Geri Dön

In silico conformational analysis of vancomycin and its complexes

Vankomisin ve komplekslerinin in siliko konformasyonel analizi

PDF İndir

  1. Tez No: 472619
  2. Yazar: GÜLÇİN CEM ÖZERAL
  3. Danışmanlar: PROF. DR. SEYDA MALTA
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Kimya Mühendisliği, Chemical Engineering
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2017
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Yeditepe Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 138

Özet

Vankomisin gram-pozitif bakterilerin sebep olduğu enfeksiyonların tedavisinde kullanılan glikopeptid yapıda bir antibiyotiktir. Vankomisin ve diğer ilgili glikopeptid antibiyotikler, antibiyotiklere karşı direnç geliştiren bakterilere karşı savunmanın son adımını oluşturdukları için kliniksel olarak çok önemlidirler. Vankomisin kullanımı damardan kullanıma ait toksisite, nefrotoksisite, ve muhtemel ototoksisite gibi bir dizi yan etkiyi de beraberinde getirmekteydi. Bu sebeple vankomisini vücuda tanıtmanın yeni yollarını bulmak araştırmacıların ilgilerinden biri haline geldi. Bu çalışmada değişik şartlarda vankomisin ilacının konformasyonel analizinin yapılması hedeflenmiştir. Sıcaklık, çevreleyici ortam, iyonik durum ve molekül sayısı etkisi dönme yarıçapı bakımından incelendi. DEğişiklikler arasındaki farkların istatistiksel önemi t-test ile incelendi. Hidrojen bağlarının oluşumu ve su moleküllerinin vankomisinin amino ve karboksil terminalleri etrafındaki dizilimi ikili çapsal dağılım fonksiyonu ile incelendi. Yeni bir metot olarak vankomisinin vücuda ilaç taşıyıcı olarak levan biyopolimeri içerisinde verilmesi moleküler dinamik simulasyonları ile çalışıldı. Bu çalışmalarda vakum ortamı enkapsulasyon işlemini simule etmek için kullanıldı. Salınım mekanizmasını gözlemlemek için enkapsüle olmuş yapılar su ortamında simule edildi ve moleküler dinamiğin bu tip incelemeler için uygun bir metot olduğu görüldü.

Özet (Çeviri)

Vancomycin is a glycopeptide antibiotic used in treatment of infections caused by Gram-positive bacteria. Vancomycin and other related glycopeptide antibiotics are clinically very important because they are the last line of defence against bacteria that have developed resistance to antibiotics. Early use of vancomycin was associated with a number of adverse effects, including infusion-related toxicities, nephrotoxicity, and possible ototoxicity. Due to these adverse effects new ways of introducing vancomycin to body has been an interest of researchers. In this study, it is aimed to perform the conformational analysis of vancomycin drug in different conditions. Effect of temperature, surrounding media, ionic state and number of molecule are studied in terms of radius of gyration. The statistical significance of these differences between compared states are investigated with t-test. Formation of hydrogen bonds with water molecules and arrangement of water molecules around amino and carboxy terminus of vancomycin are observed with pairwise radial distribution function analysis. As a novel method introducing vancomycin to body within levan biopolymer as a drug carrier is studied with molecular dynamics simulations. Vacuum conditions are used to simulate the encapsulation process. To observe the release mechanism encapsulated structures are simulated in aqueous media and MD is shown to be an appropriate method for these kinds of investigations.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    485207

    In silico design of hERG non-blocker compounds with retained pharmacological activity using multi-scale molecular modeling applications

    hERG bloker olmayan farmakolojik aktivitesi korunmuş bileşiklerin çok boyutlu moleküler modelleme uygulamaları ile in siliko tasarımı

    GÜLRU KAYIK

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2017

    Kimyaİstanbul Teknik Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. NURCAN TÜZÜN

    DOÇ. DR. SERDAR DURDAĞI

  2. Tez No

    533832

    Bos taurus enolaz enzimini kodlayan genin yapıya dayalı ilaç tasarımı yönünde moleküler ve enzimatik analizlerinin yapılması

    Structural, molecular and enzymatic analysis of Bos taurus enolase towards structure-based drug design

    EMRAH SARIYER

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    BiyomühendislikYıldız Teknik Üniversitesi

    Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. DİLEK TURGUT BALIK

    DOÇ. DR. ÖZKAN DANIŞ

  3. Tez No

    813173

    In silico design of chimeric peptides for infection-resistant implant

    In silico design of chimeric peptides for infection-resistant implant coatings

    İLKER KAN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2023

    Biyomühendislikİzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü

    Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ DENİZ TANIL YÜCESOY

    PROF. DR. ENGİN ÖZÇİVİCİ

  4. Tez No

    611630

    In Silico and experimental determination of IL1β-receptor inhibitor peptides

    Bilgisayar ortamında ve deneysel olarak IL1-β reseptör inhibitörü peptitlerin belirlenmesi

    FULYA AKŞİT

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2020

    Kimya MühendisliğiKoç Üniversitesi

    Kimya ve Biyoloji Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. CEM ALBAYRAK

    PROF. DR. BURAK ERMAN

  5. Tez No

    472611

    Biological activities of levan-based polymers: In silico approach

    Levan bazlı biyopolimerlerin biyolojik aktiviteleri: In silico yaklaşımı

    BİNNAZ COŞKUNKAN

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2017

    BiyomühendislikYeditepe Üniversitesi

    Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SEYDA MALTA

Geri Dön