanoemulsions for hypopigmentation disorders
BURCU ÖZKAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
BiyomühendislikYıldız Teknik ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. RABİA ÇAKIR KOÇ
- Mitokondriyal dinamiğin düzenlenmesinde rol oynayan mekanizmalar
Mechanisms acting on regulation of mitochondrial dynamics
FULYA DAL YÖNTEM