Geri Dön

Generation of reporter cell lines by genome editing to probe p53 activity

P53'ün aktivitesini araştırmak için genom düzenleme ile raportör hücre hatlarının oluşturulması

  1. Tez No: 507373
  2. Yazar: NAZİFE TOLAY
  3. Danışmanlar: PROF. DR. MEHMET BATU ERMAN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Genetik, Biology, Genetics
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2018
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Sabancı Üniversitesi
  10. Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 103

Özet

Dizi özgün transkripsiyon faktörü olarak tanımlanan p53 proteini tumor suppressor olarak görev yapar. p53 proteini hücre döngüsünün ve apoptosizin kontrol edilmesinde önemli olan çeşitli hücresel süreçlere katılır. p53'ün düzenlenmesi MDM2 ve p53 arasında olan otodüzenleyici negatif geri bildirimli döngü tarafından yönetilmektedir. TP53 genindeki mutasyonlar ve p53'ün düzenlenmesindeki bozukluklar çoğunlukla tümör başlangıcı, invazyon ve metastaz ile ilişkilidir. Bu nedenle p53 fonksiyonlarının restorasyonu kanser hücrelerinin canlılığını hedeflemede kullanılmaktadır. Genom düzenleme teknikleri mutasyonları düzeltmek, ilgili genleri genoma sokmak ve genleri silmek için etkin bir yöntem olarak kullanılmaktadır. p53 proteinin aktivitesindeki değişimleri araştırmak için genom düzenleme metodlarını kullanarak raportör hücre hatları geliştirdik. TALEN ile uyarılan genom düzenlemenin reportör genin hedeflenen güvenli bölgeye entegre etmek için etkin bir yöntem olduğunu gösterdik. Bu raportör hücre hatlarını kullanılarak çeşitli bileşiklerin p53'ün transkripsiyonel aktivitesi üzerindeki etkilerini araştırdık ve bazı bileşiklerin p53'ün transkripsiyonal aktivitesini arttırdıklarını bulduk. Ayrıca bu bileşiklerin p53 varlığında veya p53 yokluğunda hücre canlılığı üzerindeki etkilerini analiz ettik ve bileşiklerin p53'ten bağımsız olarak hücre ölümüne neden olduğunu gösterdik. Ayrıca, tüm bileşiklerin hücre içindeki p53 proteinini stabilize ettiğini belirledik. p53'ün DNA hasarına bağlı translasyon sonrası modifikasyonunun bu stabilzayona neden olduğunu gösterdik. Son olarak, bu bileşiklerin MDM2 ve p53 arasındaki etkileşimi engellemediğini gösterdik. Özet olarak p53 düzenleyen molekülleri tanımlamak için tarama araçları geliştirdik ve test ettik.

Özet (Çeviri)

The p53 protein is defined as a sequence-specific transcription factor and functions as a tumor suppressor protein. The p53 protein is involved in diverse cellular processes which are important for controlling cell cycle arrest and apoptosis. The regulation of p53 is governed by an autoregulatory negative feedback loop between p53 and MDM2. Mutations in the TP53 gene and defects in the regulation of p53 are mostly associated with tumor initiation, invasion, and metastasis. Therefore, restoration of p53 functions to target cancer cell viability has been used for cancer therapy. Genome editing techniques have been used as an effective method to correct mutations, to integrate a gene of interest, and to knock out genes. We generated reporter cell lines by using genome editing methods to probe the transcriptional activation of p53. We showed that TALEN induced genome editing is an effective method to integrate a reporter gene into a targeted safe harbor site. We investigated the effects of various compounds on the transcriptional activity of p53 by using these reporter cell lines and found that some of these compounds increased the transcriptional activity of p53. We also analyzed the effects of the compounds on cell viability in either the presence or absence of p53 and we showed that these compounds caused cell death independent of p53. Additionally, we identified that all compounds stabilized the p53 protein in HCT 116 p53 WT cells. We showed that this stabilization was because of damage-induced post-translational modification of p53. Lastly, we showed that these compounds did not block the interaction between MDM2 and p53. In summary, we developed and tested screening tools to identify modifiers of p53.

Benzer Tezler

  1. Interrogation of the functionality of ERα binding sites with STARR-seq

    Östrogen reseptör α bağlanma bölgelerinin STARR-seq ile sorgulanması

    ELİF YAPICI

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    Moleküler TıpKoç Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ GÖZDE KORKMAZ

    DOÇ. DR. NATHAN A. LACK

  2. Synoptic mapping of DNA damage in the replicative senescence of human fibroblasts

    İnsan fibroblastlarında replikatif yaşlanma sırasında meydana gelen DNA hasarının kapsamlı haritalanması

    SILA NAZ KÖSE

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2023

    Genetikİzmir Ekonomi Üniversitesi

    Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ CİHANGİR YANDIM

  3. Heterologous expression of mouse alpha klotho protein inphotosynthetic microalgae Chlamydomonas reinhardtii

    Fare alfa klotho proteininin fotosentetik mikroalg Chlamydomonas reinhardtii'de heterolog ekspresyonu

    RAMAZAN ÇAKMAK

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2021

    BiyoteknolojiKaradeniz Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ UĞUR UZUNER

  4. Aflatoksin B1 kaynaklı hepatosellüler karsinomalarda aday moleküler hedeflerin analizi

    Analysis of candidate molecular targets in aflatoxin B1-induced hepatocellular carcinoma

    ŞİRİN YÜKSEL

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2013

    BiyokimyaAcıbadem Üniversitesi

    Biyokimya ve Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. CEMALİYE AKYERLİ BOYLU

  5. Generation of Xanthomonas derived TALE proteins that inhibit gene transcription

    Gen transkripsiyonunu baskılayan Xanthomonas kökenli TALE proteinlerinin oluşturulması

    ŞEYDA ŞAZİYE TEMİZ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2013

    BiyolojiSabancı Üniversitesi

    Biyoloji Bilimleri ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. MEHMET BATU ERMAN