İnsan bax geni promotör bölgesinin fonksiyonel analizi
Functional analysis of human bax gen promoter region
- Tez No: 469953
- Danışmanlar: PROF. DR. ORHAN ERDOĞAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2017
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Atatürk Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Genetik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 88
Özet
Kanserlerin çoğu insan hayatındaki bir takım genetik değişimler sonucu oluşur. Onkogenler ve tümör baskılayıcı genler büyümeyi kontrol eden genlerdir. Onkogenler, normalde büyümeyi uyaran proteinleri kodlar. Aşırı sentezleri, translokasyonları ve mutasyonları sonucu malign transformasyon oluşur. Tümör baskılayıcı genler ise normalde büyümeyi inhibe eden proteinleri kodlar. Bu genlerde delesyonların meydana gelmesi, transkripsiyon olayının gerçekleşmemesi ve protein inaktivasyonu ile fonksiyon kaybına uğramaları halinde istenmeyen durumlar oluşabilmektedir. Bu çalışmada apoptoz mekanizmasında önemli bir potansiyele sahip olan proapoptotik Bax geninin karakterizasyonu ve promotör bölgesinin fonksiyonel analizi yapıldı. Bu amaçla öncelikle biyoinformatik programlarından ve çeşitli veritabanlarından yararlanılarak Bax geninin 5000 bp'lik promotör bölgesi belirlendi. Fakat çalışmamızın genelinde yapılan analiz çalışmaları işlevsel olduğunu düşündüğümüz 2000 bp 'lik promotör parçası üzerinde gerçekleştirildi. Bu bağlamda öncelikle genin transkripsiyon başlama bölgesi, TATA bağlanma kutusu ve muhtemel p53 bağlanma bölgeleri tespit edildi. Daha sonra çeşitli literatür taramaları ve software programlarıyla bu bölge üzerindeki muhtemel transkripsiyon bağlanma bölgeleri ve motifleri belirlendi. Yapılan analiz çalışmaları sonucunda bu 2000 bp'lik parça işlevsel özelliklerine göre dört alt parçaya ayrıldı. Ve her bir parça pGEM-T Easy vektörüne klonlandı. Bu bağlamda öncelikle insan genomik DNA'sı satın alındı. Seçilen bölgelere spesifik dizayn edilen primerlerle PCR yapılarak her bölge saf olarak elde edildi. Her bölgeye ait saf bantlar jelden ekstrakte edilerek pGEM-T Easy vektörüne klonlanarak Escherichia coli JM109 bakterisine transforme edildi. Klonlanan her bir parçadan plazmit izolasyonu yapıldı.
Özet (Çeviri)
Cancers often result in a number of genetic changes in human life. Oncogenes and tumor suppressor genes are genes that control growth. Oncogenes encode proteins that normally stimulate growth. Malignant transformation occurs as a result of over-synthesis, translocations and mutations. Tumor suppressor genes normally encode proteins that inhibit growth. Undesirable conditions can occur if deletions occur in these genes, if the transcription event does not occur and if protein inactivation results in loss of function. In this study, the characterization of the proapoptotic Bax gene and the functional analysis of the promoter region, which have an important potential in the apoptosis-free mechanism, were performed. For this purpose, the 5000 bp promoter region of Bax gene was identified primarily by using bioinformatics programs and various databases. However, the overall analysis of our study was performed on a 2000 bp promoter fragment that we thought was functional. In this context, first, a genome transcription initiation site, a TATA binding box and probable p53 binding sites were identified. Later literature reviews and software programs were used to identify possible transcription attachment regions and motifs on this region. As a result of the analysis studies made, these 2000 bp parts were divided into four sub-parts according to their functional properties. And each fragment was cloned into the pGEM-T Easy vector. In this context, human genomic DNA was first purchased. PCR was performed with primers designed specifically for each region, and each region was obtained in pure form. The pure bands of each region were gel-extracted and transformed into the Escherichia coli JM109 bacterium by cloning into the pGEM-T Easy vector. Plasmid isolation was performed from each cloned fragment.
Benzer Tezler
- İnsan BAX geni 5′ kodlamayan dizide transkripsiyon faktörü bağlanma bölgelerinin delesyonunun gen ekspresyonu üzerine etkilerinin araştırılması
Investigation of the effects of deletion of transcription factor binding sites in human BAX gene 5′ noncoding sequence on gene expression
ATENA GHOSI GHAREHAGHAJI
Doktora
Türkçe
2017
GenetikAtatürk ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ORHAN ERDOĞAN
- 2450 mhz dalga frekanslı elektromanyetik alanın sıçanların testislerinde oluşturduğu fizyopatolojik ve yapısal değişikliklerin araştırılması
Effects of 2450 mhz electromagnetic field on pathophysiology and morphological changes in rat testis.
MUSTAFA SAYGIN
Yüksek Lisans
Türkçe
2009
FizyolojiSüleyman Demirel ÜniversitesiFizyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SADETTİN ÇALIŞKAN
- Ejder meyvesinin (Hylocereus türleri) biyokimyasal karakterizasyonu ve antikanserojenik özelliklerinin araştırılması
Biochemical characterization and anti-cancerogenic properties of dragon fruit (Hylocereus species)
NURAY BAKAL
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
BiyokimyaSelçuk ÜniversitesiBiyokimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SERDAR KARAKURT
- The mechanisms responsible for nilotinib resistance in human chronic myeloid leukemia cells
İnsan kronik miyeloid lösemi hücrelerinde nilotinib direncinden sorumlu mekanizmalar
AYLİN CAMGÖZ
Yüksek Lisans
İngilizce
2010
Biyolojiİzmir Yüksek Teknoloji EnstitüsüMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. YUSUF BARAN
- İnsan servikal kanser (HELA) hücreleri üzerine nanotaşıyıcı sistemlere yüklenmiş Doksorubisin'in sitotoksik etki ve bazı genlerin ekspresyon profillerinin belirlenmesi.
Cytotoxic effect of doxorubicin loaded on nanocarrier systems on human cervical cancer (HELA) cell line and determination of some genes expression profiles.
KENAN UTKU
Doktora
Türkçe
2020
BiyokimyaSivas Cumhuriyet ÜniversitesiBiyokimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. YAVUZ SİLİĞ