Escherichia coli genotiplerinin PFGE ile belirlenmesi
Genotyping of Escherichia coli by PFGE
- Tez No: 482561
- Danışmanlar: PROF. DR. İLHAN ALTINOK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Balıkçılık Teknolojisi, Fisheries Technology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2017
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Karadeniz Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Balıkçılık Teknolojisi Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bu çalışmada, Trabzon ve Rize illerindeki tatlı sularda bulunan 7 farklı gökkuşağı alabalığı tesisinin giriş-çıkışındaki su ve sedimentten izole edilen 75 Escherichia coli izolatlarının eritromisin (ereA ve ereB geni) ve florfenikol (florR geni) dirençliliklerine göre genotipik yanının değişip değişmediği belirlenmiştir. Bu bağlamda genomik DNA'lar XbaI ve ApaI restriksiyon enzimleri ile kesilerek pulse field jel elektroforez (PFGE)'de yürütülmüştür. XbaI enzimi ile kesildikten sonra yapılan PFGE analizi sonucunda genomik DNA'larının benzerlik oranları %93 baz alındığında 4 temel kümede (X1-X4) gruplandırılmıştır. Bu sonuçlara göre tüm izolatlar arası benzerlik oranları %79.1 olup, TASWG 0411, TASSC 0811, TASSC 0211, SURWG 1010 ve AASG 0810 suşları diğer gruplardan ayrıldığında geri kalan suşların benzerlik oranları %85.1 olmaktadır. ApaI enzimi ile kesildikten sonra yapılan PFGE analizi sonucunda çalışılan suşlar 4 temel kümede (A1-A4) gruplandırılmıştır. A1 kümesi en büyük küme olup bünyesinde toplam suşların %51'ini barındırmaktadır. Antibiyotik direnç genlerine bakılan E. coli izolatlarının en fazla ereB'ye karşı direnç gösterdiği belirlenirken ereA, ereB ve florR geni varlıkları ile PFGE genotipi arasında bir ilişkiye rastlanmamıştır.
Özet (Çeviri)
In the present study, 75 Escherichia coli isolated from seven different fish farms located in Trabzon and Rize. Water and sediment samples were taken from water inlet and outlet. Isolates were screened in the presence of erythromycin (ereA and ereB) and florfenicol (floR) genes. Potential relationship between antibiotic resistance genes and Pulse Field Gel Electrophoresis (PFGE) profile was determined. For this purpose, genomic DNA of the strains was digested with XbaI and ApaI restriction enzymes separately and run on the PFGE. Based on 93% similarity ratio, strains were grouped in 4 clusters (X1-X4) after cutting with XbaI. The similarity ratios among all isolates were 79.1%, and when TASWG 0411, TASSC 0811, TASSC 0211, SURWG 1010 and AASG 0810 strains of were separated from the other groups, similarity ratio was increased to 85.1%. Similar to XbaI restriction enzyme profile, after digesting bacterial DNA with ApaI, strains separated in 4 clusters (A1-A4). Largest cluster was A1 and it contained 51% of the strains. It was determined that the most common antibiotic resistance gene was ereB followed by ereA and floR. There was relationship was found between presence of antibiotic resistance genes and PFGE profile.
Benzer Tezler
- Campylobacter cinsi bakterilerin moleküler yöntemlerle tiplendirilmesi
Campylobacter cinsi bakterilerin moleküler yöntemlerle tiplendirilmesi
MEHMET İLKTAÇ
Doktora
Türkçe
2014
Mikrobiyolojiİstanbul ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BETİGÜL ÖNGEN
- Ekstraintestinel enfeksiyonlardan izole edilen ve virulans faktörleri tanımlanan E.coli suşlarının filogenetik ilişkilerinin tespitinde rapd yönteminin önemi
Significance of rapd method for the detection of filogenetic relation between virulance factors identified E.coli strains isolated from extraintestinal infections
BAŞAK BEDİR
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik MikrobiyolojiÇukurova ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FATİH KÖKSAL
- Yabani kuşlardan izole edilen esherichia coli izolatlarının antibiyotik direnç patternlerinin ve genotiplerinin belirlenmesi
Determination of antibiotic resistance patterns and genotypes of escherichia coli isolates isolated from wild birds
NEJASH ABDELA AHMED
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
MikrobiyolojiOndokuz Mayıs ÜniversitesiVeterinerlik Mikrobiyolojisi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TİMUR GÜLHAN
- Broylerden izole edilen escherichia coli'lerin önemli virulans genlerinin ve antibiyotik direncinin incelenmesi
Investigation of the important virulence genes and antibiotic resistance of escherichia coli's isolated from broiler
AYHAN İLÇEBAYLIK
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
Veteriner HekimliğiAydın Adnan Menderes ÜniversitesiMikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SÜHEYLA TÜRKYILMAZ
- Türkiye'de yaygın olarak yetişen sarımsak genotiplerinin antimikrobiyal etkilerinin belirlenmesi
Determination of antimicrobial action of garlic genotypes grown in turkey
BİLGE ÇALIŞKAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
Gıda MühendisliğiBursa Teknik ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ AYCAN CİNAR