Çeşitli kaynaklardan izole edilen Aspergillus section Nigri türlerinin fenotipik ve moleküler biyolojik yöntemlerle karakterizasyonu
Characterization of Aspergillus section Nigri species isolated from different sources by phenotypic and molecular biological methods
- Tez No: 488333
- Danışmanlar: PROF. DR. MUSTAFA ATEŞ
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoloji, Mikrobiyoloji, Biology, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2017
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ege Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 274
Özet
Çalışmanın amacı, Aspergillus section Nigri grubu içerisinde yer alan mikrofungusların tür düzeyinde morfolojik ve moleküler biyolojik özelliklerine dayalı olarak karakterize edilmesidir. Bu amaç için, İzmir ili ve çevresinden çeşitli hava, toprak ve gıda örnekleri alınarak, bu örneklerde bulunan section Nigri üyesi Aspergillus kolonileri izole edilmiştir. İzole edilen mikrofungus türlerinin tanısı Klich 2002'de belirtildiği üzere 5 farklı besiyerinde makro ve mikromorfolojik özelliklerin tayini ile fenotipik olarak yapılmıştır. Moleküler tanılama amacıyla DNA izolasyonunda UltraClean® Microbial DNA Isolation Kiti (MoBio Laboratories, Inc.), EZNA Fungal DNA Kiti (Omega Bio-tek., Inc.) kullanılmıştır. Tüm Aspergillus section Nigri türlerinin kalmodulin sekans verisi ile birbirinden ayırt edilebilmesi sebebiyle Varga et al 2007'de belirtilen şekilde kalmodulin geninin filogenetik analizi gerçekleştirilmiştir. Çalışmanın sonucunda gıda ürünleri, toprak ve hava gibi çeşitli kaynaklardan toplam 150 adet Aspergillus section Nigri üyesi izole edilmiştir. Morfolojik çalışmalar sonucunda 5 farklı tür (A. awamori, A. carbonarius, A. foetidus, A. japonicus ve A. niger) elde edilirken moleküler çalışmalar sonucunda 10 farklı tür (A. acidus, A.acuelatus, A. awamori, A. carbonarius, A. foetidus, A. japonicus, A. neoniger, A. niger, A. tubingensis, A. uvarum) tanılanmıştır. Elde edilen moleküler veriler fenotipik tanıyla tanılamayan 5 türün varlığını göstermiştir. Böylelikle çalışma sonucunda özellikle Aspergillus section Nigri üyeleri olmak üzere mikrofungusların tanısında sadece fenotipik yöntemlerinin kullanımının subjektif gözlemlere dayalı olması, tanı anahtarlarının güncel olmaması nedeniyle yetersiz olduğu açığa konmuştur.
Özet (Çeviri)
Aspergillus section Nigri which is composed of microfungi that possess importance in food mycology, biotechnology and industrial microbiology is one of the most complicated and complex groups in mycology. In order to facilitate the identification of this taxonomically complicated group, isolation from different sources such as soil, air and food and identification in species level by means of polyphasic taxonomy using morphological, physiological and molecular biological methods is aimed by comparing conventional phenotypical identification and molecular identification methods in this study. Black spored Aspergillus strains isolated from various food products such as dried fruits, muesli, breakfast cereals sold in Izmir district, air and soil were firstly morphologically identified in genus level and species level according to Barnett (1999) and Klich (2002) and Samson (2010) respectively. UltraClean® Microbial DNA Isolation Kit (MoBio Laboratories, Inc.), EZNA Fungal DNA Kit (Omega Bio-tek., Inc.) and a manual method were used for DNA isolation. Since all of the species of Aspergillus section Nigri can be distinguished with kalmodulin sequence data, phylogenetical analysis of this gene was performed. 150 isolates of Aspergillus section Nigri were isolated from several sources such as foodstuff, air and soil. While 5 different species (A. awamori, A. carbonarius, A. foetidus, A. japonicus and A. niger) were identified according to morphological identifications, molecular identifications revealed 10 different species (A. acidus, A.acuelatus, A. awamori, A. carbonarius, A. foetidus, A. japonicus, A. neoniger, A. niger, A. tubingensis, A. uvarum). Molecular data showed that species that there are species that can not be identified solely by phenotypical identification. And it is shown that relying on phenotypical methods is inadequate since it depends on subjective observations and keys used for identifications may not be not up-to-date.
Benzer Tezler
- Valorization of industrial food wastes by production of phenolic antioxidants via fermentation with newly isolated Aspergillus spp.
Endüstriyel gıda atıklarının yeni izole edilmiş Aspergillus spp. ile fermantasyonu yoluyla fenolik antioksidanların üretiminde değerlendirilmesi
ZEHRA GÜLSÜNOĞLU
Doktora
İngilizce
2019
Gıda Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MERAL KILIÇ AKYILMAZ
DOÇ. DR. HATİCE FUNDA KARBANCIOĞLU GÜLER
- Çeşitli kaynaklardan izole edilen bacillus sp. izolatlarının kitosanaz aktivitesinin ve antifungal etkisinin belirlenmesi
Investigation of chitosanase activity and antifungal effect of bacillus strains isolated from different sources
ÖZLEM İMAMOĞLU
- Pectinase production from wild strains of Aspergillus Spp. Isolated from natural resources
Doğal kaynaklardan izole edilen yabani Aspergillus türleri ile pektinaz üretimi
SERTAN CENGİZ
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
BiyokimyaOrta Doğu Teknik ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. DENİZ ÇEKMECELİOĞLU
- Çeşitli ticari kaynaklardan izole edilen saccharomyces cerevisiae var. boulardii'nin probiyotik özelliklerinin belirlenmesi ve dondurma üretiminde kullanımı
Determination of probiotic properties of saccharomyces cerevisiae var. boulardii isolated from various commercial sources and its use in ice cream production
HAMZA GÖKTAŞ
Doktora
Türkçe
2021
Gıda MühendisliğiYıldız Teknik ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. OSMAN SAĞDIÇ
DOÇ. DR. ENES DERTLİ
- Farklı kaynaklardan izole edilen üreaz enziminin immobilizasyonu ve üre tayininde ve hidrolizinde uygulanabilirliğinin araştırılması
Immobilization of urease enzyme from different sources and investigation of usability in determination and hydrolysis of urea
AYLİN TÜRKSEVER TETİKER