Raf-1 kinaz inhibitörleri olarak sübstitüe olmuş üreaz üzerine mcet metodunda fukui indisleriyle 4d-qsar analizi
4d-qsar analysis by fukui distribution in mcet method on substitute ureas as raf-1 kinase inhibitors
- Tez No: 467797
- Danışmanlar: PROF. DR. YAHYA GÜZEL
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Kimya, Chemistry
- Anahtar Kelimeler: Raf-1 Kinaz, 4D-QSAR, LOO-CV, ETM, MCET, Raf-1 Kinase, 4D-QSAR, LOO-CV, ETM, MCET
- Yıl: 2017
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Erciyes Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 105
Özet
Biyoaktif-yapıyı belirlemek için, ligand temeline dayanan Moleküler Konformer Elektron Topolojiksel (Moleculer Conformer Electron Topological-MCET) metot, üreaz türevine sahip olan ligandlara uygulandı. Biyoyapı, 5 farklı bileşiğe ait seçilmiş konformerlerin 3D alt-yapılarından bulundu. Elektron Topolojiksel Matris (ETM) içinde hazırlanmış atomların elektronik özellikleri, moleküllerin 3D Yapısal Tanımlayıcıları (3DSDs) olarak kullanıldı. Aktivitede rol oynayan bu tanımlayıcıları analiz etmek ve bağlanma yatkınlığını öneren bir model oluşturmak için Genetik Fonkisyon Yaklaşımı (Genetic Function Approximation-GFA) kullanıldı. Ligandın reseptöre bağlanma yatkınlığını değerlendirmek üzere bölgesel reaktivite parametreleri olarak Atomic Fukui indeksleri ele alındı. Ligandın reseptör bağlanma noktaları ile olan nükleofilik ve elektrofilik atak doğası hakkında görüş kazanmak için etkileşim alanları tanımlandı. Birini Dışarda Bırakarak Çapraz Doğrulama (Leave One Out-Cross Validation-LOO-CV) uygulanarak modelin geçerliliği ispat edildi. Farmakofor (Pharmacophore-Pha) yapı ile birlikte Aktiviteyi artırıcı (Auxiliary Group-AG) ve Aktiviteyi Azaltıcı (Anti-Pharmacophore Shielding Group-APS) grupları aktivitede rol aldı. 4D-QSAR model lineer olmayan eşitlikten türetilerek oluşturuldu. Sonuç olarak Q2 ve R2 için elde edilen, sırasıyla, (0.71 ve 0.60) yüksek verimli değerleri yeterlidir.
Özet (Çeviri)
To detect the bioactive structure, the ligand-based Molecular Conformer Electron Topological (MCET) method was applied to ligands having a urease derivative. The electronic properties of the atoms prepared in the Electron Topological Method (ETM) were used as 3D Structural Definers (3DSDs) of the molecules. The Genetic Function Approximation (GFA) was used to analyze these identifiers that play an active role and to create a model that suggests the binding propensity. Atomic Fukui indices were used as regional reactivity parameters to assess ligand-receptor binding potency. Points of interaction have been identified to gain insight into the nature of nucleophilic and electrophilic attack with receptor binding sites of the ligand. The validity of the model was verified by applying Leave One Out-Cross Validation (LOO-CV). Auxiliary Group AG and Anti-Pharmacophore Shielding Group (APS) groups were involved in the activity with the Pharmacophore-Pha structure. The 4D QSAR model was derived from a nonlinear equation. As a result, the high efficiency values for Q2 and R2 are satisfactory (0.71 and 0.60), respectively.
Benzer Tezler
- İnsan nöroblastom hücre hattında glikoziltransferazların prognostik rollerinin belirlenmesi
Determination of the prognostic roles of glycosyltransferases in the human neuroblastoma cell line.
DİLARA BENİM
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
BiyoteknolojiTrakya ÜniversitesiTemel Eczacılık Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ELVAN BAKAR
- Systems biology approach for targeted therapy of liver cancer pi3k/akt/mtor pathway inhibitors: an ally or rival for sorafenib
Karaciğer kanseri tedavisine sistem biyolojisi yaklaşımı pı3k/akt/mtor sinyal yolağı inhibitörleri: sorafenib'e müttefik veya rakip
TÜLİN ERŞAHİN
Doktora
İngilizce
2014
Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. RENGÜL ÇETİN ATALAY
- Investigation of the autophagy and apoptosis relation through BAG-1, BcL-2 and Beclin 1
Otofajı̇ ve apoptoz ı̇lı̇şkı̇sı̇nı̇n BAG-1, BcL-2 ve Beclin 1 üzerı̇nden ı̇ncelenmesı̇
GİZEM ALKURT
Yüksek Lisans
İngilizce
2016
Biyolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. GİZEM DİNLER DOĞANAY
- Drug repurposing in Ras/Raf/Mek/ERK signaling pathway
Ras/Raf/Mek/ERK sinyal yolağında ilaç yeniden konumlandırma
AHENK ZEYNEP SAYIN
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
BiyokimyaKoç ÜniversitesiKimya ve Biyoloji Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZEHRA ÖZLEM KESKİN ÖZKAYA
PROF. DR. ATTİLA GÜRSOY
- Karaciğer kanseri hücrelerinde plexinc1 ifadesinin çoklu-kinaz inhibitör yanıtına etkisinin araştırılması
Investigation of the effect of plexinc1 expression on multikinase inhibitory response in liver cancer cells
ŞEVVAL DİK
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
BiyolojiGebze Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TAMER YAĞCI