Determination of BAP1 mutaion in cancerous and immortalized cells of mesothelium
Mezotelyumun ölümsüzleştirilmiş ve kanserli hücrelerinde BAP1 mutasyonunun belirlenmesi
- Tez No: 473090
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. SABAHATTİN CÖMERTPAY
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Moleküler Tıp, Tıbbi Biyoloji, Molecular Medicine, Medical Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2017
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Kahramanmaraş Sütçü İmam Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik ve Bilimleri Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 77
Özet
BRCA-1 ile ilişkilendirilmiş protein-1 (BRCA-1 associated protein : BAP1) bir tumor baskılayıcı proteindir ve bu proteini kodlayan gen 3p21 kromozom bölgesinde yer almaktadır. Bu gen üzerinde bir bölgenin, mezotelyoma, kutanyus melonama, göz melanoması, akciğer ve meme kanseri gibi birçok farklı tür kanserde eksik olduğu gözlenmiştir. Somatik BAP1 mutasyonları göz melanoması ve mezotelyomada yaygın olarak bulunmaktadır ve BAP1 mutasyonları barındıran kanser hücreleriyle gerçekleştirilen yeniden yapılandırma deneylerinde BAP1'in büyüme engelleyici etkileri için hem BAP1'in kimyasal işlem aktivitesi hem de çekirdeğe transferinin gerekli olduğunu gösterilmiştir. Tümörün geliştiği vücut kısmına bağlı olarak, üç yaygın mezoteliyoma tipi vardır; peritoneal mezoteliyoma (karın), perikardial mezotelyoma (kalp) ve plevral mezotelyoma (akciğer). Bu kanser asbestos ve eriyonit liflerine maruz kalma sonucu gelişmektedir. Lifler solunumla alındıktan sonra, akciğerin ve yukarıda sayılan diğer organların yüzeyinde tutulurlar. Birikmeye başlayan bu lifler zamanla hücrede yapısal ve genetik bazı bozulmalara neden olurlar ve bu bozulmalar sonuçta kansere neden olabilir. Evrensel olarak ortaya konulmuştur ki malignant plevral mezotelyomanın görülme sıklığı geçtiğimiz on yıllarda artış göstermiştir ve bu artışın 2020 yılında tepe bir noktaya ulaşacağı varsayılmaktadır. Üreme hücre öncüllerinde görülen BAP1 mutasyonu malignant plevral mezotelyoma, tipik olmayan melanositik tümörler ve diğer kanser türlerinin yüksek risk faktörü olarak belirlenmiştir. Mezotelyoma tümörlerinde bulunan BAP1 mutasyonları proteinin yapısında bir değişikliğe neden olmaktadır ve bu değişiklik en çok çekirdeğe yönelim sinyalinin kaybı olarak kendini göstermektedir. Her ne kadar BAP mutasyonları birçok mezotelyoma tümöründe görülmüşse de, in vitro çalışmalarda kullanılan mezotelyoma hücre hatlarındaki BAP1 mutasyonlarını inceleyen araştırmaların sayısı oldukça düşüktür. Buna bağlı olarak, biz bu çalışmada, laboratuvarımızda düzenli olarak kullanılan kanserli ve ölümsüzleştirilmiş mezotelyum hücre hatlarında BAP1 geninin sekanslanması yoluyla mutasyon durumlarının ortaya çıkarılmasını amaçladık. Kanser hücreleri ATCC (Kat. No : 5946) firmasından satın alınırken ölümsüzleştirilmiş hücreler Coriell Enstitüsünden (AG07086) ücretsiz olarak edinilmiştir. Hücreler %80 doluluğa ulaşıncaya kadar kendi besiyerlerinde büyütülmüşlerdir. Bu kalabalıklığa ulaştıklarında hücreler toplanmış ve DNAları izole edilmiştir. Elde edilen DNA'lar, 1-2-3, 4, 6-7, 9 ve 13 numaralı ekzonları çoğaltan primerler ile PCR aracalığıyla amplifiye edilmiştir. PCR ürünlerinin kalitesinin elektroferez yardımıyla kontrolünden sonra bu ürünler sekanslamaya gönderilmişler ve elde edilen sonuçlar referans gen ile karşılaştırılmıştır. Sonuç olarak, mezotelyoma hucre hattında dort mutasyon bulunurken olumsuzlestırılmıs hucre hattında bes mutasyon bulunmusturç Kanser hattındakı mutasyonlardan ikisi intron 3'te diğer ikisi intron 5'te yer almaktadır. ölümsüzleştirilmiş hücrelerde iki mutasyon intron 3'te uç mutatson ise ekson 13'te bulunmuştur.
