Hastanemizde izole edilen Karbapenem dirençli Enterobacterales suşlarında Karbapenemaz üretiminin fenotipik yöntemlerle tespiti
Determination of carbapenemase production by phenotypic methods in carbapenem resistant Enterobacterales strains isolated in our hospital
- Tez No: 497699
- Danışmanlar: DOÇ. DR. IRMAK BARAN
- Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Enterobacterales, karbapenemaz, fenotipik metot, Enterobacterales, carbapenemase, phenotypic method
- Yıl: 2018
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Sağlık Bilimleri Üniversitesi
- Enstitü: Ankara Numune Eğitim ve Araştırma Hastanesi
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 81
Özet
Alkoç F. Hastanemizde izole edilen karbapenem dirençli Enterobacterales suşlarında karbapenemaz üretiminin fenotipik yöntemlerle tespiti. Ankara Numune Eğitim ve Araştırma Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji Kliniği, Ankara, 2018. Amaç: Bu çalışmada karbapenem dirençli Enterobacterales türleri üzerinde çeşitli fenotipik yöntemler denenerek hızlı ve duyarlı bir şekilde karbapenemaz tespitinin yapılması ve enfeksiyon kontrolünün başarılı bir şekilde sağlanmasına yardımcı olacak yeni veriler elde edilmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Ankara Numune Eğitim ve Araştırma Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji laboratuvarına 31 Ocak 2013 - 14 Şubat 2014 tarihleri arasında gönderilen klinik örneklerde, karbapenemlerden bir veya daha fazlasına azalmış duyarlılık saptanan Enterobacterales üyeleri rutin hastane enfeksiyonları surveyansı çerçevesinde izole edildi ve genleri tespit edilerek muhafaza edildi. Çalışmaya 69 karbapenemaz geni pozitif (62 blaOXA-48, 5 blaNDM-1, 2 blaOXA-48+NDM-1), 31 karbapenemaz geni negatif 100 izolat dahil edildi. İzolatların karbapenem MİK'leri E-test (ertapenem, meropenem: Ezy MIC™, HIMEDIA, Hindistan, imipenem: MIC Test Strip, Liofilchem, İtalya) yöntemi ile araştırıldı. İzolatlar üzerinde Karbapenem İnaktivasyon Metodu, β CARBA Test (Bio-Rad, ABD), Blue-Carba Test, RESIST-3 O.K.N. K-SeT (CORIS BioConcept, Belçika) ve MASTDISCS™ ID Carbapenemase Activity Test (CAT) discs (MAST Group, ABD) olmak üzere beş farklı fenotipik yöntem test edilerek, PZR ile karbapenemaz geni saptanması altın standart yöntem kabul edilip duyarlılık ve özgüllükleri hesaplandı. Bulgular: Çalışmamızda ERT ve MEM E-test yönteminin duyarlılıkları EUCAST sınır değerleri baz alındığında sırasıyla %78 ve %72; cut-off değerleri baz alındığında her ise ikisi de %80 bulundu. Yöntemin özgüllüğü yine EUCAST sınır değerleri baz alındığında %65 ve %94; cut-off değerleri baz alındığında ise %58 ve %71 olarak bulundu. IPM E-test yönteminin duyarlılığı EUCAST sınır değerleri baz alındığında %58, özgüllüğü ise %100 bulundu. İzolatlar üzerinde test edilen Karbapenem İnaktivasyon Metodu, β CARBA Test, Blue-Carba Test, RESIST-3 O.K.N. K-SeT ve MASTDISCS™ ID Carbapenemase Activity Test (CAT) discs fenotipik yöntemlerinin duyarlılıkları sırasıyla %72, %72, %74, %72 ve %81 özgüllükleri ise sırasıyla %100, %100, %100, %100 ve %87 olarak bulundu. Sonuç: Karbapenemaz üreticilerinin hızlı ve doğru tespiti zamanında temas izolasyonu ve antibiyotik tedavi kararlarının uygulanması için kritik öneme sahiptir. Genotipik testler karbapenemaz tespiti için altın standart olmaya devam etse de fenotipik testler basit, ucuz, rutin laboratuvar koşullarında ulaşılabilir yöntemler olarak karbapenemaz tespitinde kolaylıklar sunmakta, duyarlı ve özgül sonuçlar alınabilmektedir.
