Generation of reporter cell lines by genome editing to probe p53 activity
P53'ün aktivitesini araştırmak için genom düzenleme ile raportör hücre hatlarının oluşturulması
- Tez No: 507373
- Danışmanlar: PROF. DR. MEHMET BATU ERMAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Genetik, Biology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2018
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Sabancı Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 103
Özet
Dizi özgün transkripsiyon faktörü olarak tanımlanan p53 proteini tumor suppressor olarak görev yapar. p53 proteini hücre döngüsünün ve apoptosizin kontrol edilmesinde önemli olan çeşitli hücresel süreçlere katılır. p53'ün düzenlenmesi MDM2 ve p53 arasında olan otodüzenleyici negatif geri bildirimli döngü tarafından yönetilmektedir. TP53 genindeki mutasyonlar ve p53'ün düzenlenmesindeki bozukluklar çoğunlukla tümör başlangıcı, invazyon ve metastaz ile ilişkilidir. Bu nedenle p53 fonksiyonlarının restorasyonu kanser hücrelerinin canlılığını hedeflemede kullanılmaktadır. Genom düzenleme teknikleri mutasyonları düzeltmek, ilgili genleri genoma sokmak ve genleri silmek için etkin bir yöntem olarak kullanılmaktadır. p53 proteinin aktivitesindeki değişimleri araştırmak için genom düzenleme metodlarını kullanarak raportör hücre hatları geliştirdik. TALEN ile uyarılan genom düzenlemenin reportör genin hedeflenen güvenli bölgeye entegre etmek için etkin bir yöntem olduğunu gösterdik. Bu raportör hücre hatlarını kullanılarak çeşitli bileşiklerin p53'ün transkripsiyonel aktivitesi üzerindeki etkilerini araştırdık ve bazı bileşiklerin p53'ün transkripsiyonal aktivitesini arttırdıklarını bulduk. Ayrıca bu bileşiklerin p53 varlığında veya p53 yokluğunda hücre canlılığı üzerindeki etkilerini analiz ettik ve bileşiklerin p53'ten bağımsız olarak hücre ölümüne neden olduğunu gösterdik. Ayrıca, tüm bileşiklerin hücre içindeki p53 proteinini stabilize ettiğini belirledik. p53'ün DNA hasarına bağlı translasyon sonrası modifikasyonunun bu stabilzayona neden olduğunu gösterdik. Son olarak, bu bileşiklerin MDM2 ve p53 arasındaki etkileşimi engellemediğini gösterdik. Özet olarak p53 düzenleyen molekülleri tanımlamak için tarama araçları geliştirdik ve test ettik.
Özet (Çeviri)
The p53 protein is defined as a sequence-specific transcription factor and functions as a tumor suppressor protein. The p53 protein is involved in diverse cellular processes which are important for controlling cell cycle arrest and apoptosis. The regulation of p53 is governed by an autoregulatory negative feedback loop between p53 and MDM2. Mutations in the TP53 gene and defects in the regulation of p53 are mostly associated with tumor initiation, invasion, and metastasis. Therefore, restoration of p53 functions to target cancer cell viability has been used for cancer therapy. Genome editing techniques have been used as an effective method to correct mutations, to integrate a gene of interest, and to knock out genes. We generated reporter cell lines by using genome editing methods to probe the transcriptional activation of p53. We showed that TALEN induced genome editing is an effective method to integrate a reporter gene into a targeted safe harbor site. We investigated the effects of various compounds on the transcriptional activity of p53 by using these reporter cell lines and found that some of these compounds increased the transcriptional activity of p53. We also analyzed the effects of the compounds on cell viability in either the presence or absence of p53 and we showed that these compounds caused cell death independent of p53. Additionally, we identified that all compounds stabilized the p53 protein in HCT 116 p53 WT cells. We showed that this stabilization was because of damage-induced post-translational modification of p53. Lastly, we showed that these compounds did not block the interaction between MDM2 and p53. In summary, we developed and tested screening tools to identify modifiers of p53.
Benzer Tezler
- Interrogation of the functionality of ERα binding sites with STARR-seq
Östrogen reseptör α bağlanma bölgelerinin STARR-seq ile sorgulanması
ELİF YAPICI
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
Moleküler TıpKoç ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ GÖZDE KORKMAZ
DOÇ. DR. NATHAN A. LACK
- Synoptic mapping of DNA damage in the replicative senescence of human fibroblasts
İnsan fibroblastlarında replikatif yaşlanma sırasında meydana gelen DNA hasarının kapsamlı haritalanması
SILA NAZ KÖSE
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
Genetikİzmir Ekonomi ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ CİHANGİR YANDIM
- Heterologous expression of mouse alpha klotho protein inphotosynthetic microalgae Chlamydomonas reinhardtii
Fare alfa klotho proteininin fotosentetik mikroalg Chlamydomonas reinhardtii'de heterolog ekspresyonu
RAMAZAN ÇAKMAK
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
BiyoteknolojiKaradeniz Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ UĞUR UZUNER
- Aflatoksin B1 kaynaklı hepatosellüler karsinomalarda aday moleküler hedeflerin analizi
Analysis of candidate molecular targets in aflatoxin B1-induced hepatocellular carcinoma
ŞİRİN YÜKSEL
Yüksek Lisans
Türkçe
2013
BiyokimyaAcıbadem ÜniversitesiBiyokimya ve Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. CEMALİYE AKYERLİ BOYLU
- Generation of Xanthomonas derived TALE proteins that inhibit gene transcription
Gen transkripsiyonunu baskılayan Xanthomonas kökenli TALE proteinlerinin oluşturulması
ŞEYDA ŞAZİYE TEMİZ
Yüksek Lisans
İngilizce
2013
BiyolojiSabancı ÜniversitesiBiyoloji Bilimleri ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MEHMET BATU ERMAN