Development of isothermal nucleic acid amplification methods at room temperature
Oda Sıcaklığında Nükleik Asit Çoğaltım Yöntemlerinin Geliştirilmesi
- Tez No: 954925
- Danışmanlar: PROF. DR. ÖZGE CAN, PROF. DR. ZÜHTÜ TANIL KOCAGÖZ
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoteknoloji, Mikrobiyoloji, Biotechnology, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Acıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Medikal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Klinik enfeksiyöz hastalıkların tanısında nükleik asit testlerinin (NAAT) kullanımı gün geçtikçe artmaktadır. Bu alanda polimeraz zincir reaksiyonu temelli sistemler, günümüzde hala kompleks ve yüksek maliyetlidir. Enfeksiyöz hastalıkların NAAT ile tespit edilmesi yalnızca merkezi laboratuvarlarda, üst düzey cihazlar ve alanında yetkin personeller aracılığıyla gerçekleştirilmektedir. Sınırlı finansal kaynaklara sahip gelişmekte olan ülkeler, ticari olarak mevcut olan karmaşık NAAT sistemlerini uygulayabilme olanağına sahip değildir. Hasta başı NAAT sistemleri, düşük kaynağa sahip ve hastalık oranı yüksek olan bölgelerde ihtiyaç duyulan tanı yöntemlerine erişimi sağlayabilir. Gerçek zamanlı izlenebilir bir izotermal çoğaltım yöntemi kullanılarak testlerin uygulanmasındaki zorluklar, maliyet ve karmaşıklık azaltılabilir. M13 bakteriyofajlarına ait Protein 2 (P2) olarak adlandırılan fonksiyonel bir protein, f1 replikasyon orijininde bulunan özgün bir dizi üzerinde çift zincirli DNA'nın yalnızca tek zincirini keserek faj replikasyonunda rol alır. P2'nin sentezi, M13 fajları ile enfekte olmuş konak bakteri hücreleri tarafından 37°C sıcaklıkta gerçekleşir. Bu durum, proteinin DNA zinciri kesim reaksiyonunu in vitro olarak benzer sıcaklık ya da daha altındaki koşullarda da gerçekleştirebileceğini düşündürmüştür. DNA'nın tek zinciri üzerinde kesim yapabilen enzimlerin kullanıldığı çeşitli NAAT yöntemleri geliştirilmiştir. Fakat bu yöntemlerde kullanılan enzimlerin çalışma sıcaklıklarının yüksek olması ve dolayısıyla ısıtıcı bir ekipman gerektirmesi maliyeti arttırarak yöntemin uygulanabilirliğini kısıtlamaktadır. Aynı zamanda P2'nin biyokimyasal özelliklerinin ve enzimatik aktivitesine dair çalışmaların yeterli düzeyde olmadığı görülmüştür. İlgili çalışma ile P2 hakkında daha fazla verinin elde edilmesiyle birlikte, patojene özgün primer çifti tasarlanarak, P2'nin kullanıldığı oda sıcaklığında yeni bir izotermal nükleik asit çoğaltım yönteminin geliştirilmesi beklenmektedir.
Özet (Çeviri)
Nucleic acid testing for infectious diseases at the point of care is beginning to enter clinical practice in developed and developing countries. In this field, polymerase chain reaction-based systems are still relatively complex and expensive. The detection of infectious diseases with nucleic acid amplification tests (NAATs) is only carried out in central laboratories equipped with high-level devices and operated by skilled personnel in this field. Developing countries have limited financial resources and cannot implement commercially available complex NAAT systems. Point-of-care NAAT systems can provide access to the diagnostic methods needed in regions with low resources and high disease rates. The difficulties, costs and complexity of implementing tests can be reduced by using a real-time monitorable isothermal amplification method. A functional protein called Protein 2 (P2) of M13 bacteriophages takes a role in phage replication by nicking only the single strand of double-stranded DNA on a specific sequence in the f1 replication origin. The expression of the P2 occurs at 37°C by phage infected host bacterial cells. This suggests that the P2 can nick the DNA strand under similar temperatures or lower conditions at in vitro. Various NAAT methods have been developed using enzymes that can nick on a single strand of DNA. However, the high operating temperatures of these enzymes and the requirement of heating equipment increase the cost and limit the applicability of the method. Also, previous studies have not more information about the biochemical properties and enzymatic activity of P2. In this study, it is expected that developing the new isothermal nucleic acid amplification method using P2 at room temperature by designing a pathogen-specific primer pair and obtaining more data on P2.
Benzer Tezler
- Ovulasyon indüksiyonu tedavisinde folliküler gelişimin ultrasonografik takibi
Başlık çevirisi yok
MERİH BAYRAM
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
1987
Kadın Hastalıkları ve DoğumGazi ÜniversitesiKadın Hastalıkları ve Doğum Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MÜLAZIM YILDIRIM
- Makro besin elementlerinin (NPK) İzmir'de Mayıs ayında açığa dikilen 4-6 cm çevre büyüklüğündeki Gladiolus cinsine ait“hunting song”ve“Novalüx”kültür çeşitlerinin yumrularının gelişmeleri üzerine etkileri
Başlık çevirisi yok
TAHA ALİ AMEN
Yüksek Lisans
Türkçe
1985
ZiraatEge ÜniversitesiPeyzaj Mimarlığı Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ADNAN HATİPOĞLU
- Sanayi politikaları ve planlı dönemde imalat sanayine etkileri
Başlık çevirisi yok
AHMET CAFOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
1986
EkonomiGazi ÜniversitesiEndüstri Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. YALÇIN EROL
- Pulmoner hipertansiyon etyopatogenezinde prostasiklin ve lökotrien C4'ün rolü
Possible role of leukotrien C4 and prostacyclin in the development of pulmonary hypertension
ÜLKÜ AYBERK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
1987
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıGazi ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı