Investigation of the occurrence of siderophore genes in E. coli isolated from foodborne and clinical samples and identification of genotypic relationship of Escherichia coli by using PFGE method
Gıda kaynaklı ve klinik örneklerden izole edilen E. coli'de siderofor genlerinin oluşumunun araştırılması ve PFGE yöntemi ile Escherichia coli genotipik ilişkisinin belirlenmesi
- Tez No: 496519
- Danışmanlar: PROF. DR. IŞIL VAR ÖNGEL, PROF. DR. FATİH KÖKSAL
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2018
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Çukurova Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 110
Özet
Demir, konak hücrelerinde ve dış ortamda Escherichia coli büyümesi ve hayatta kalması için gereklidir, ancak ferrik formunun sulu ortamlarda zayıf çözünürlüğü ve konakta demir tutan proteinlerin varlığına bağlı olarak kullanılabilirliği genellikle düşüktür. Çoğu E. coli, Fe3+ 'ya karşı güçlü bir afiniteye sahip olan enterobactin gibi sideroforları oluşturarak demir erişimini artırabilir. İzolatların daha küçük bir kısmı, patogenezle bağlantılı olarak 3 ek siderofor oluşturabilir; Bunlar aerobaktin, salmochelin ve yersiniabaktindir. Bu çalışmada, klinik ve gıda örneklerinden izole edilen E.coli suşlarında siderofor genlerinin varlığını araştırılmış ve Escherichia coli suşlarının genotipik ilişkisi incelemiştir. Çalışmamızda, klinik örneklerden izole edilmiş altmış beş E. coli suşundan gıda örneklerinden izole edilen 35 E.coli suşu kullanılmıştır. E.coli suşlarında Sideroforla ilişkili genlerin prevalansı, enterobaktin reseptörü (Fep A),% 18; Enterobactin biyosentezi (Ent A),% 18; yersiniabactin reseptörü (Fyu A),% 17; heme reseptörü (Chu A)% 16; aerobaktin reseptörü (iut A),% 12; aerobaktin biyosentez (iuc A),% 15; ve salmochelin reseptörü (iro N),% 3 ve demir cevabı veren element (ire A),% 1 olarak PCR yöntemi ile belirlendi. E.coli suşları arasındaki genotipik ilişki PFGE metodu kullanılarak incelenmiş ve PFGE analizinin değerlendirilmesinde, insan ve gıda kaynaklı izolatların 89 izolatından 6'sının (% 6.8) klonal bir ilişki sergilediğini, diğerleri arasında anlamlı bir ilişki bulunmadığını göstermiştir. Sonuç: Sonuçlarımız klinik örneklerden izole edilen E.coli suşlarının gıda örneklerinden elde edilen suşlara göre daha yüksek prevalansa sahip olduğununu; Sideroforla ilişkili genlerin, E.coli klinik suşlarının büyümesi, hayatta kalması ve demir sınırlayıcı çevreye adaptasyonu için ana faktörlerden olduğunu göstermiştir.
Özet (Çeviri)
Iron is essential for Escherichia coli growth and survival in the host and the external environment, but its availability is generally low due to the poor solubility of its ferric form in aqueous environments and the presence of iron-withholding proteins in the host. Most E. coli can increase access to iron by excreting siderophores such as enterobactin, which have a very strong affinity for Fe3+. A smaller proportion of isolates can generate up to 3 additional siderophores linked with pathogenesis; aerobactin, salmochelin, and yersiniabactin. This study compared the presence of siderophore genes in E.coli strains isolated from clinical and food samples, and studied genotypic relationship of Escherichia coli strains. Sixty five of E. coli strains were isolated from the clinical samples and 35 of E.coli isolated from the food samples were our material in this study. The prevalence of the siderophore-related genes were determined in the E.coli strains by the PCR method which was as follow: enterobactin receptor (Fep A), 18%; enterobactin biosynthesis (Ent A), 18 % ; yersiniabactin receptor (Fyu A), 17%; heme receptor (Chu A) 16%; aerobactin receptor (iut A),12%; aerobactin biosynthesis (iuc A),15%; and salmochelin receptor (iro N), 3%, and iron-responsive element (ire A), 1 %. The genotypic relationship of E.coli strains have also studied by using PFGE method and the evaluation of PFGE analysis showed that 6 (6.8%) out of 89 isolates of human and foodborne isolates had a clonal relationship while there was no significant relationship between the other isolates. Conclusion: The siderophore-related genes are main factors in the growth and survival of the E.coli clinical strains and their adaptation to the iron limiting environment, our results supported that and found that siderophore genes are higher prevalence in E.coli isolated from clinical samples than food samples.
Benzer Tezler
- Bazı yeni kinolin türevlerinin sentezi, antimikrobiyal ve DNA giraz inhibitörü etkilerinin araştırılması
Synthesis of new quinoline derivatives and investigation of their antimicrobial and DNA gyrase inhibition effects
ASAF EVRİM EVREN
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Eczacılık ve FarmakolojiAnadolu ÜniversitesiFarmasötik Kimya Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. LEYLA YURTTAŞ
PROF. DR. YUSUF ÖZKAY
- Şizofreni tanılı hastalarda obsesif kompulsif belirtilerin klinik sosyodemografik veriler, yeti yitimi derecesi ve hasta yakınlarındaki obsesif kompulsif belirtiler, bakım veren yükü ile ilişkisinin incelenmesi
Investigation of the relationship between obsessive-compulsive symptoms in patients with schizophrenia and clinical sociodemographic data, degree of disability, obsessive-compulsive symptoms in relatives of the patients and caregiver burden
SİNEM ALTI KELEŞ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
PsikiyatriSağlık BakanlığıRuh Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ MELTEM DERYA ŞAHİN
- Investigation of existence of denitrifying phosphate accumulating organisms at wastewater treatment plants in Turkey
Türkiye'deki atık su arıtma tesislerinde anoksik fosfor giderimi yapabilen organizmaların varlığının incelenmesi
MURAT AYHAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2011
Çevre MühendisliğiMarmara ÜniversitesiÇevre Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. NESLİHAN SEMERCİ
- Denizli ili yerleşim alanı zemin malzemesinin sıvılaşma özelliklerinin incelenmesi
Investigation of liquefaction properties of soils of Denizli province settlement area
ALİ KOCABAŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
Jeoloji MühendisliğiBurdur Mehmet Akif Ersoy ÜniversitesiMalzeme Teknolojileri Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ İBRAHİM İSKENDER SOYASLAN
- Akrilamidin gıda maddelerinde oluşumuna etki eden faktörlerin incelenmesi ve miktarının tayini
Investigation of factors that influence the occurrence of acrylamide in foods and its determination
NAFİZ ÖNCÜ CAN
Doktora
Türkçe
2007
Eczacılık ve FarmakolojiAnadolu ÜniversitesiAnalitik Kimya Ana Bilim Dalı
DOÇ. GÖKSEL ALTIOKKA