MikroRNA veri tabanlarında bilgi geri-getirimi
Information retrieval in microRNA databases
- Tez No: 398862
- Danışmanlar: DOÇ. DR. HASAN OĞUL
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Computer Engineering and Computer Science and Control
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2015
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Başkent Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Büyük ve açık veri tabanlarında bulunan biyolojik deneylerin içerik tabanlı geri getirimi biyoenformatik ve hesaplamalı biyolojide güncel bir problemdir. İçerik-tabanlı getirimde genel olarak, herhangi bir deneysel üst-veri içermeyen örnek sorgu kullanarak bir veri tabanında arama yapılabilmesi hedeflenmektedir. Bu çalışmada özel olarak mikrodizi veri tabanlarında ilgili mikroRNA deneylerinin geri-getirimi problemine odaklanılmıştır. Bunun için işlemsel bir alt yapı önerilmiştir. Mikrodizi profil deneylerinde farklı ifade olan mikroRNA'ları belirlemek için bir normal-tekdüze karışım modeli alt yapıya uyarlanmıştır. Ayrıca mikrodizi deney içeriğini temsil etmek için bilgi-tabanlı bir yöntem önerilmiştir. Ölçülmüş ifade verisi üzerinde istatistiksel zenginleşme analizi için mikroRNA'ların kemoterapi direncini temel alan bir dizi ek açıklamalı mikroRNA kümesi kullanılmıştır. Farklı ifade değerlerini temel alan gerçek-değerli deney imzalarını ikili hale çevirmede kullanmak üzere sıra-tabanlı bir eşikleme yöntemi önerilmiştir. Kategorik imzaları karşılaştırmak için etkili bir benzerlik ölçütü tanıtılarak iki deney arasındaki ilgililiğin ortaya çıkarılmasında kullanılmıştır. Önerilen modelin geri-getirim kabiliyetini ayırt etmek için deneysel ilgililik iki farklı bakış açısı ile değerlendirilmiştir. Birincisi hastalık ilişkisi, ikincisi ise embriyonik köken ortaklığıdır. Bilindiği kadarıyla deney geri getirim problemi, mikroRNA mikrodizileri bağlamında ilk defa bu çalışma ile incelenmiştir.
Özet (Çeviri)
Content-based retrieval of biological experiments in large public repositories is a recent challenge in computational biology and bioinformatics. The task is, in general, to search in a database using a query-by-example without any experimental meta-data annotation. Here, a more specific problem that seeks a solution for retrieving relevant microRNA experiments from microarray repositories is considered. A computational framework is proposed with this objective. The framework adapts a normal-uniform mixture model for identifying differentially expressed microRNAs in microarray profiling experiments. Also a knowledge-based approach for representing microarray experiment content is proposed. A group of annotated microRNA sets based on their chemotherapy resistance are used for a statistical enrichment analysis over observed expression data. A rank-based thresholding scheme is offered to binarize real-valued experiment fingerprints based on differential expression. An effective similarity metric is introduced to compare categorical fingerprints, which in turn infers the relevance between two experiments. Two different views of experimental relevance are evaluated, one for disease association and another for embryonic germ layer, to discern the retrieval ability of the proposed model. To the best of one's knowledge, the experiment retrieval task is investigated for the first time in the context of microRNA microarrays.
Benzer Tezler
- Gen ifade tahmini için veri bütünleştirme
Data integration for predicting gene expression
TUNCAY BAYRAK
Doktora
Türkçe
2019
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolBaşkent ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HASAN OĞUL
- Development of mirna biomarkers for the differentiation between gingivitis and periodontitis: A pilot study
Gingivitis ve periodontitis ayrımı için mirna biyobelirteçlerinin geliştirilmesi: Pilot çalışma
DHAFIR LATIEF FAYADH FAYADH
Doktora
İngilizce
2023
BiyokimyaSüleyman Demirel ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA CALAPOĞLU
- Tekrarlayan implantasyon başarısızlığında, doku ve dolaşımdaki MikroRNA'ların etkisi
The role of the serum exosomal and endometrium MicroRNAs in recurrent implantation failure
FATEMEH AZHARI ZARNAGH
Doktora
Türkçe
2019
Moleküler Tıpİstanbul ÜniversitesiMoleküler Tıp Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SADRETTİN PENÇE
- Metastatik kolorektal kanserde dolaşımdaki tümör hücresi durumuyla ilişkili aday biyobelirteçlerin araştırılması
Investigation of candidate biomarkers associated with circulating tumor cell status in metastatic colorectal cancer
BERKCAN DOĞAN
Doktora
Türkçe
2024
GenetikBursa Uludağ ÜniversitesiTranslasyonel Tıp Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. DİLEK PİRİM
- Aşırı aktif mesanede mikroRNA ilişkisi ve klinik korelasyon
The role of microRNA in over active bladder: Relationship and clinical correlation
KÜRŞAT KÜÇÜKER