Geri Dön

Assessing protein-ligand binding modes, novel drug skeleton candidates for pde4b and conformational rearrangements of ef-tu in gtp hydrolysis with computational tools

Protein-ligand bağlanma modu tahmini, pde4b enzimi için yeni aday ilaç yapıları ve uzama faktörü tu'nun gtp hidrolizindeki konformasyonel değişikliklerinin hesapsal yöntemlerle tespiti

  1. Tez No: 474295
  2. Yazar: GÜLŞAH ÇİFCİ BAĞATIR
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. ŞARON ÇATAK, PROF. DR. VİKTORYA AVİYENTE
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Kimya, Chemistry
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2017
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Kimya Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 145

Özet

Bu tezin ilk kısmında, PDE4B enzimine yeni inhibitor önerileri için bilgisayar destekli ilaç tasarımı yaklaşımlarından, yapı-bazlı yöntemlerden doklama, moleküler dinamik benzetim ve serbest bağlanma enerjisi hesaplama yöntemlerinden Moleküler Mekanik/Genelleştirilmiş Born Yüzey Alan (MM-GB/SA) tekniği ile ligand-bazlı ilaç tasarımı yöntemlerinden olan farmakofor modelleme teknikleri kullanılmıştır. PDE4B inhibitörleri için yapısal-bazlı farmakofor modelleri ile sanal eleme yapılmıştır. Her PDE4B inhibitörü için 40 bağımsız moleküler dinamik simülasyonun ortalaması Moleküler Mekanik/Genelleştirilmiş Born Yüzey Alan (MM-GB/SA) tekniği ile Gibbs serbest bağlanma enerjileri (ΔGbinding) hesaplanmıştır. IC50 değerleri ile MM-GB/SA arasındaki doğrusal korelasyon Michaelis–Menten sabiti (Km), sübstrat konsantrasyonu ve deney koşullarının aynı olduğu varsayılarak bağlanma isteği (Ki) ile IC50 arasındaki doğrusal bağıntıyla analiz edilmiştir. Bu tezin ikinci kısmında, farklı organizmalardaki (Thermos-Aquaticus (T.aquaticus) ve Escheria Coli (E.coli) EF-Tu-GTP komplesinin GTPaz aktivitesindeki önemli amino-asitlerin moleküler dinamik simülasyonların yardımıyla tespit edilmiştir. Çalışma, moleküler dinamik benzetim sonuçlarının deneysel sonuçlarla kıyaslanmasıyla yürütülmüştür. Uzama faktörü Tu'nun GTP hidrolizi esnasındaki konformasyonel değişimi moleküler dinamik benzetimleriyle açıklanmıştır.

Özet (Çeviri)

In the first part of this dissertation, computer-aided drug design approaches, structure-based methodologies such as docking, molecular dynamics simulations and Gibbs free energy calculations with Molecular Mechanics-Generalized Born/Surface Area (MM-GB/SA) and ligand-based drug design methodologies like pharmacophore modeling are used to propose novel inhibitors for Phosphodiesterase4B (PDE4B) inhibitors. Virtual screening based on structure-based pharmacophore models has been performed for PDE4B inhibitors. The free energy of binding (ΔGbinding) as the total average of 40 independent simulations of each PDE4B inhibitors has been calculated with the MM-GB/SA method. The linear correlation between half maximal inhibitory concentration (IC50) and MM-GB/SA results have been analyzed with the linear dependency between binding affinity (Ki) and IC50, assuming that Michaelis-Menten constant (Km), substrate concentrations [S], and experimental conditions are similar. In the second part of this dissertation, the role of important amino acids in GTPase activity of EF-Tu-GTP for different organisms (Thermos-Aquaticus (T.aquaticus) and Escheria Coli (E.coli) complex have been determined by the aid of molecular dynamics (MD) simulations. The study has been carried out by comparing the experimental results with the results of the MD simulations. The conformational changes during the GTP hydrolysis in the Elongation factor-thermo unstable (EF-Tu) is explained with MD simulations.

Benzer Tezler

  1. Targeted drug design with warm start

    Sıcak başlangıç ile hedef odaklı ilaç tasarımı

    GÖKÇE ULUDOĞAN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2021

    Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolBoğaziçi Üniversitesi

    Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ARZUCAN ÖZGÜR TÜRKMEN

    DOÇ. DR. ELİF ÖZKIRIMLI ÖLMEZ

  2. Serratia marcescens GBS19 izolatına ait kitinaz A gen bölgesinin klonlanması, ekspresyonu, saflaştırılması ve tarım zararlısı Myzus persicae üzerine insektisidal akitivitesinin incelenmesi

    Cloning, expression, purification of the chitinase A gene region of serratia marcescens GBS19 isolation and investigation of insecticidal effect on agricultural pest Myzus persicae

    AHMET CAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    BiyomühendislikMuğla Sıtkı Koçman Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ÖMÜR BAYSAL

  3. AVPR2 proteininin homoloji temelli üç boyutlu yapı modellemesi

    Homology based three dimensional structure modeling of AVPR2 protein

    OFCAN OFLAZ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2017

    BiyokimyaHacettepe Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HATİCE MERGEN

  4. Subklinik hipertiroidinin kemik yıkımı ve yapımı üzerine etkisi

    Effect of subclinical hyperthyroidism on bone formation and resorption

    AYŞE ELVERDİ ÖZBEK

    Tıpta Uzmanlık

    İngilizce

    İngilizce

    2019

    Endokrinoloji ve Metabolizma HastalıklarıSelçuk Üniversitesi

    İç Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. HÜSEYİN KORKMAZ

  5. Characterization of innate and adaptive immune responses of two rare primary immune deficiencies: CTPS1 and CD55

    İki adet nadir görülen primer immün yetmezliklerin doğal ve edinsel bağışıklık cevaplarının karakterize edilmesi: CTPS1 ve CD55

    GÖKSU GÖKBERK KAYA

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2019

    Genetikİhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. İHSAN GÜRSEL