Hox and tale transcription factors in fanconi anemia bone-marrow mesenchymal stem cells: Gene expression and protein interactions
Fankoni anemisi kemik iliği mezankimal kök hücrelerinde hox ve tale transkripsiyon faktörleri: Gen ifadeleri ve protein etkileşimleri
- Tez No: 489767
- Danışmanlar: DOÇ. DR. AYŞEN ÖZCAN
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2018
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Hacettepe Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kök Hücre Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 231
Özet
HOX/TALE proteinleri doku kimliğinin korunmasında rol oynamaktadır ve bir çok kanserde ifadelerinin değiştiği gözlemlenmiştir. Bu tezin esas amacı, genomik kararsızlıkta HOX/TALE gen ifadelerinin değişip değişmediğinin araştırılmasıdır. Bu sorunun cevaplanması için Fankoni anemisi (FA) kemik iliği mezankimal kök/stromal hücreleri (Ki-MKH) incelemeye alındı. Kalıtsal bir kemik iliği yetmezliği olan FA hastalığı, genomik kararsızlığa bağlı olarak yüksek kanser riski taşımaktadır. Öncelikle, FA ve donör Ki-MKH'leri moleküler ve hücresel düzeyde karakterize edildi. Gen ifadeleri RT-qPCR ile ölçüldü. Farklı ifade olan genin kodladığı proteinin Ki-MKH biyolojisi üzerine etkisi ve FA/BRCA yolağı proteinleri ile etkileşiminin olup olmadığı ko-immünopresipitasyon (Ko-IP) yöntemiyle değerlendirildi. FA hücrelerinin PKNOX2 ifadesinin donörlere oranla anlamlı düzeyde düştüğü ve rTGF-β1 indüksiyonunun PKNOX2 ifadesinde arttışa yol açtığı saptandı. PKNOX2 ekspresyon plazmidi aktarılan BM-MKH'ler karakterize edildiğinde, CD105 seviyesinin ve lateral motilitesinin düştüğü gözlendi. Ko-kültür deneyleri, PKNOX2:MKH ile birlikte kültüre edilen donmuş CD34+HKH'lerin CD34+CD38+ yüzdesinde ve klonojenitisinde artış olduğunu gösterdi. Ko-IP sonrası proteom analizleri, PKNOX2'nin 219 protein ile direk etkileştiğini ve bunlar arasında FA/BRCA yolağı üyelerinin olmadığını gösterdi. Ancak, PKNOX2 interaktomu ile etkileşen proteinlerin NHEJ aracılı DNA çift zincir kırıklarının tamirinde, HKH farklılaşmasında ve G2/M geçişinde rol oynadığı belirlendi. Sonuç olarak, FA Ki-MKH'lerinin PKNOX2 ifadesindeki düşme, hücre siklusunun tutuklanmasına, NHEJ ilişkili gen ifadelerinin artışına ve genomik kararsız bir mikroçevrenin oluşumundan sorumlu olabilir ve hastalarda gözlemlenen hematopoetik bozulmanın altında yatan sebep olabilir.
Özet (Çeviri)
HOX/TALE proteins maintain tissue identity and their altered expression is seen in many cancers. The main aim of this thesis is to evaluate whether HOX/TALE gene expression changes due to genomic instability. To answer this question, Fanconi anemia (FA) bone marrow mesenchymal stem/stromal cells (BM-MSCs) were investigated. FA is an inherited bone marrow (BM) failure disease, which shows cancer predisposition due to genomic instability. FA BM-MSCs were characterized at molecular and cellular level compared to donors. The gene expression profile was evaluated by RT-qPCR. Differentially expressed gene was further analyzed to define its function related to BM-MSCs biology, as well as, to assess its interactions with the members of FA/BRCA pathway using co-immunoprecipitation (Co-IP). PKNOX2 expression significantly decreased in FA cells compared to donors, and its expression was stimulated by rTGF-β1 treatment. When BM-MSCs, transfected with PKNOX2 expression plasmid (PKNOX2:MSC) were characterized, decrease in CD105 level and lateral motility were observed. Co-culture assays of cryopreserved CD34+HSCs on PKNOX2:MSCs displayed increase in CD34+CD38+ percentage and clonogenic capacity. Proteome analysis following Co-IP revealed that a total of 219 proteins directly interacted with PKNOX2, but FA/BRCA pathway members were not among these proteins. However, interactors of PKNOX2 interactome may regulate double-strand break repair via NHEJ, HSC differentiation and G2/M transition. In conclusion, decrease in PKNOX2 expression of FA BM-MSCs may cause cell cycle arrest, increase in NHEJ-related gene expression and trigger the formation of genomic unstable microenvironment that can promote hematopoietic defects seen in patients.
Benzer Tezler
- Akut ve kronik lösemili (AML, KML) ve myelodisplastik sendromlu (MDS) hastalardanup98-hox genlerinin oluşturduğu kimerik genlerin mrna ürünlerinin saptanması
Detection of mrna products which are products of chimeric genes occured by translocation between hox and nup98 genes in patients diagnosed as having acut/chronic leukemia (AML, CML) and myelodisplastic syndrome (MDS)
GİZEM AYNA
Yüksek Lisans
Türkçe
2006
HematolojiDokuz Eylül ÜniversitesiTıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Y.DOÇ.DR. OGÜN SERCAN
- Postmenopozal kadınlarda vazomotor, somatik ve psikolojik yakınmaların şiddeti ile el 2-4. parmak oranı arasındaki ilişki
Relationship between severity of vasomotor, somatic and psychological symptoms and the 2nd and 4th digit ratio in postmenopausal women
TUĞBA KARA
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2019
Aile HekimliğiAnkara Yıldırım Beyazıt ÜniversitesiAile Hekimliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ RAZİYE DESDİCİOĞLU
- İnfertil olguların alt gruplarında ikinci ve dördüncü parmak uzunluk oranlarının karşılaştırılması
Evaluation of the 2nd and 4th digit lenghts in the subgroups of infertile patients
EMRE CAN AKINSAL
- Kolorektal kanserli vakalarda Wnt-2 ve HOX 2G genlerin transkripsiyonlarının incelenmesi
Investigation of Wnt-2 and HOX 2G genes transcription in cases of colorectal cancers
HANDAN POLAT
- Tip 1 kollajenin over kanseri hücre hattında hücre proliferasyonu ve hox gen ekspresyonuna etkisinin araştırılması
Investigation of the effect of type i collagen on cell proliferation and hox gene expression in ovarian cancer cell line
AZİZE ERASLAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
BiyolojiMaltepe ÜniversitesiDisiplinlerarası Klinik Embriyoloji Ana Bilim Dalı
ÖĞR. GÖR. ZEYNEP AKBULUT