Sığırlarda patojen leptospira türlerinin gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) ile saptanması
Determination of pathogenic leptospira species using real time polymerase chain reaction (PCR)
- Tez No: 512792
- Danışmanlar: DOÇ. DR. ÖZLEM BÜYÜKTANIR YAŞ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Leptospirozis, lipL32, lfb1, qRT-PZR, Leptospirosis, lipL32, lfb1, qRT-PCR
- Yıl: 2018
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ondokuz Mayıs Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Mikrobiyoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 66
Özet
Amaç: Sığırlarda Leptospira hastalığına neden olan patojen Leptospira türlerinin sığır kan serumlarından lipL32 ve lfb1 genlerine dayalı kantitatif gerçek zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyonu (qRT-PZR) tekniğiyle saptanması amaçlandı. Materyal ve Metot: Bu çalışmada, Kars ili ve çevresinde abort yapmış 64 inek kan serum örneği ve Samsun ili Tekkeköy ilçesinde bulunan mezbahanede kesilen sağlıklı sığırlardan alınan 25 adet kan örneği olmak üzere toplam 89 örnek kullanıldı. Serum ve kan örneklerine ait genomik DNA'lar kalıp olarak kullanılarak, lipL32 ve lfb1 genleri qRT-PZR ve konvansiyonel PZR yöntemleri ile çoğaltıldı. Referans L. hardjo ve L. grippotyphosa serovarlarına ait DNA'lar pozitif kontrol, L. biflexa serovarına ait DNA negatif kontrol olarak kullanıldı. PZR koşulları optimize edildi ve qRT-PZR ürünlerinin saptanma limiti belirlendi. DNA örneklerinin qRT-PZR'de elde edilen Ct değerlerine göre sonuçlar değerlendirildi ve pozitif örnekler DNA elektroforezinde doğrulandı. Bulgular: Kan serum örneklerine ait DNA'larda lipL32 ve lfb1 genlerini hedefleyen qRT-PZR analizi sonucunda, MAT pozitif bulunan toplam 27 kan serumunun 14'ü (%51,85) lipL32 ve/veya lfb1 genlerine dayalı gerçek zamanlı PZR ile pozitif, 13'ü (%48,15) negatif olarak belirlendi. MAT negatif bulunan 37 serumdan 1'i (%2,7) lipL32 geni pozitif, 1'i (%2,7) hem lipL32 hem de lfb1 genleri pozitif, 35'i (%94,6) negatif bulundu. Mezbahane kan örneklerinde pozitiflik belirlenmedi. qRT-PZR testinin sensitivitesi %51,85, spesifitesi %94,6 olarak hesaplandı. Hedef DNA'ların saptanma limitleri analizleri testin analitik sensitivitesinin yüksek olduğunu gösterdi. Patojen ve apatojen Leptospira serovarları ve farklı bakteri türlerinin uygulanması sonucunda testin analitik spesifitesinin yüksek olduğu saptandı. Sonuç: Abort yapmış sığır kan serumlarında patojen Leptospira türlerinin varlığı MAT ile karşılaştırmalı olarak spesifik lipL32 ve lfb1 genlerine dayalı qRT-PZR tekniğiyle belirlendi. Bu tekniğin Leptospirozis tanısında kullanılabilir olduğu benzer çalışmalarda olduğu gibi ortaya kondu.
Özet (Çeviri)
Aim: It was aimed to detect the pathogenic Leptospira species that cause Leptospirosis in cattle from cattle blood sera by quantitative real-time Polymerase Chain Reaction (qRT-PZR) technique based on lipL32 and lfb1 genes. Material and Method: In this study, a total of 89 samples constituted of 64 blood sera from aborted cows from Kars province and the surrounding regions and 25 blood samples taken from healthy cows in a slaughterhouse located in the district of Tekkeköy in Samsun province were used. Genomic DNAs extracted from blood and blood serum samples were used as the template and lipL32 and lfb1 genes were amplified by qRTPCR and conventional PCR methods. DNA's from reference L. hardjo and L. grippotyphosa serovars were used as positive control, L. biflexa DNA was used as negative control. PCR conditions were optimized and detection limit of qPCR products were defined. The results were evaluated according to Ct values of qRT-PCR and the positive samples were confirmed by DNA electrophoresis. Results: As a result of the qRT-PCR analysis of DNA from the blood sera, 14 (51.85%) out of 27 MAT-positive blood sera were found positive based on lipL32 and / or lfb1 genes, 13 (48.15%) of them were negative. From MAT negative sera, 1 sample (2.7%) was lipL32 gene positive, 1 (2.7%) was both lipL32 and lfb1 genes positive, 35(94.6%) of the samples were negative. Positivity was not determined from slaughterhouse blood samples. Sensitivity and specificity of qRT-PCR test were calculated as 51.85% and 94.6% respectively. Analytical sensitivity of the test was found high based on limit of detection of target DNAs. Analytical specificity of the test was high by evaluation of pathogen and apathogen Leptospira serovars and different bacteria species. Conclusion: In conclusion, the presence of pathogen Leptospira species in blood serum samples from aborted cattle were determined by qRT-PCR targeting lipL32 and lfb1genes. The potential use of this technique for Leptospirosis diagnosis was presented as shown in previous studies.
Benzer Tezler
- Farklı hayvan türlerinde atığa sebep olan leptospirozisin moleküler epidemiyolojisi
Molecular epidemiology of leptospirosis causing abortion in different animal species
AYTEN GÖK
Doktora
Türkçe
2023
MikrobiyolojiSelçuk ÜniversitesiMikrobiyoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ASLI BALEVİ
- Comparative bioinformatics analysis of omics in some animals
Bazı hayvanlarda omiklerin karşılaştırmalı biyoinformatik analizi
OMAR ESMAILL H. HAMAD
Doktora
İngilizce
2016
GenetikKahramanmaraş Sütçü İmam ÜniversitesiZootekni Ana Bilim Dalı
Prof. Dr. EMİN ÖZKÖSE
- Bovine herpesvirüs-1'in farklı kanser hücre hatlarında apoptotik ve otofajik etkilerinin araştırılması
Investigation of the apoptotic and autophagic effects of bovine herpesvirus-1 in different cancer cell lines
MELİSA BEYHAN YILMAZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
OnkolojiTekirdağ Namık Kemal ÜniversitesiTümör Biyolojisi ve İmmünolojisi Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. DİLEK MUZ
- Sığırlarda mastitisin teşhisinde mikrobiyolojik kültür ve çiftlik- kültür yöntemlerinin karşılaştırılması
Comparison of microbiological culture and farm-culture methods for diagnosis of mastitis in cattles
HALİD TEKKAL
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
MikrobiyolojiHarran ÜniversitesiMikrobiyoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
PROF. DR. OSMAN YAŞAR TEL
- Malatya yöresinde sığırlarda anaplasma türlerinin reverse line blotting (RLB) yöntemi ile araştırılması
Investigation of anaplasma species in cattle in Malatya province by reverse line blotting (RLB)
SERDAR ÇOLAK
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
Veteriner HekimliğiFırat ÜniversitesiParazitoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MÜNİR AKTAŞ