Development of isothermal nucleic acid amplification methods at room temperature
Oda Sıcaklığında Nükleik Asit Çoğaltım Yöntemlerinin Geliştirilmesi
- Tez No: 954925
- Danışmanlar: PROF. DR. ÖZGE CAN, PROF. DR. ZÜHTÜ TANIL KOCAGÖZ
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoteknoloji, Mikrobiyoloji, Biotechnology, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Acıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Medikal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 144
Özet
Klinik enfeksiyöz hastalıkların tanısında nükleik asit testlerinin (NAAT) kullanımı gün geçtikçe artmaktadır. Bu alanda polimeraz zincir reaksiyonu temelli sistemler, günümüzde hala kompleks ve yüksek maliyetlidir. Enfeksiyöz hastalıkların NAAT ile tespit edilmesi yalnızca merkezi laboratuvarlarda, üst düzey cihazlar ve alanında yetkin personeller aracılığıyla gerçekleştirilmektedir. Sınırlı finansal kaynaklara sahip gelişmekte olan ülkeler, ticari olarak mevcut olan karmaşık NAAT sistemlerini uygulayabilme olanağına sahip değildir. Hasta başı NAAT sistemleri, düşük kaynağa sahip ve hastalık oranı yüksek olan bölgelerde ihtiyaç duyulan tanı yöntemlerine erişimi sağlayabilir. Gerçek zamanlı izlenebilir bir izotermal çoğaltım yöntemi kullanılarak testlerin uygulanmasındaki zorluklar, maliyet ve karmaşıklık azaltılabilir. M13 bakteriyofajlarına ait Protein 2 (P2) olarak adlandırılan fonksiyonel bir protein, f1 replikasyon orijininde bulunan özgün bir dizi üzerinde çift zincirli DNA'nın yalnızca tek zincirini keserek faj replikasyonunda rol alır. P2'nin sentezi, M13 fajları ile enfekte olmuş konak bakteri hücreleri tarafından 37°C sıcaklıkta gerçekleşir. Bu durum, proteinin DNA zinciri kesim reaksiyonunu in vitro olarak benzer sıcaklık ya da daha altındaki koşullarda da gerçekleştirebileceğini düşündürmüştür. DNA'nın tek zinciri üzerinde kesim yapabilen enzimlerin kullanıldığı çeşitli NAAT yöntemleri geliştirilmiştir. Fakat bu yöntemlerde kullanılan enzimlerin çalışma sıcaklıklarının yüksek olması ve dolayısıyla ısıtıcı bir ekipman gerektirmesi maliyeti arttırarak yöntemin uygulanabilirliğini kısıtlamaktadır. Aynı zamanda P2'nin biyokimyasal özelliklerinin ve enzimatik aktivitesine dair çalışmaların yeterli düzeyde olmadığı görülmüştür. İlgili çalışma ile P2 hakkında daha fazla verinin elde edilmesiyle birlikte, patojene özgün primer çifti tasarlanarak, P2'nin kullanıldığı oda sıcaklığında yeni bir izotermal nükleik asit çoğaltım yönteminin geliştirilmesi beklenmektedir.
Özet (Çeviri)
Nucleic acid testing for infectious diseases at the point of care is beginning to enter clinical practice in developed and developing countries. In this field, polymerase chain reaction-based systems are still relatively complex and expensive. The detection of infectious diseases with nucleic acid amplification tests (NAATs) is only carried out in central laboratories equipped with high-level devices and operated by skilled personnel in this field. Developing countries have limited financial resources and cannot implement commercially available complex NAAT systems. Point-of-care NAAT systems can provide access to the diagnostic methods needed in regions with low resources and high disease rates. The difficulties, costs and complexity of implementing tests can be reduced by using a real-time monitorable isothermal amplification method. A functional protein called Protein 2 (P2) of M13 bacteriophages takes a role in phage replication by nicking only the single strand of double-stranded DNA on a specific sequence in the f1 replication origin. The expression of the P2 occurs at 37°C by phage infected host bacterial cells. This suggests that the P2 can nick the DNA strand under similar temperatures or lower conditions at in vitro. Various NAAT methods have been developed using enzymes that can nick on a single strand of DNA. However, the high operating temperatures of these enzymes and the requirement of heating equipment increase the cost and limit the applicability of the method. Also, previous studies have not more information about the biochemical properties and enzymatic activity of P2. In this study, it is expected that developing the new isothermal nucleic acid amplification method using P2 at room temperature by designing a pathogen-specific primer pair and obtaining more data on P2.
Benzer Tezler
- The transformation of higher education by means of techno-parks: Case of Turkey
Yüksek öğretimin dönüşümü: Teknoparklar-Türkiye örneği
GAMZE SART
Doktora
İngilizce
2013
Eğitim ve ÖğretimBoğaziçi ÜniversitesiEğitim Bilimleri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FATMA GÖK
- Prenatal dönemde farklı dozlarda uygulanan diklofenak sodyumun merkezi sinir sistemi gelişimi üzerine toksik etkisinin araştırılması
The toxic effects of different doses of diclofenac sodium on the development of the central nervous system exposed during prenatal period
EBRU ELİBOL
Doktora
Türkçe
2014
Histoloji ve EmbriyolojiOndokuz Mayıs ÜniversitesiAnatomi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SÜLEYMAN KAPLAN
- Terkos havzasında tuzlu su girişimlerinin geçici elektromanyetik ve doğru akım özdirenç yöntemleriyle araştırılması
Investigation of saltwater intrusion in terkos basin using transient electromagnetic and direct current resistivity methods
AYÇA SULTAN ARDALI
Doktora
Türkçe
2014
Jeofizik Mühendisliğiİstanbul ÜniversitesiJeofizik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYSAN GÜRER
- Arcti̇i̇n maddesi̇ni̇n deneysel peri̇odonti̇ti̇s modeli̇ üzeri̇ndeki̇ anti̇enflamatuvar etki̇nli̇ği̇ni̇n i̇ncelenmesi̇
Evaluation of anti inflammatory effect of arctiin on experimental periodontitis model
AHMET AYDOĞDU
Doktora
Türkçe
2014
Diş HekimliğiOndokuz Mayıs ÜniversitesiPeriodontoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ELİF ESER SAKALLIOĞLU
- Türk evlerinde yapı malzemeleri ve yapım teknikleri
Construction materials and techniques in Turkish houses
MURAT EYÜP COŞKUN