Computational establishment of microRNA metabolic networks
MikroRNA metabolik ağlarının bilişimsel kurulumu
- Tez No: 473177
- Danışmanlar: DOÇ. DR. JENS ALLMER
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2017
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 67
Özet
MikroRNAlar (miRNAlar) tek diziden oluşan, küçük, kodlayıcı olmayan, hedef mRNAlarının translasyonel inhibisyonu, bozunması ve kararsızlaşması gibi çeşitli mekanizmalar aracılığıyla transkripsiyon sonrası seviyesinde gen ekspresyonunu kontrol edebilen RNAlardır. Farklı türlerde binlerce miRNA rapor edilmesine rağmen çoğu hala bilinmemektedir. Bu nedenle, yeni miRNAların belirlenmesi, miRNA aracılı transkripsiyon sonrası düzenleme mekanizmalarını analiz etmek için önemli bir işlemdir. Ayrıca, birçok biyolojik yaklaşım nadir miRNAları ortaya çıkarma kapasitesindeki sınırlamalardan muzdariptir ve inceleme altındaki organizmanın durumuyla daha da kısıtlıdır. Bu tür sınırlamalar olası miRNAların in silico olarak tanımlanması için karmaşık bilişimsel araçların yapımıyla sonuçlanmıştır. Ancak, bu programlar düşük duyarlılık ve/veya doğruluktan muzdariptir ve bunun sonucu olarak da tüm tahminlerin deneysel olarak doğrulaması için yeterince güven vermemektedir. Bu çalışmada amaç, verilen herhangi bir dizideki potansiyel miRNAları tahmin etmek için yeni ve uyarlanabilir makine öğrenme temelli bir yöntem oluşturarak bu zorlukların üstesinden gelmektir. Önerilen yöntemin verimliliği çeşitli veri kümeleri üzerinde uygun araçlar ile karşılaştırılarak gösterilmektedir. Bu yaklaşımı kullanılarak insan (Homo sapiens), meyve sineği (Drosophila melanogaster) ve domates (Solanum lycopersicum) gibi çeşitli organizmaların genomlarından miRNAlar tanımlanmıştır. Ayrıca, hem olası virüs miRNAları ve insan genleri arasındaki ağlar hem de Solanum lycopersicum nükleer ve organel genomları arasındaki miRNA vasıtalı iletişim incelenmiştir.
Özet (Çeviri)
MicroRNAs (miRNAs) are single-stranded, small, non-coding RNAs, that control gene expression at the post transcriptional level through various mechanisms such as translational inhibition, degradation and destabilisation of their target mRNAs. Despite the fact that thousands of miRNAs have been reported in various species, most still remain unknown. Due to this, the identification of new miRNAs is an essential process for analysing miRNA mediated post transcriptional regulation mechanisms. Moreover, many biological approaches suffer from limitations in their capacity to reveal rare miRNAs, and are further restricted to the state of the organism under examination. Such limitations have resulted in the construction of sophisticated computational tools for identification of possible miRNAs in silico. However, these programs suffer from low sensitivity and/or accuracy and as a result they do not provide enough confidence for validating all their predictions experimentally. In this study, the aim is overcoming these challenges by creating a new and adaptable machine learning based method to predict potential miRNAs in any given sequence. The efficiency of proposed method is shown by comparison with available tools on various data sets. By using this approach, miRNAs from the genomes of various organisms like human (Homo sapiens), fly (Drosophila melanogaster) and tomato (Solanum lycopersicum) are identified. Moreover, networks between the possible miRNAs of virus and human genes as well as the communications among nuclear and organelle genomes of Solanum lycopersicum through miRNAs are investigated.
Benzer Tezler
- Computational identification of G quadruplexes secondary structures
G dörtlü yapılarının ikincil yapılarının hesaplamalı tanımlanması
TUGAY DİREK
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİzmir Ekonomi ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Bilim Dalı
DOÇ. DR. OSMAN DOLUCA
DR. ÖĞR. ÜYESİ KAYA OĞUZ
- Toprak-hava ısı değiştiricisi sisteminin hesaplamalı akışkanlar dinamiği analizi
Computational fluid dynamics analysis of earth-air heatexchanger
METİN KURT
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Makine MühendisliğiManisa Celal Bayar ÜniversitesiMakine Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. LEYLA ÖZGENER
- On the establishment of pseudo random keys for body area network security using physiological signals
Gövde alan ağlarının güvenliği için fizyolojik sinyaller kullanılarak sözde rasgele anahtarlar oluşturulması
BESTE SEYMEN
Yüksek Lisans
İngilizce
2019
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolSabancı ÜniversitesiPROF. DR. ALBERT LEVİ
DR. DUYGU KARAOĞLAN ALTOP
- Identifying the working principles of human DNA methyltransferase 3A enzyme by computational methods
İnsan DNA metiltransferaz enziminin çalışma mekanizmasının hesaplamalı yöntemlerle belirlenmesi
BÜŞRA SAVAŞ
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
BiyofizikKadir Has ÜniversitesiHesaplamalı Biyoloji ve Biyoinformatik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ŞEBNEM EŞSİZ GÖKHAN
DR. ÖĞR. ÜYESİ EZGİ KARACA EREK
- Hareket başlatma ve derin beyin uyarımına ilişkin bir bazal çekirdek devresi hesaplamalı modeli
A computational model of basal ganglia for action initiation and deep brain stimulation
MUSTAFA YASİR ÖZDEMİR
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
Elektrik ve Elektronik Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiElektronik ve Haberleşme Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. NESLİHAN SERAP ŞENGÖR