Geri Dön

Escherichia coli genotiplerinin PFGE ile belirlenmesi

Genotyping of Escherichia coli by PFGE

  1. Tez No: 482561
  2. Yazar: SEVDA ALTINTAŞ
  3. Danışmanlar: PROF. DR. İLHAN ALTINOK
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Balıkçılık Teknolojisi, Fisheries Technology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2017
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Karadeniz Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Balıkçılık Teknolojisi Mühendisliği Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 58

Özet

Bu çalışmada, Trabzon ve Rize illerindeki tatlı sularda bulunan 7 farklı gökkuşağı alabalığı tesisinin giriş-çıkışındaki su ve sedimentten izole edilen 75 Escherichia coli izolatlarının eritromisin (ereA ve ereB geni) ve florfenikol (florR geni) dirençliliklerine göre genotipik yanının değişip değişmediği belirlenmiştir. Bu bağlamda genomik DNA'lar XbaI ve ApaI restriksiyon enzimleri ile kesilerek pulse field jel elektroforez (PFGE)'de yürütülmüştür. XbaI enzimi ile kesildikten sonra yapılan PFGE analizi sonucunda genomik DNA'larının benzerlik oranları %93 baz alındığında 4 temel kümede (X1-X4) gruplandırılmıştır. Bu sonuçlara göre tüm izolatlar arası benzerlik oranları %79.1 olup, TASWG 0411, TASSC 0811, TASSC 0211, SURWG 1010 ve AASG 0810 suşları diğer gruplardan ayrıldığında geri kalan suşların benzerlik oranları %85.1 olmaktadır. ApaI enzimi ile kesildikten sonra yapılan PFGE analizi sonucunda çalışılan suşlar 4 temel kümede (A1-A4) gruplandırılmıştır. A1 kümesi en büyük küme olup bünyesinde toplam suşların %51'ini barındırmaktadır. Antibiyotik direnç genlerine bakılan E. coli izolatlarının en fazla ereB'ye karşı direnç gösterdiği belirlenirken ereA, ereB ve florR geni varlıkları ile PFGE genotipi arasında bir ilişkiye rastlanmamıştır.

Özet (Çeviri)

In the present study, 75 Escherichia coli isolated from seven different fish farms located in Trabzon and Rize. Water and sediment samples were taken from water inlet and outlet. Isolates were screened in the presence of erythromycin (ereA and ereB) and florfenicol (floR) genes. Potential relationship between antibiotic resistance genes and Pulse Field Gel Electrophoresis (PFGE) profile was determined. For this purpose, genomic DNA of the strains was digested with XbaI and ApaI restriction enzymes separately and run on the PFGE. Based on 93% similarity ratio, strains were grouped in 4 clusters (X1-X4) after cutting with XbaI. The similarity ratios among all isolates were 79.1%, and when TASWG 0411, TASSC 0811, TASSC 0211, SURWG 1010 and AASG 0810 strains of were separated from the other groups, similarity ratio was increased to 85.1%. Similar to XbaI restriction enzyme profile, after digesting bacterial DNA with ApaI, strains separated in 4 clusters (A1-A4). Largest cluster was A1 and it contained 51% of the strains. It was determined that the most common antibiotic resistance gene was ereB followed by ereA and floR. There was relationship was found between presence of antibiotic resistance genes and PFGE profile.

Benzer Tezler

  1. Yabani kuşlardan izole edilen esherichia coli izolatlarının antibiyotik direnç patternlerinin ve genotiplerinin belirlenmesi

    Determination of antibiotic resistance patterns and genotypes of escherichia coli isolates isolated from wild birds

    NEJASH ABDELA AHMED

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik MikrobiyolojiOndokuz Mayıs Üniversitesi

    Mikrobiyoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. TİMUR GÜLHAN

  2. Broylerden izole edilen escherichia coli'lerin önemli virulans genlerinin ve antibiyotik direncinin incelenmesi

    Investigation of the important virulence genes and antibiotic resistance of escherichia coli's isolated from broiler

    AYHAN İLÇEBAYLIK

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2020

    Veteriner HekimliğiAydın Adnan Menderes Üniversitesi

    Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SÜHEYLA TÜRKYILMAZ

  3. Gram negatif basillerde CTX-M tipi beta-laktamazların genotiplerinin araştırılması

    The investigation of CTX-M type beta-lactamases in gram negative bacills

    AYŞE NUR YURTMAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2007

    MikrobiyolojiEge Üniversitesi

    Farmasötik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    Y.DOÇ.DR. HÜSEYİN TAŞLI

  4. Türkiye'de yaygın olarak yetişen sarımsak genotiplerinin antimikrobiyal etkilerinin belirlenmesi

    Determination of antimicrobial action of garlic genotypes grown in turkey

    BİLGE ÇALIŞKAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    Gıda MühendisliğiBursa Teknik Üniversitesi

    Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ AYCAN CİNAR

  5. Süs bitkisi potansiyeli yüksek olan lavanta genotiplerinin (Lavandula sp.) belirlenmesi, moleküler, morfolojik ve bazı fitokimyasal özelliklerinin karakterizasyonu

    Determination of lavender genotypes (Lavandula sp.) with high ornamental potential, characterization of molecular, morphological and some phytochemical properties

    AKİFE DALDA ŞEKERCİ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    ZiraatErciyes Üniversitesi

    Bahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. OSMAN GÜLŞEN