Geri Dön

Bazı HIV-1 düşük düzey viremi suşlarında etravirin'e karşı dirençlerin in-silico ve in- vitro yöntemlerle araştırılması

Researching of resistance to etravirine in some HIV-1 low-level viremia strains by in-silico and in-vitro methods

PDF İndir

  1. Tez No: 866370
  2. Yazar: OFCAN OFLAZ
  3. Danışmanlar: PROF. DR. HATİCE MERGEN
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Genetik, Moleküler Tıp, Tıbbi Biyoloji, Genetics, Molecular Medicine, Medical Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Protein Yapısı, Biyoinformatik, Tıbbi Genetik, Moleküler Biyoloji, Mikrobiyoloji, İlaç Direnci, Protein Structure, Bioinformatics, Medical Genetic, Molecular Biology, Microbiology, Drug Resistance
  7. Yıl: 2023
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Hacettepe Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 103

Özet

İnsan İmmünyetmezlik Virüsü (HIV) konağın immün sistem hücrelerine genetik materyalini aktaran ve kontrol altına alınamadığında Kazanılmış İmmünyetmezlik Sendromu (AIDS) isimli klinik durumuna yol açan önemli bir virüstür. HIV enfeksiyonun kontrol altına alınabilmesi ve bulaştırıcılığının ortadan kaldırılması için antiretroviral tedavi (ART) ajanları kullanılmaktadır. Bu ajanlar HIV proteinlerini inhibe etmektedir. Etravirin (ETR) nükleozit olmayan ters transkriptaz enzim inhibitörlerinden birisidir. Düşük Düzey Viremi (LLW); ART devam eden HIV pozitif bireylerde, viral yükün devamlılığının olması durumudur. Viral yükün devamlılığı HIV pozitif bireylerin bulaştırıcılığının devam ettiği ve ilerleyen süreçte AIDS ile sonuçlanabilecek önemli problemlerden biridir. LLW durumunun, virolojik başarısızlık, ilaç emilim problemleri ve mutasyon sebepli ilaç direnci durumu olduğu düşünülmektedir. Çalışmamız kapsamında ETR direncinin in-silico yöntemlerle araştırılmamış Lys104Gln, Lys102Gln, Lys101Arg-Lys104Arg, Ser191Phe, Ile94Leu-Lys104Arg, Lys104Glu-His235Leu, Ala98Ser ve Val179Ile mutasyonları kullanılmıştır. Bu mutasyonlar LLW durumundaki HIV pozitif bireylerden elde edilen suşlardan analiz edilmiş RT enziminde ETR inhibisyon bölgesi ve çevresinde yer alan mutasyonlardır. Lys104Gln, Lys102Gln, Lys101Arg-Lys104Arg, Ser191Phe, Ile94Leu-Lys104Arg, Lys104Glu-His235Leu, Ala98Ser ve Val179Ile mutasyonlarının ETR direnci; homoloji modelleme, moleküler yerleştirme ve protein-ligand etkileşim analizi yöntemleriyle araştırılmıştır. Çalışmamız sonucunda in-silico yöntemlerle analiz edilmemiş; Ala98Ser ve Val179Ile mutasyonlarının ters transkriptaz enziminin ETR bağlanma bölgesinde konformasyonel değişiklik oluşturarak, düşük düzeyde ETR direncine yol açtığı düşünülmektedir.

Özet (Çeviri)

Human Immunodeficiency Virus (HIV) is a significant virus that, when left uncontrolled, leads to Acquired Immunodeficiency Syndrome (AIDS), a clinical condition characterized by the transmission of its genetic material to host immune system cells. To manage HIV infection and eliminate its transmissibility, antiretroviral therapy (ART) agents are employed. These agents function by inhibiting HIV proteins. Etravirine (ETR) is one of the non-nucleoside reverse transcriptase enzyme inhibitors. Low-Level Viremia (LLV) refers to the persistence of viral load in HIV-positive individuals who are under ongoing ART. The sustained viral load is a significant concern, as it indicates the continued transmissibility of HIV in infected individuals and may ultimately progress to AIDS. LLV is believed to result from virological failure, drug absorption issues, and mutation-induced drug resistance. In our study, we investigated Etravirine (ETR) resistance using in-silico methods, specifically focusing on the following mutations: Lys104Gln, Lys102Gln, Lys101Arg-Lys104Arg, Ser191Phe, Ile94Leu-Lys104Arg, Lys104Glu-His235Leu, Ala98Ser, and Val179Ile. These mutations were analyzed in the reverse transcriptase (RT) enzyme obtained from strains of HIV-positive individuals with Low-Level Viremia (LLV). These mutations are located in the vicinity of the ETR inhibition site. 16 The ETR resistance conferred by the Lys104Gln, Lys102Gln, Lys101Arg- Lys104Arg, Ser191Phe, Ile94Leu-Lys104Arg, Lys104Glu-His235Leu, Ala98Ser, and Val179Ile mutations was investigated using homology modeling, molecular docking, and protein-ligand interaction analysis methods. As a result of our study, it is hypothesized that the previously unanalyzed Ala98Ser and Val179Ile mutations, through inducing conformational changes in the ETR binding region of the reverse transcriptase enzyme, may contribute to low-level ETR resistance using in-silico methods.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    895711

    Primer Kas İnvaziv Olmayan Mesane Kanserli Hastalarda Serum ve İdrar Fractalkine Düzeyinin Klinik Önemi

    Clinical Importance of Serum and Urinary Fractalkine Level in Primary Non-Muscle Invasive Bladder Cancer

    CENGİZ ÇANAKCI

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2014

    Ürolojiİstanbul Medeniyet Üniversitesi

    Üroloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ASIF YILDIRIM

  2. Tez No

    525954

    Antiretroviral tedavi almamış HIV-1 ile enfekte hastalarda tedavi öncesi ilaç direncinin ultra-derin ve konvansiyonel dizi analizi yöntemleri ile incelenmesi

    Evaluation of pretreatment drug resistance in treatment naïve patients infected with HIV-1 using ultra-deep pyrosequencing and conventional sequencing methods

    AYSUN TEKİN

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2017

    Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon HastalıklarıMarmara Üniversitesi

    Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ULUHAN SİLİ

  3. Tez No

    622441

    Mass spectrometry-based comparative proteomic analysis of drug resistant and nonresistant strains of parasite Trichomonas vaginalis

    Trikomonas vajinalis parazitinin ilaca dirençli ve dirençsiz suşlarının kütle spektrometresi temelli karşılaştırmalı proteomik analizi

    BEGÜM ÖZYAĞCI

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2017

    Kimyaİzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü

    Kimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. TALAT YALÇIN

  4. Tez No

    255341

    Poly (DL-lactic-co-glycolic acid) microparticles and synthetic peptide drug conjugate for anti-cancer drug delivery

    Anti-kanser ilaç taşınması için poli (laktid-ko-glikolit) mikroparçacık ve sentetik peptit-ilaç konjugasyonu

    GÜLSEREN PETEK ŞEN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2009

    BiyoteknolojiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. GÜNGÖR GÜNDÜZ

    PROF. DR. UFUK GÜNDÜZ

  5. Tez No

    258945

    Türkiye'de HIV'e direnç ile ilgili mutant CCR5-?32 allel sıklığının araştırılması

    Investigation of the frequency of mutant CCR5-?32 allel related to HIV resistance in Turkey

    GAMZE KARAKAYA

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2010

    BiyolojiKırıkkale Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ŞÜKRAN ÇAKIR ARICA

Geri Dön