Geri Dön

Nucleic acid based in-vitro diagnostic device

Nükleik asit tabanlı vücut dışı tanı cihazı

PDF İndir

  1. Tez No: 489565
  2. Yazar: OĞUZ BALCI
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. ÇAĞDAŞ DEVRİM SON, DOÇ. DR. CAN ÖZEN
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2018
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 130

Özet

Yaygın olarak kullanılan nükleik asit tabanlı vücut dışı tanı sistemlerinde kantitatif PZR (polymerize zincir reaksiyonu) veya konvansiyonel PZR yöntemlerini kullanılmaktadır. Kantitatif PZR hızlı ve güvenilir bir yöntemdir fakat yüksek duyarlılığa sahip sensör maliyetlerinden dolayı kantitatif PZR cihazlarının fiyatları göreceli olarak yüksektir. Konvansiyonel PZR cihazlarının maliyetleri düşüktür fakat bu yöntemde analiz sürelerinin uzun olması, kontaminasyon riskinin olması, yalancı pozitiflik riskinin olması ve kanserojenik kimyasalların kullanılması gibi dezavantajlar bulunmaktadır. Çalışmanın amacı yeni bir mikropartikül tabanlı yöntem ile çalışan, nükleik asit temelli bir vücut-dışı tanı cihazının tasarlanması, imal edilmesi ve doğrulanmasıdır. Bu mikropartikül tabanlı yöntemde, PZR, mikropartikül ve oligonükleotit probe varlığında gerçekleşmektedir. Mikropartiküller PZR esnasında kullanılmayan oligonükleotit probları üzerine almaktadır fakat Taq. DNA polimeraz enziminin nükleik asitleri 5' ucundan kesme özelliğiyle açığa çıkan florofor moleküllerini üzerine almamaktadır. Böylelikle, arka plan ışıması azalmakta ve hassas sensör sistemlerine olan ihtiyaç ortadan kalkmaktadır. Bu amaç için, bir LED ışık kaynağı, 2 eksitasyon filtresi, 24 örnek kapasiteli örnek haznesi, 2 emisyon filtresi ve bir CCD kameradan oluşan prototip cihaz tasarlanmış ve imal edilmiştir. Mikropartikül denge analizi gerçekleştirilmiş ve prototip cihaz için eşik değeri, analitik duyarlılık, analitik özgüllük, lineer aralık, hassasiyet, sağlamlık, klinik duyarlılık ve klinik özgüllük değerlendirmelerini içeren doğrulama çalışması 105 HBV-negatif tanı konulmuş ve 187 HBV-pozitif tanı konulmuş DNA örneği kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Bulgular düşük maliyetli prototipin, HBV DNA kantitasyonunu geniş bir lineer aralıkta yüksek duyarlılık, özgüllük, tekrarlanabilirlik ve doğrulukta gerçekleştirebildiğini göstermektedir.

Özet (Çeviri)

Commonly used nucleic acid based in-vitro diagnostic systems utilize either quantitative PCR (polymerase chain reaction) or conventional PCR. Quantitative PCR is a fast and reliable method; however, the prices of quantitative PCR devices are relatively expensive due to the cost of highly sensitive sensors. Equipment using conventional PCR is lower in price but have several disadvantages such as long analysis periods, contamination risk, false positivity risk, and usage of carcinogenic chemicals. The purpose of the study is to design, manufacture, and validate a nucleic acid based in-vitro diagnostic device operating with a novel microparticle based method. In this microparticle based method, PCR is performed with the presence of microparticles and oligonucleotide probes. Oligonucleotide probes that are unused in PCR adsorb onto the microparticles; however, fluorophore molecules released with the exo-nuclease activity of Taq. DNA polymerase does not adsorb onto microparticles. By this way, background fluorescence is reduced and the need for sensitive sensors for detecting the fluorescence difference disappears. For this purpose, a prototype device including a LED light source, two filter sliders, two excitation band-pass filters, a 24 sample carousel, two emission band-pass filters, and a CCD camera was designed and manufactured. Microparticle batch equilibrium analysis was performed and using DNA eluates from 105 HBV negative-diagnosed and 187 HBV positive-diagnosed samples, prototype device validation study including cutoff score, analytical sensitivity, analytical specificity, linear range, precision, robustness, diagnostic sensitivity, and diagnostic specificity was conducted. The findings suggest that low-cost prototype device combines high sensitivity, specificity, reproducibility and accuracy for HBV DNA quantitation in a high linear range.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    539748

    DNA functionalized nanoparticles in nanobiosensor and sensor array development for molecular diagnostics and in vitro identification of biomolecules

    Başlık çevirisi yok

    MUSTAFA SALİH HIZIR

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2018

    BiyolojiUniversity at Albany, State University of New York

    Prof. Dr. MEHMET YİĞİT

  2. Tez No

    496436

    Tüberküloz teşhisi için kullanılmak üzere mikro ısıtıcı tasarlanması karakterizasyonu ve üretimi

    Microheater design production and characterisation for using in tuberculosis detection

    MUHAMMED BEKİN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2017

    Biyomühendislikİstanbul Teknik Üniversitesi

    Makine Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. LEVENT TRABZON

  3. Tez No

    445550

    Cumhuriyet Üniversitesi Uygulama ve Araştırma Hastanesi'ne başvuran hastalarda chlamydıa trachomatıs ve neısserıa gonorrhoeae bakterilerinin araştırılması

    Cumhuriyet of University of Application and Research Hospital patients who admitted to chlamydia trachomatis and neisseriagonorrhoeae bacteria investigation

    HAMİT KUTLUCA

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    MikrobiyolojiCumhuriyet Üniversitesi

    Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MUSTAFA ZAHİR BAKICI

  4. Tez No

    501863

    Development of protein-conjugated spion-based theranostic nanoparticles as small RNA gene therapy vehicles in cancer treatment

    Küçük RNA taşınması ve kanser gen terapisinde kullanılmak amaçlı protein konjuge edilmiş, spion tabanlı teranostik nanopartiküllerin geliştirilmesi

    MUHAMMED KOÇAK

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2018

    BiyolojiSabancı Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. DEVRİM GÖZÜAÇIK

  5. Tez No

    336902

    Immunostimulatory mechanisms and immunotherapeutic applications of polysaccharide nanocarrier complexed with nucleic acid based TLR ligands

    Nükleik asit temelli TLR ulaklarıyla kompleks oluşturan polisakkarit nanotaşıyıcıların immünstimulan mekanizmaları ve immünöterapötik uygulamaları

    GİZEM TİNCER KÖNİG

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2013

    Genetikİhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. İHSAN GÜRSEL

Geri Dön