Understanding alkaliphilic adaptation of Bacillus marmarensis sp. nov. using omic tools
Bacillus marmarensis sp. nov.'un alkalafilik adaptasyon mekanizmasının omik teknolojiler ile anlamlandırılması
- Tez No: 488023
- Danışmanlar: PROF. BERNA SARIYAR AKBULUT
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Mikrobiyoloji, Biyomühendislik, Biotechnology, Microbiology, Bioengineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2017
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Marmara Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bacillus marmarensis sp. nov. Türkiye'nin Marmara Bölgesine yakın mantar kompostlarından izole edilen alkalifilik bir mikroorganizmadır. pH 12.5 a kadar olan ekstrem pH değerlerinde yaşayabilirler. Potansiyel bir hücre dışı hidrolaz üreticisi olmasına ek olarak yüksek pH koşullarında yaşayabilmesi (pH 8.0 ve pH 12.5 arasında) onu endüstriyel uygulamalar için önemli bir mikroorganizma yapmaktadır. Yapılan bu çalışmada, mikroorganizmanın alkali koşullara adaptasyon stratejisi transkriptomik ve proteomik yöntemler kullanılarak araştırılmıştır. Belirlenen iki farklı pH değerine sahip besi yerinde (pH 9.8 ve 10.6) mikroorganizma büyütülmüş ve büyüyen kültürden elde edilen hücrelere ait toplam mRNA'dan RNA dizilemesi (RNA-seq) yapılmış ve farklı pH değerlerine sahip ortamlarda büyürken mikroorganizmanın geliştirdiği adaptasyon mekanizması transkriptom seviyesinde araştırılmıştır. Ayrıca kültürden elde edilen tüm proteinler ile proteom haritaları çıkarılmış ve farklı pH koşullarındaki protein regülasyonu araştırılmıştır. Elde edilen tüm sonuçlar birleştirilerek B. marmarensis sp. nov.'un alkalifilik ortama adaptasyonu için Krebs döngüsünde tükenen metabolitleri tamamlayıcı olarak glioksilat döngüsünü devreye soktuğu gözlemlenmiştir. Glioksilat döngüsünde görev alan iki enzime ait genlerin ekspresyonunun artmıştır. Ayrıca transkriptom analizi sonucunda hücre zarının oluşumunda görevli çeşitli protein ve enzimlere ait genlerin yüksek pH ortamında farklı olarak indüklenmesi, membranın aşırı alkalafilik ortamda hücreyi korumak üzere yeniden düzenlendiğine yorumlanmıştır. Tüm bu bilgilerin ışığında, organizmanın belirli mekanizmalarının (Krebs döngüsü, membran yapısı, stres proteinleri ve transport proteinleri) alkalifilik ortama adaptasyonunu sağlamak amacıyla regüle olduğu tahmin edilmiştir.
Özet (Çeviri)
Bacillus marmarensis sp. nov. is an extreme obligate alkaliphile isolated from mushroom compost near Marmara Region of Turkey. It can survive at extreme pH values up to 12.5. In addition to being a potential extracellular hydrolase producer, its ability to survive in the high pH range of 8.0 to 12.5 makes it an attractive microorganism for different industrial applications. In the current study, the adaptation strategy of B. marmarensis sp. nov. to alkaline conditions were investigated using transcriptomic and proteomic tools. The organism was grown in two different pH values, 9.8 and 10.6. Total cellular mRNAs were analysed using RNA sequencing (RNA-seq) technology. Protein maps were obtained for the same cells. In the light of all the results, glyoxylate cycle was found to be up-regulated as a replenishing pathway for the TCA cycle of the organism. The genes encoding the two enzymes specific for the glyoxylate shunt were both found to be up-regulated. Transcriptomic analysis has also shown that the genes encoding a number of proteins and enzymes involved in cell membrane biosynthesis were differentially expressed under high pH condition. These results suggest the re-organization of cell membrane as a defence mechanism against alkaliphilic conditions to protect the cells. In the light of these results, the organism was found to regulate different pathways (TCA cycle, cell membrane, transport proteins, and stress proteins) for adaptation to the alkaline condition.
Benzer Tezler
- Eksternal etmoidektomiler
Başlık çevirisi yok
ERCÜMENT AKMAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
1987
Kulak Burun ve BoğazGazi ÜniversitesiKulak Burun Boğaz Ana Bilim Dalı
PROF.DR. NECMETTİN AKYILDIZ
- İsmayıl Hakkı Baltacıoğlu'nun kültür ve eğitim kavramı üzerine bir inceleme
An Examination of the concepts of culture and education of Ismayıl Hakkı Baltacıoğlu
ABDULLAH DİKİCİ
Doktora
Türkçe
1986
Eğitim ve ÖğretimUludağ ÜniversitesiEğitim Bilimleri Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SUAT ANAR
- Ulaştırma modelinin optimum dağıtımda kullanılması ve şeker fabrikalarında bir uygulama
Utilizing the transportation model in optimum dispersion and an application in the sugar factories
HÜSEYİN DELİBAŞ
- Landsat uyduları aracılığı ile elde edilen görüntülerin işlenmesinde kontrast artırma tekniklerinin tanımı ve bu tekniklere ilişkin bilgisayar programlarının hazırlanması üzerine bir çalışma
Başlık çevirisi yok
BİLHAN TABAK
Yüksek Lisans
Türkçe
1986
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolEge ÜniversitesiBilgisayar Bilimleri ve Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Sivas-Kangal yöresinde kırsal gelişme ve pazara açılma sürecindeki farklılaşmalar (bir örnek olay incelemesi)
Başlık çevirisi yok
FAHRİ ERCEM
Yüksek Lisans
Türkçe
1984
SosyolojiCumhuriyet ÜniversitesiSosyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. A. VAHAP SAĞ
