Bazı HIV-1 düşük düzey viremi suşlarında etravirin'e karşı dirençlerin in-silico ve in- vitro yöntemlerle araştırılması
Researching of resistance to etravirine in some HIV-1 low-level viremia strains by in-silico and in-vitro methods
- Tez No: 866370
- Danışmanlar: PROF. DR. HATİCE MERGEN
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Genetik, Moleküler Tıp, Tıbbi Biyoloji, Genetics, Molecular Medicine, Medical Biology
- Anahtar Kelimeler: Protein Yapısı, Biyoinformatik, Tıbbi Genetik, Moleküler Biyoloji, Mikrobiyoloji, İlaç Direnci, Protein Structure, Bioinformatics, Medical Genetic, Molecular Biology, Microbiology, Drug Resistance
- Yıl: 2023
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Hacettepe Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 103
Özet
İnsan İmmünyetmezlik Virüsü (HIV) konağın immün sistem hücrelerine genetik materyalini aktaran ve kontrol altına alınamadığında Kazanılmış İmmünyetmezlik Sendromu (AIDS) isimli klinik durumuna yol açan önemli bir virüstür. HIV enfeksiyonun kontrol altına alınabilmesi ve bulaştırıcılığının ortadan kaldırılması için antiretroviral tedavi (ART) ajanları kullanılmaktadır. Bu ajanlar HIV proteinlerini inhibe etmektedir. Etravirin (ETR) nükleozit olmayan ters transkriptaz enzim inhibitörlerinden birisidir. Düşük Düzey Viremi (LLW); ART devam eden HIV pozitif bireylerde, viral yükün devamlılığının olması durumudur. Viral yükün devamlılığı HIV pozitif bireylerin bulaştırıcılığının devam ettiği ve ilerleyen süreçte AIDS ile sonuçlanabilecek önemli problemlerden biridir. LLW durumunun, virolojik başarısızlık, ilaç emilim problemleri ve mutasyon sebepli ilaç direnci durumu olduğu düşünülmektedir. Çalışmamız kapsamında ETR direncinin in-silico yöntemlerle araştırılmamış Lys104Gln, Lys102Gln, Lys101Arg-Lys104Arg, Ser191Phe, Ile94Leu-Lys104Arg, Lys104Glu-His235Leu, Ala98Ser ve Val179Ile mutasyonları kullanılmıştır. Bu mutasyonlar LLW durumundaki HIV pozitif bireylerden elde edilen suşlardan analiz edilmiş RT enziminde ETR inhibisyon bölgesi ve çevresinde yer alan mutasyonlardır. Lys104Gln, Lys102Gln, Lys101Arg-Lys104Arg, Ser191Phe, Ile94Leu-Lys104Arg, Lys104Glu-His235Leu, Ala98Ser ve Val179Ile mutasyonlarının ETR direnci; homoloji modelleme, moleküler yerleştirme ve protein-ligand etkileşim analizi yöntemleriyle araştırılmıştır. Çalışmamız sonucunda in-silico yöntemlerle analiz edilmemiş; Ala98Ser ve Val179Ile mutasyonlarının ters transkriptaz enziminin ETR bağlanma bölgesinde konformasyonel değişiklik oluşturarak, düşük düzeyde ETR direncine yol açtığı düşünülmektedir.
