Geri Dön

In silico conformational analysis of vancomycin and its complexes

Vankomisin ve komplekslerinin in siliko konformasyonel analizi

PDF İndir

  1. Tez No: 472619
  2. Yazar: GÜLÇİN CEM ÖZERAL
  3. Danışmanlar: PROF. DR. SEYDA MALTA
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Kimya Mühendisliği, Chemical Engineering
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2017
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Yeditepe Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Vankomisin gram-pozitif bakterilerin sebep olduğu enfeksiyonların tedavisinde kullanılan glikopeptid yapıda bir antibiyotiktir. Vankomisin ve diğer ilgili glikopeptid antibiyotikler, antibiyotiklere karşı direnç geliştiren bakterilere karşı savunmanın son adımını oluşturdukları için kliniksel olarak çok önemlidirler. Vankomisin kullanımı damardan kullanıma ait toksisite, nefrotoksisite, ve muhtemel ototoksisite gibi bir dizi yan etkiyi de beraberinde getirmekteydi. Bu sebeple vankomisini vücuda tanıtmanın yeni yollarını bulmak araştırmacıların ilgilerinden biri haline geldi. Bu çalışmada değişik şartlarda vankomisin ilacının konformasyonel analizinin yapılması hedeflenmiştir. Sıcaklık, çevreleyici ortam, iyonik durum ve molekül sayısı etkisi dönme yarıçapı bakımından incelendi. DEğişiklikler arasındaki farkların istatistiksel önemi t-test ile incelendi. Hidrojen bağlarının oluşumu ve su moleküllerinin vankomisinin amino ve karboksil terminalleri etrafındaki dizilimi ikili çapsal dağılım fonksiyonu ile incelendi. Yeni bir metot olarak vankomisinin vücuda ilaç taşıyıcı olarak levan biyopolimeri içerisinde verilmesi moleküler dinamik simulasyonları ile çalışıldı. Bu çalışmalarda vakum ortamı enkapsulasyon işlemini simule etmek için kullanıldı. Salınım mekanizmasını gözlemlemek için enkapsüle olmuş yapılar su ortamında simule edildi ve moleküler dinamiğin bu tip incelemeler için uygun bir metot olduğu görüldü.

Özet (Çeviri)

Vancomycin is a glycopeptide antibiotic used in treatment of infections caused by Gram-positive bacteria. Vancomycin and other related glycopeptide antibiotics are clinically very important because they are the last line of defence against bacteria that have developed resistance to antibiotics. Early use of vancomycin was associated with a number of adverse effects, including infusion-related toxicities, nephrotoxicity, and possible ototoxicity. Due to these adverse effects new ways of introducing vancomycin to body has been an interest of researchers. In this study, it is aimed to perform the conformational analysis of vancomycin drug in different conditions. Effect of temperature, surrounding media, ionic state and number of molecule are studied in terms of radius of gyration. The statistical significance of these differences between compared states are investigated with t-test. Formation of hydrogen bonds with water molecules and arrangement of water molecules around amino and carboxy terminus of vancomycin are observed with pairwise radial distribution function analysis. As a novel method introducing vancomycin to body within levan biopolymer as a drug carrier is studied with molecular dynamics simulations. Vacuum conditions are used to simulate the encapsulation process. To observe the release mechanism encapsulated structures are simulated in aqueous media and MD is shown to be an appropriate method for these kinds of investigations.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    979624

    In silico screening of drug candidates against misfolding and aggregation of mutant and wild type sod1 enzymes for the treatment of familial als

    Ailesel als tedavisi için mutant ve doğal tip sod1 enzimlerinin yanlış katlanmasına ve agregasyonuna karşı ilaç adaylarının ın sılıco taraması

    DAMLA DERE

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2025

    KimyaKadir Has Üniversitesi

    Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. KEMAL YELEKÇİ

  2. Tez No

    485207

    In silico design of hERG non-blocker compounds with retained pharmacological activity using multi-scale molecular modeling applications

    hERG bloker olmayan farmakolojik aktivitesi korunmuş bileşiklerin çok boyutlu moleküler modelleme uygulamaları ile in siliko tasarımı

    GÜLRU KAYIK

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2017

    Kimyaİstanbul Teknik Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. NURCAN TÜZÜN

    DOÇ. DR. SERDAR DURDAĞI

  3. Tez No

    611630

    In Silico and experimental determination of IL1β-receptor inhibitor peptides

    Bilgisayar ortamında ve deneysel olarak IL1-β reseptör inhibitörü peptitlerin belirlenmesi

    FULYA AKŞİT

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2020

    Kimya MühendisliğiKoç Üniversitesi

    Kimya ve Biyoloji Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. CEM ALBAYRAK

    PROF. DR. BURAK ERMAN

  4. Tez No

    866370

    Bazı HIV-1 düşük düzey viremi suşlarında etravirin'e karşı dirençlerin in-silico ve in- vitro yöntemlerle araştırılması

    Researching of resistance to etravirine in some HIV-1 low-level viremia strains by in-silico and in-vitro methods

    OFCAN OFLAZ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    Tıbbi BiyolojiHacettepe Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HATİCE MERGEN

  5. Tez No

    1018685

    Tüm ekzom ve klinik ekzom analizi yapılan olgularda tespit edilen insidental varyantların patojenitelerinin in siliko ve klinik verilerle araştırılması

    Pathogenicity prediction of incidental variants in whole exome and clinical exome analyses using in silico tools and clinical data

    BİRAY ERTÜRK

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2026

    Moleküler TıpSağlık Bilimleri Üniversitesi

    Moleküler Tıp Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ MEHMET TAHA YILDIZ

Geri Dön