Özet (Çeviri)
BRCA-1 Associated Protein-1(BAP1) is a tumor suppressor protein, and its gene is located on chromosome 3p21. On the gene, there is an area which is removed in a various type of cancers, involving mesothelioma, cutaneous and uveal melanoma, and cancers of the lung and breast. Somatic BAP1 mutations are common in uveal melanoma and mesothelioma, and reconstitution studies in cancer cells harboring BAP1 mutations indicated that both BAP1 chemical process activity and nuclear localization were needed for its growth-suppressive properties. According to the body site from which the tumor develops, there are three different types of mesothelioma; peritoneal mesothelioma (stomach), pericardial mesothelioma (heart), and pleural mesothelioma (lung). This malignancy is caused by the exposure to fine particles of asbestos fibers and erionite. Once these fibers are respired, they can become settled in the lining around the lungs (or other organs mentioned above). The fibers become accumulated in the body, and cause cellular and genetic distractions that can ultimately lead to cancer. It has been universally demonstrated that the incidence of Malignant pleural mesothelioma (MPM) raised over the past decades while envision to this estimates to peak in 2020. Germline BAP1 mutations have been recently related with a higher risk of MPM, atypical melanocytic tumors and other neoplasms. The presence of mutation in mesothelioma tumors caused a change in the protein, whose most common trait was the loss of nuclear localization signal. Although BAP1 mutations have been detected in many mesothelial tumors, the number of the studies investigating the mutations in the cell lines used in vitro research is low. Therefore, our purpose in this study is to sequence BAP1gene in cancerous and immortalized cell lines of mesothelium which we regularly use in our laboratory, in order to reveal their mutation patterns. Cancerous cells were purchased from ATCC (Cat.No.5946) while immortalized cells were obtained from Coriell lnstitute (AG07086). Cells were cultured and grown in their regular media until they reached to % 80 confluences. At that point, the cells were collected and DNA was isolated from them by using a DNA Isolation Kit. PCR was run with five different primer pairs which amplify the exons 1-2-3, 4, 6-7, 9 and 13. Following the quality check of the amplicons through gel electrophoresis, they were sequenced and the sequences were compared to the reference gene. As a result, we identified four mutations in cancer cells and 5 mutations in immortalized cells. In cancerous cells two mutations were found to be in intron 3 while the others were located in intron 5. As for immortalized cells three mutations were located in exon 13 and two located in intron 3.
Benzer Tezler
- Göz kapağı, konjunktiva ve orbita tümörlü hastalarda bap1 ve bap1 ile etkileşimde bulunan bazı genlerin ekspresyon profillerinin belirlenmesi
Determination of the expression profiles of BAP1 and BAP1 associated several genes in patients with eyelid,conjunctiva and orbita tumours
AYÇA TAŞ
Doktora
Türkçe
2017
BiyokimyaCumhuriyet ÜniversitesiTıbbi Biyokimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. YAVUZ SİLİĞ
- Doğal ve kültür nergislerin karakterızasyonu, yetiştiriciliğinin yaygınlaştırılması, yeni çeşit adaylarının belirlenmesi
Characterization and desstimination of growing and natural and culture narcisuss and determination of new varieties
SEYED REZA YAHYAVI ZANJANI
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
ZiraatEge ÜniversitesiBahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA ERCAN ÖZZAMBAK
- Endemik Sideritis tmolea bitkisinin In vitro rejenerasyonpotansiyelinin belirlenmesi
Determination of In vitro regeneration abilities of endemic Sideritis tmolea
BÜŞRA SOYDAN YAŞAR
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
ZiraatSelçuk ÜniversitesiTarla Bitkileri Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MUSTAFA YORGANCILAR
- Mor prens lalesi yaprak eksplantlarının in vitro rejenerasyon yeteneklerinin belirlenmesi
Determination of in vitro regeneration capabilities of purple prince tulip leaf explants
MELTEM ERDEM
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
ZiraatAydın Adnan Menderes ÜniversitesiTarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HÜSEYİN UYSAL
- Işkında (Rheum ribes L.) in vitro mikroçoğaltım ve somaklonal varyasyonun belirlenmesi
In vitro micropropagation and determination of somaclonal variation in rhubarb (Rheum ribes L.)
MUHAMMED ALDAİF
Doktora
Türkçe
2023
BiyoteknolojiAtatürk ÜniversitesiTarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MURAT AYDIN