Özet (Çeviri)
Alkoç F. Determination of carbapenemase production by phenotypic methods in carbapenem resistant Enterobacterales strains isolated in our hospital. Ankara Numune Training and Research Hospital Medical Microbiology Clinic, Ankara, 2018. Aim: In this study, we aimed to obtain new data which will help to make carbapenemase detection and infection control in a rapid and sensitive way by using various phenotypic methods on carbapenem resistant Enterobacterales species. Material and Methods: In clinical samples submitted to the Ankara Numune Training and Research Hospital Medical Microbiology laboratory between January 31, 2013 and February 14, 2014, Enterobacterales members who were found to have reduced sensitivity to one or more of the carbapenems were isolated and maintained in the framework of routine hospital infection surveillance. A total 100 isolates that of 69 were carbapenemase gene positive (blaOXA-48, blaNDM-1), and 31 were carbapenemase negative, were included in the study. Carbapenem MIC values of isolates were investigated by E-Test method. The isolates were tested by five different phenotypic methods; such as Carbapanem Inactivation Method, β CARBA Test (Bio-Rad, USA), Blue-Carba Test, RESIST-3 O.K.N. K-SeT (CORIS BioConcept, Belgium) ve MASTDISCS™ ID Carbapenemase Activity Test (CAT) discs (MAST Group, USA) PCR was accepted as the gold standard method for carbapenemase gene detection and other method's sensitivities and specificities were calculated according to PCR. Results: In our study, the sensitivity of ERT and MEM E-test was %78 and %72 respectively, based on EUCAST limit values; based on the cut-off values, each was %80. The specificity of the method was %65 and %94 respectively, based on EUCAST limit values; %58 and %71 based on cut-off values. The sensitivity of the IPM E-test method was %58 and the specificity was %100 based on EUCAST limit values. Sensitivities of the Carbapenem Inactivation Method, β CARBA Test, Blue-Carba Test, RESIST-3 O.K.N K-SeT and MASTDISCS™ ID Carbapenemase Activity Test (CAT) discs phenotypic tests on isolates were %72, %72, %74, %72 and %81 specificity were found as %100, %100, %100, %100 and %87 respectively. Conclusion: The rapid and accurate detection of carbapenemase producers have a critical importance for the timely application of contact isolation and antibiotic treatment decisions. Although genotyping tests continue to be the gold standard methods for determining carbapenemase, phenotyping tests are easy, cheap, accessible in the routine laboratory conditions and they provide convinence for carbapenemase determining and provide sensitive and specific results.
Benzer Tezler
- Enterobacterales türlerinde karbapenemaz tiplerinin saptanmasında farklı yöntemlerin karşılaştırılması
Comparison of different methods for detecting carbapenemase types in enterobacterales species
ÇİSİL ŞEYMA ÖZEL DAVULCU
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
MikrobiyolojiÇanakkale Onsekiz Mart ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ALPER AKÇALI
- Enterobacterales türlerinde karbapenemaz üretiminin bd CPO panel ile araştırılması ve real time PCR yöntemiyle karşılaştırılması
Investigation of carbapenemase production in enterobacterales species with BD CPO panel and comparison with real time PCR method
BURAK KÜÇÜK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2022
MikrobiyolojiKahramanmaraş Sütçü İmam ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MURAT ARAL
- Hastanemizde izole edilen karbapenemlere dirençli Klebsielia pneumoniae suşlarının fenotipik ve genotipik özelliklerinin incelenmesi
The genotypic and phenotypic examination of the carbapenem resistant Kiebsiella pneumoniae strains that are isolated from our hospital
SEMA ALAÇAM
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2013
MikrobiyolojiSağlık BakanlığıTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. IRMAK BARAN
- Yoğun bakım ünitelerinde kan kültürlerinden izole edilen karbapenem dirençli A. baumannii complex izolatlarında kolistin heterojen direncinin ve buna etki eden bazı faktörlerin araştırılması
Investigation of colistin heteroresistance and some factors effecting on heteroresistance among the carbapenem resistant A. baumannii strains isolated from the intensive care units
DENİZ GAZEL
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2013
MikrobiyolojiÇanakkale Onsekiz Mart ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MÜŞERREF TATMAN OTKUN
- Enterobacterıaceae suşlarında karbapenem direncinin fenotipik ve genotipik olarak tanımlanması
Genotypic and phenotypic identification of the carbapenem resistant enterobacteriaceae strains
AYŞE TEKİN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2014
Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon Hastalıklarıİstanbul Bilim ÜniversitesiDahili Tıp Bilimleri Bölümü
PROF. DR. EMİNE SÖNMEZ