Geri Dön

Hox and tale transcription factors in fanconi anemia bone-marrow mesenchymal stem cells: Gene expression and protein interactions

Fankoni anemisi kemik iliği mezankimal kök hücrelerinde hox ve tale transkripsiyon faktörleri: Gen ifadeleri ve protein etkileşimleri

  1. Tez No: 489767
  2. Yazar: ILGIN ÇAĞNAN
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. AYŞEN ÖZCAN
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Biyoloji, Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2018
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Hacettepe Üniversitesi
  10. Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Kök Hücre Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 231

Özet

HOX/TALE proteinleri doku kimliğinin korunmasında rol oynamaktadır ve bir çok kanserde ifadelerinin değiştiği gözlemlenmiştir. Bu tezin esas amacı, genomik kararsızlıkta HOX/TALE gen ifadelerinin değişip değişmediğinin araştırılmasıdır. Bu sorunun cevaplanması için Fankoni anemisi (FA) kemik iliği mezankimal kök/stromal hücreleri (Ki-MKH) incelemeye alındı. Kalıtsal bir kemik iliği yetmezliği olan FA hastalığı, genomik kararsızlığa bağlı olarak yüksek kanser riski taşımaktadır. Öncelikle, FA ve donör Ki-MKH'leri moleküler ve hücresel düzeyde karakterize edildi. Gen ifadeleri RT-qPCR ile ölçüldü. Farklı ifade olan genin kodladığı proteinin Ki-MKH biyolojisi üzerine etkisi ve FA/BRCA yolağı proteinleri ile etkileşiminin olup olmadığı ko-immünopresipitasyon (Ko-IP) yöntemiyle değerlendirildi. FA hücrelerinin PKNOX2 ifadesinin donörlere oranla anlamlı düzeyde düştüğü ve rTGF-β1 indüksiyonunun PKNOX2 ifadesinde arttışa yol açtığı saptandı. PKNOX2 ekspresyon plazmidi aktarılan BM-MKH'ler karakterize edildiğinde, CD105 seviyesinin ve lateral motilitesinin düştüğü gözlendi. Ko-kültür deneyleri, PKNOX2:MKH ile birlikte kültüre edilen donmuş CD34+HKH'lerin CD34+CD38+ yüzdesinde ve klonojenitisinde artış olduğunu gösterdi. Ko-IP sonrası proteom analizleri, PKNOX2'nin 219 protein ile direk etkileştiğini ve bunlar arasında FA/BRCA yolağı üyelerinin olmadığını gösterdi. Ancak, PKNOX2 interaktomu ile etkileşen proteinlerin NHEJ aracılı DNA çift zincir kırıklarının tamirinde, HKH farklılaşmasında ve G2/M geçişinde rol oynadığı belirlendi. Sonuç olarak, FA Ki-MKH'lerinin PKNOX2 ifadesindeki düşme, hücre siklusunun tutuklanmasına, NHEJ ilişkili gen ifadelerinin artışına ve genomik kararsız bir mikroçevrenin oluşumundan sorumlu olabilir ve hastalarda gözlemlenen hematopoetik bozulmanın altında yatan sebep olabilir.

Özet (Çeviri)

HOX/TALE proteins maintain tissue identity and their altered expression is seen in many cancers. The main aim of this thesis is to evaluate whether HOX/TALE gene expression changes due to genomic instability. To answer this question, Fanconi anemia (FA) bone marrow mesenchymal stem/stromal cells (BM-MSCs) were investigated. FA is an inherited bone marrow (BM) failure disease, which shows cancer predisposition due to genomic instability. FA BM-MSCs were characterized at molecular and cellular level compared to donors. The gene expression profile was evaluated by RT-qPCR. Differentially expressed gene was further analyzed to define its function related to BM-MSCs biology, as well as, to assess its interactions with the members of FA/BRCA pathway using co-immunoprecipitation (Co-IP). PKNOX2 expression significantly decreased in FA cells compared to donors, and its expression was stimulated by rTGF-β1 treatment. When BM-MSCs, transfected with PKNOX2 expression plasmid (PKNOX2:MSC) were characterized, decrease in CD105 level and lateral motility were observed. Co-culture assays of cryopreserved CD34+HSCs on PKNOX2:MSCs displayed increase in CD34+CD38+ percentage and clonogenic capacity. Proteome analysis following Co-IP revealed that a total of 219 proteins directly interacted with PKNOX2, but FA/BRCA pathway members were not among these proteins. However, interactors of PKNOX2 interactome may regulate double-strand break repair via NHEJ, HSC differentiation and G2/M transition. In conclusion, decrease in PKNOX2 expression of FA BM-MSCs may cause cell cycle arrest, increase in NHEJ-related gene expression and trigger the formation of genomic unstable microenvironment that can promote hematopoietic defects seen in patients.

Benzer Tezler

  1. Akut ve kronik lösemili (AML, KML) ve myelodisplastik sendromlu (MDS) hastalardanup98-hox genlerinin oluşturduğu kimerik genlerin mrna ürünlerinin saptanması

    Detection of mrna products which are products of chimeric genes occured by translocation between hox and nup98 genes in patients diagnosed as having acut/chronic leukemia (AML, CML) and myelodisplastic syndrome (MDS)

    GİZEM AYNA

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2006

    HematolojiDokuz Eylül Üniversitesi

    Tıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    Y.DOÇ.DR. OGÜN SERCAN

  2. Postmenopozal kadınlarda vazomotor, somatik ve psikolojik yakınmaların şiddeti ile el 2-4. parmak oranı arasındaki ilişki

    Relationship between severity of vasomotor, somatic and psychological symptoms and the 2nd and 4th digit ratio in postmenopausal women

    TUĞBA KARA

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    Aile HekimliğiAnkara Yıldırım Beyazıt Üniversitesi

    Aile Hekimliği Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ RAZİYE DESDİCİOĞLU

  3. İnfertil olguların alt gruplarında ikinci ve dördüncü parmak uzunluk oranlarının karşılaştırılması

    Evaluation of the 2nd and 4th digit lenghts in the subgroups of infertile patients

    EMRE CAN AKINSAL

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2012

    ÜrolojiErciyes Üniversitesi

    Üroloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. OĞUZ EKMEKÇİOĞLU

  4. Kolorektal kanserli vakalarda Wnt-2 ve HOX 2G genlerin transkripsiyonlarının incelenmesi

    Investigation of Wnt-2 and HOX 2G genes transcription in cases of colorectal cancers

    HANDAN POLAT

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    1998

    BiyokimyaAtatürk Üniversitesi

    Biyokimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. NURİ BAKAN

  5. Tip 1 kollajenin over kanseri hücre hattında hücre proliferasyonu ve hox gen ekspresyonuna etkisinin araştırılması

    Investigation of the effect of type i collagen on cell proliferation and hox gene expression in ovarian cancer cell line

    AZİZE ERASLAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    BiyolojiMaltepe Üniversitesi

    Disiplinlerarası Klinik Embriyoloji Ana Bilim Dalı

    ÖĞR. GÖR. ZEYNEP AKBULUT