Geri Dön

Fasulyedeki (Phaseolus vulgaris L.) küçük ısı şok proteinleri ailesinin (sHSP) genom boyu in silico tanımlanması ve karakterizasyonu

Genome-wide in silico identification and characterization of the small heat shock protein (sHSP) family in common bean (Phaseolus vulgaris L.)

PDF İndir

  1. Tez No: 488489
  2. Yazar: BURCU PERVİN
  3. Danışmanlar: PROF. DR. EMİNE SÜMER ARAS
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2017
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Ankara Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 74

Özet

İnsan beslenmesinde önemli yeri olan bakliyatlar arasında fasulye (Phaseolus vulgaris L.) üçüncü sırada yer almaktadır. Bitkiler yaşamları boyunca su, kuraklık, pH, tuzluluk, sıcak ve enfekte edici canlılar gibi birçok stres faktörüne maruz kalırlar. Bu stres faktörlerine cevap niteliğinde olan stres cevap mekanizması bitkiler için hayati önem taşımaktadır. Moleküler düzeyde stres cevabının temelini oluşturan mekanizmalardan biri moleküler şaperonlardır. Bu tez calısmasının amacı, yanlış katlanmış ya da katlanamamış proteinlerin agregasyonunu önlemede ve bu proteinleri doğru katlanma yolağına iletmede etkili olan şaperon ailesinin üyelerinden biri olan küçük ısı şok proteinlerinin (sHSP) fasulyede tespit edilerek karakterizasyonunun yapılmasıdır. 15 farklı bitkide (Arabidopsis thaliana, Glycine max, Hordeum vulgare, Jatropha curcas, Medicago truncatula, Nicotiana tabacum, Oryza sativa, Physcomitrella patens, Ricinus cummunis, Sorghum bicolor, Solanum lycopersicum, Solanum tuberosum, Triticum aestivum, Vitis vinifera ve Zea mays) tanımlanan sHSPler, fasulyedeki sHSP'leri belirlemek için kullanılmıştır. Tespit edilen toplam 45 adet PvsHSP geninin karakterizasyonu yapılmış ve fasulyede bulunan 11 tane kromozoma dağılımları gösterilmistir. Motif taraması sonucunda her bir proteinin dizisinde hangi motiflerin bulunduğu tespit edilmiştir. Filogenetik analizler sonucunda fasulye sHSPlerinin birbirlerine olan komşulukları hesaplanarak filogenetik ağaçları çizilmiştir. Proteinlerin α-heliks ve β-pilili yapıları üç boyutlu analizler ile gösterilmiştir. PvsHSP'lerin gen ontoloji analizi ile biyolojik süreçte nerede rol aldıkları, moleküler fonksiyonları ve hücresel bileşenlerde bulundukları yerler belirlenmiştir. Yapılan bu tez çalışması ile fasulyede sHSP'lerin varlıkları gösterilmiş ve yapıları ortaya çıkarılmaya çalışılmıştır.

Özet (Çeviri)

Common bean (Phaseolus vulgaris L.) are in the first place among the pulses which have an important place in human nutrition. Plants are exposed to many stress factors such as water, drought, pH, salinity, hot and infectious organisms throughout their lives. The stress response mechanism, which is the answer to these stress factors, is of vital importance for plants. One of the mechanisms underlying the stress response at the molecular level is molecular chaperones. The purpose of this thesis is to identify and characterize small heat shock proteins (sHSPs), one of the members of the chaperone family, which are effective in preventing the aggregation of misfolded or unfolded proteins and transmitting these proteins to the right folding pathway. Identified in 15 different plants (Arabidopsis thaliana, Glycine max, Hordeum vulgare, Jatropha curcas, Medicago truncatula, Nicotiana tabacum, Oryza sativa, Physcomitrella patens, Ricinus cummunis, Sorghum bicolor, Solanum tuberosum, Triticum aestivum, Vitis vinifera and Zea mays) the sHSPs are used to identify the sHSPs in the common bean. A total of 45 PvsHSP genes were identified and were shown their distribution on 11 chromosomes in common bean. As a result of the motif search, it was determined which motifs were present in the sequence of each protein. As a result of phylogenetic analysis, the phylogenetic trees are constructed by calculating the neighbors of bean sHSPs. The α-helix and β-sheet structures of proteins are shown by three-dimensional analysis. The role of PvsHSP in the biological process, molecular functions and cellular components are determined by gene ontology analysis. With this thesis, the assets and structres of the sHSPs were tried to be shown in common bean.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    153023

    Eskişehir bölgesinde yetiştirilen fasulyelerin (Phaseolus vulgaris L.) kök nodüllerinden izole edilen Rhizobium suşlarının karakterizasyonu, simbiyotik özelliklerinin belirlenmesi ve bunların inokulant olarak kullanılabilirliğinin araştırılması

    Characterization of Rhizobium strains isolated from bean nodules growing in Eskişehir determination of their symbiotic properties and investigation of their usage as inoculant

    ÇİĞDEM KÜÇÜK

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2004

    BiyolojiEskişehir Osmangazi Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    Y.DOÇ.DR. BUKET KUNDUHOĞLU

    Y.DOÇ.DR. HALİL GÜNGÖR

  2. Tez No

    760970

    Kimyasal gübre ve farklı organik gübrelerin taze fasulyenin (Phaseolus vulgaris L.) bazı tarımsal özellikleri üzerine etkilerinin belirlenmesi

    Determination of chemical fertilizer and various organic fertilizers on some agricultural characteristics of fresh bean (Phaseolus vulgaris L.)

    MUHAMMET KÜÇÜK

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    ZiraatSelçuk Üniversitesi

    Tarla Bitkileri Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ERCAN CEYHAN

  3. Tez No

    373845

    İki noktalı kırmızıörümcek, Tetranychus urticae Koch'un bazı sebze türlerindeki zararlanma düzeylerinin akarın popülasyon gelişimi ile ilişkisi üzerine araştırmalar

    Investigations on injuring levels of two spotted spider mite, Tetranychus urticae Koch on some vegetable species associated with mite's population development

    AYSUN ALSAN PINAR

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2014

    ZiraatUludağ Üniversitesi

    Bitki Koruma Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. NABİ ALPER KUMRAL

  4. Tez No

    414169

    Konvansiyonel fasulye (Phaseolus vulgaris L.) yapraklarından SSH yöntemiyle izole edilen genlerin tanımlanması

    Defining of genes isolated from conventional common bean leaves by using SSH method

    MİNE KUÇAK

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    BiyoteknolojiYıldız Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. ŞENAY VURAL KORKUT

  5. Tez No

    654939

    Eco-friendly management of common bacterial blight disease caused by Xanthomonas axonopodis pv. phaseoli on beans

    Fasulye (Phaseolus vulgaris L.) bakteriyel yanıklık etmeni Xanthomonas axonopodis pv. phaseoli'nin çevre dostu mücadelesi

    TİBEBU BELETE CHANE

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2020

    ZiraatSelçuk Üniversitesi

    Bitki Koruma Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. KUBİLAY KURTULUŞ BAŞTAŞ

Geri Dön