Mikrorna deneylerinin bilgi tabanlı temsili ile tıbbi karar destek sürecinin desteklenmesi
Supporting medical decision support process with knowledge-based representation of microrna experiments
- Tez No: 479241
- Danışmanlar: PROF. DR. HASAN OĞUL
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Computer Engineering and Computer Science and Control
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2017
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Başkent Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 241
Özet
Tıp teknolojilerinin gelişmesi ile hem kişiselleşmiş tıp yaklaşımı hem de gen ifadelerinin analizlerine yönelik çalışmalar yaygınlaşmaya başlamıştır. Gen ifadelerinin hastalık teşhisi ve benzer vakaların tespit edilmesi amacıyla kullanılabildiğinin gösterilmesi bu alanda disiplinler arası çalışmaların artmasına neden olmuştur. Gen ifadelerinin istatistiksel olarak karşılaştırılması esasına dayanan çalışmalar olmakla birlikte, alan bilgisinin analizlere yansıtılmasının araştırma verimliliğine olumlu olarak yansıyacağı değerlendirilmektedir. Bu tez çalışması kapsamında, mikroRNA (miRNA) ifadelerinin hastalık teşhisi ve ilgili vakaların geri getirilmesine yönelik kullanılmasında başarımın arttırılması hedeflenmiştir. Bu amaçla, alan bilgisinin analizlere yansıtılabilmesi için literatür tabanlı elde edilmiş miRNA grupları kullanılarak deney temsilinin küme bazlı yapılması yaklaşımı esas alınmıştır. Önerilen yaklaşım kapsamında araştırmacıların kullanımına açık tarayıcı tabanlı miSEA aracı (http://binf.baskent.edu.tr) geliştirilmiş ve deneylerin temsil edilmesi için kullanılmıştır. Bu yaklaşım ile geleneksel yöntemler karşılaştırılmış; sınıflandırma analizlerinde SVM algoritması ve geri-getirim çalışmalarında ise Öklid algoritması ile performans artışı sağlandığı tespit edilmiştir. Buna ek olarak, güncel gen ifade profilleme teknolojilerinin de analiz edilebilmesi için çapraz-teknoloji deney arama yaklaşımı önerilmiş ve performans analizleri yapılmıştır. Gerçekleştirilen sistem ve önerilen yaklaşımları içeren modüllerin karar destek sistemlerinde kullanılmasına yönelik öneri oluşturulmuştur.
Özet (Çeviri)
Recent technological advancements related with medical informatics has led to progress in both personalized medical support approach and the analysis of gene expression. It has been shown that gene expressions can be used to diagnose disease and identify similar cases. Besides the studies based on the statistical comparison of gene expressions, it is anticipated that the incorporation of the domain knowledge into the analyzes will make a positive contribution to the accuracy of research. Within the scope of this thesis, it is aimed to increase the success of using miRNA gene expressions to diagnose disease and to retrieve relevant cases. For this purpose, a set-based representation of experiments is proposed, which is based on the analysis of miRNA expressions together with miRNA sets obtained from the literature. Within the scope of the proposed approach, a browser-based tool, which is named as miSEA (http://binf.baskent.edu.tr), that is available to the use of researchers has been developed. The proposed approach has been compared with traditional methods and it has been found that performance improvement is achieved in classification by using SVM algorithm. Also, experiment retrieval performance improved by using Euclidean algorithm. In addition, a cross-technology experiment retrieval approach was proposed and performance analysis were conducted to analyze current gene expression profiling technologies. Moreover, a proposal has been made to use the modules including the implemented system and the suggested approaches in decision support systems.
Benzer Tezler
- MikroRNA veri tabanlarında bilgi geri-getirimi
Information retrieval in microRNA databases
KORAY AÇICI
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolBaşkent ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HASAN OĞUL
- Mır-216b'nı̇n meme kanserı̇nde trastuzumab tedavı̇sı̇ ve gelı̇şen dı̇renç sürecı̇nde rollerı̇nı̇n araştırılması
Investigation of the role of mir-216b in trastuzumab treatment and resistance development process in breast cancer
İŞTAR BURCU DOLAPÇI
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
BiyolojiAnkara ÜniversitesiTemel Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BALA GÜR DEDEOĞLU
- Classification of microRNA-disease associations and microRNA-species associations based on k-mer sequence representation
K-mer sekans gösterimine dayalı microRNA-hastalık ilişkilerinin ve microRNA-tür ilişkilerinin sınıflandırılması
YALÇIN HAN ERBAŞI
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolAbdullah Gül ÜniversitesiElektronik ve Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ BURCU GÜNGÖR
- Identification of long non-coding RNAs that regulates apoptosis in human
İnsanda apoptozu düzenleyen uzun kodlanmayan RNA'ların belirlenmesi
ULVİ AHMADOV
Yüksek Lisans
İngilizce
2013
Biyolojiİzmir Yüksek Teknoloji EnstitüsüMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BÜNYAMİN AKGÜL
- Servikal intraepitelyal neoplazi tanılı hastalarda yüksek riskli HPV persistansı olan ve olmayan gruplarda farklı mikroRNA değerlerinin karşılaştırılması
Comparison of different micrRNA levels in patientsdiagnosed with cervical ntraepithelial neoplasia (CIN)with and without high-risk HPV persistence
AYŞENUR AKKOÇ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
GenetikPamukkale ÜniversitesiKadın Hastalıkları ve Doğum Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. DERYA KILIÇ