Bazı HIV-1 düşük düzey viremi suşlarında etravirin'e karşı dirençlerin in-silico ve in- vitro yöntemlerle araştırılması
Researching of resistance to etravirine in some HIV-1 low-level viremia strains by in-silico and in-vitro methods
- Tez No: 866370
- Danışmanlar: PROF. DR. HATİCE MERGEN
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Tıbbi Biyoloji, Moleküler Tıp, Genetik, Medical Biology, Molecular Medicine, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Protein Yapısı, Biyoinformatik, Tıbbi Genetik, Moleküler Biyoloji, Mikrobiyoloji, İlaç Direnci, Farmakogenetik, Moleküler genetik, Protein Structure, Bioinformatics, Medical Genetic, Molecular Biology, Microbiology, Drug Resistance, Pharmacogenetics, Molecular genetic
- Yıl: 2023
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Hacettepe Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
İnsan İmmünyetmezlik Virüsü (HIV) konağın immün sistem hücrelerine genetik materyalini aktaran ve kontrol altına alınamadığında Kazanılmış İmmünyetmezlik Sendromu (AIDS) isimli klinik durumuna yol açan önemli bir virüstür. HIV enfeksiyonun kontrol altına alınabilmesi ve bulaştırıcılığının ortadan kaldırılması için antiretroviral tedavi (ART) ajanları kullanılmaktadır. Bu ajanlar HIV proteinlerini inhibe etmektedir. Etravirin (ETR) nükleozit olmayan ters transkriptaz enzim inhibitörlerinden birisidir. Düşük Düzey Viremi (LLW); ART devam eden HIV pozitif bireylerde, viral yükün devamlılığının olması durumudur. Viral yükün devamlılığı HIV pozitif bireylerin bulaştırıcılığının devam ettiği ve ilerleyen süreçte AIDS ile sonuçlanabilecek önemli problemlerden biridir. LLW durumunun, virolojik başarısızlık, ilaç emilim problemleri ve mutasyon sebepli ilaç direnci durumu olduğu düşünülmektedir. Çalışmamız kapsamında ETR direncinin in-silico yöntemlerle araştırılmamış Lys104Gln, Lys102Gln, Lys101Arg-Lys104Arg, Ser191Phe, Ile94Leu-Lys104Arg, Lys104Glu-His235Leu, Ala98Ser ve Val179Ile mutasyonları kullanılmıştır. Bu mutasyonlar LLW durumundaki HIV pozitif bireylerden elde edilen suşlardan analiz edilmiş RT enziminde ETR inhibisyon bölgesi ve çevresinde yer alan mutasyonlardır. Lys104Gln, Lys102Gln, Lys101Arg-Lys104Arg, Ser191Phe, Ile94Leu-Lys104Arg, Lys104Glu-His235Leu, Ala98Ser ve Val179Ile mutasyonlarının ETR direnci; homoloji modelleme, moleküler yerleştirme ve protein-ligand etkileşim analizi yöntemleriyle araştırılmıştır. Çalışmamız sonucunda in-silico yöntemlerle analiz edilmemiş; Ala98Ser ve Val179Ile mutasyonlarının ters transkriptaz enziminin ETR bağlanma bölgesinde konformasyonel değişiklik oluşturarak, düşük düzeyde ETR direncine yol açtığı düşünülmektedir.
Özet (Çeviri)
Human Immunodeficiency Virus (HIV) is a significant virus that, when left uncontrolled, leads to Acquired Immunodeficiency Syndrome (AIDS), a clinical condition characterized by the transmission of its genetic material to host immune system cells. To manage HIV infection and eliminate its transmissibility, antiretroviral therapy (ART) agents are employed. These agents function by inhibiting HIV proteins. Etravirine (ETR) is one of the non-nucleoside reverse transcriptase enzyme inhibitors. Low-Level Viremia (LLV) refers to the persistence of viral load in HIV-positive individuals who are under ongoing ART. The sustained viral load is a significant concern, as it indicates the continued transmissibility of HIV in infected individuals and may ultimately progress to AIDS. LLV is believed to result from virological failure, drug absorption issues, and mutation-induced drug resistance. In our study, we investigated Etravirine (ETR) resistance using in-silico methods, specifically focusing on the following mutations: Lys104Gln, Lys102Gln, Lys101Arg-Lys104Arg, Ser191Phe, Ile94Leu-Lys104Arg, Lys104Glu-His235Leu, Ala98Ser, and Val179Ile. These mutations were analyzed in the reverse transcriptase (RT) enzyme obtained from strains of HIV-positive individuals with Low-Level Viremia (LLV). These mutations are located in the vicinity of the ETR inhibition site. 16 The ETR resistance conferred by the Lys104Gln, Lys102Gln, Lys101Arg- Lys104Arg, Ser191Phe, Ile94Leu-Lys104Arg, Lys104Glu-His235Leu, Ala98Ser, and Val179Ile mutations was investigated using homology modeling, molecular docking, and protein-ligand interaction analysis methods. As a result of our study, it is hypothesized that the previously unanalyzed Ala98Ser and Val179Ile mutations, through inducing conformational changes in the ETR binding region of the reverse transcriptase enzyme, may contribute to low-level ETR resistance using in-silico methods.
Benzer Tezler
- İstanbul Tıp Fakültesi'nde takip edilen HIV ile yaşayan bireylerde pulmoner hipertansiyon sıklığının araştırılması ve anti-retroviral tedavinin buna etkisi
Prevalence of pulmonary hypertension in people living with HIV followed at İstanbul Faculty of Medicine and the impact of anti-retroviral therapy
BİRSEN AYGÖR
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyolojiİstanbul ÜniversitesiEnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ARİF ATAHAN ÇAĞATAY
DR. ÖĞR. ÜYESİ AYSUN BENLİ
- Hıv ile enfekte kişilerde immün rekonstitüsyoninflamatuar sendromu (IRIS) gelişiminde risk faktörleri ve yönetimi
Başlık çevirisi yok
ELİF AYDIN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik MikrobiyolojiSağlık Bilimleri ÜniversitesiEnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÖZLEM ALTUNTAŞ AYDIN
- Cinsel yolla bulaşan hastalığı olan bireylerde ölüm anksiyetesi, yaşam kalitesi ve etkileyen faktörlerin belirlenmesi
Determination of influencing factors and death anxiety, quality of life in individuals with sexually transmitted diseases
ELİF YILDIRIM
Yüksek Lisans
Türkçe
2025
PsikiyatriGaziantep ÜniversitesiHemşirelik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. DERYA TANRIVERDİ
- Targeting and activation of antigen specific CD8+ T cells with peptide-major histocompatibility complex I tetramers
Peptit-majör histokompatibilite kompleks I tetramerleri ile antijen spesifik CD8+ T hücrelerin hedeflenmesi ve aktivasyonu
ŞAFAK CEREN USLU ŞIVGIN
Doktora
İngilizce
2025
BiyoteknolojiHacettepe ÜniversitesiTemel Onkoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HANDE CANPINAR
- Diyabeti olmayan ve tip 2 diyabet tanısını yeni almış olan hastalarda H-CRP ve fraktalkine düzeylerinin değerlendirilmesi
The study of H-CRP and fraktalkine levels in nondiabetic and patients who has just received the diagnosis of type ii diabetes
İSMAİL CAN KENDİR
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2016
Endokrinoloji ve Metabolizma HastalıklarıSelçuk Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. LEVENT KEBAPCILAR