Özet (Çeviri)
Human Immunodeficiency Virus (HIV) is a significant virus that, when left uncontrolled, leads to Acquired Immunodeficiency Syndrome (AIDS), a clinical condition characterized by the transmission of its genetic material to host immune system cells. To manage HIV infection and eliminate its transmissibility, antiretroviral therapy (ART) agents are employed. These agents function by inhibiting HIV proteins. Etravirine (ETR) is one of the non-nucleoside reverse transcriptase enzyme inhibitors. Low-Level Viremia (LLV) refers to the persistence of viral load in HIV-positive individuals who are under ongoing ART. The sustained viral load is a significant concern, as it indicates the continued transmissibility of HIV in infected individuals and may ultimately progress to AIDS. LLV is believed to result from virological failure, drug absorption issues, and mutation-induced drug resistance. In our study, we investigated Etravirine (ETR) resistance using in-silico methods, specifically focusing on the following mutations: Lys104Gln, Lys102Gln, Lys101Arg-Lys104Arg, Ser191Phe, Ile94Leu-Lys104Arg, Lys104Glu-His235Leu, Ala98Ser, and Val179Ile. These mutations were analyzed in the reverse transcriptase (RT) enzyme obtained from strains of HIV-positive individuals with Low-Level Viremia (LLV). These mutations are located in the vicinity of the ETR inhibition site. 16 The ETR resistance conferred by the Lys104Gln, Lys102Gln, Lys101Arg- Lys104Arg, Ser191Phe, Ile94Leu-Lys104Arg, Lys104Glu-His235Leu, Ala98Ser, and Val179Ile mutations was investigated using homology modeling, molecular docking, and protein-ligand interaction analysis methods. As a result of our study, it is hypothesized that the previously unanalyzed Ala98Ser and Val179Ile mutations, through inducing conformational changes in the ETR binding region of the reverse transcriptase enzyme, may contribute to low-level ETR resistance using in-silico methods.
Benzer Tezler
- İstanbul Tıp Fakültesi'nde takip edilen HIV ile yaşayan bireylerde pulmoner hipertansiyon sıklığının araştırılması ve anti-retroviral tedavinin buna etkisi
Prevalence of pulmonary hypertension in people living with HIV followed at İstanbul Faculty of Medicine and the impact of anti-retroviral therapy
BİRSEN AYGÖR
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyolojiİstanbul ÜniversitesiEnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ARİF ATAHAN ÇAĞATAY
DR. ÖĞR. ÜYESİ AYSUN BENLİ
- Primer Kas İnvaziv Olmayan Mesane Kanserli Hastalarda Serum ve İdrar Fractalkine Düzeyinin Klinik Önemi
Clinical Importance of Serum and Urinary Fractalkine Level in Primary Non-Muscle Invasive Bladder Cancer
CENGİZ ÇANAKCI
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2014
Ürolojiİstanbul Medeniyet ÜniversitesiÜroloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ASIF YILDIRIM
- Targeting and activation of antigen specific CD8+ T cells with peptide-major histocompatibility complex I tetramers
Peptit-majör histokompatibilite kompleks I tetramerleri ile antijen spesifik CD8+ T hücrelerin hedeflenmesi ve aktivasyonu
ŞAFAK CEREN USLU ŞIVGIN
Doktora
İngilizce
2025
BiyoteknolojiHacettepe ÜniversitesiTemel Onkoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HANDE CANPINAR
- Kocaeli ili izmit ilçesindeki aile sağlığı merkezlerinde çalışan hekimlerin Proton Pompa İnhibitörleri (PPİ) hakkındaki bilgi ve kullanım alışkanlıklarının değerlendirilmesi
Evaluation of the knowledge and usage habits of physicians working in family health centers in İzmit district, Kocaeli province, regarding Proton Pump Inhibitors (PPIs)
ASLI ÇAKIR
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2025
Aile HekimliğiKocaeli ÜniversitesiAile Hekimliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TUNCAY MÜGE ALVUR
- Antiretroviral tedavi almamış HIV-1 ile enfekte hastalarda tedavi öncesi ilaç direncinin ultra-derin ve konvansiyonel dizi analizi yöntemleri ile incelenmesi
Evaluation of pretreatment drug resistance in treatment naïve patients infected with HIV-1 using ultra-deep pyrosequencing and conventional sequencing methods
AYSUN TEKİN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2017
Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon HastalıklarıMarmara ÜniversitesiEnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ULUHAN SİLİ