Malatya yöresinde sığırlarda anaplasma türlerinin reverse line blotting (RLB) yöntemi ile araştırılması
Investigation of anaplasma species in cattle in Malatya province by reverse line blotting (RLB)
- Tez No: 641880
- Danışmanlar: PROF. DR. MÜNİR AKTAŞ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Veteriner Hekimliği, Veterinary Medicine
- Anahtar Kelimeler: Anaplasma phagocytophilum-like 1 ve 2, Molecular epidemiology, 16S rRNA PCR-RFLP, reverse line blot, sığır, Anaplasma phagocytophilum-like 1 and 2, Molecular epidemiology, 16S rRNA PCR-RFLP, reverse line blot, cattle
- Yıl: 2020
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Fırat Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Parazitoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 77
Özet
Anaplasma türleri, hayvanların ve insanların sağlığını etkileyen zorunlu hücre içi riketsiyal patojenlerdir. Anaplasma soyu içinde çoğu hayvanlar için bazıları aynı zamanda insanlarda da patojen olan 6 bakteri tanımlanmıştır. Son zamanlarda, Japonya, Çin ve Tunus'ta A. phagocytophilum ile genetik olarak yakın benzerlik gösteren iki yeni tür tanımlanmıştır. Bu çalışmada sığırlarda Anaplasma türlerinin varlığı ve dağılımının belirlenmesi amaçlanmıştır. Bunun için Malatya'nın Akçadağ, Arguvan ve Yazıhan ilçelerine bağlı 27 farklı işletmede klinik enfeksiyon göstermeyen 200 sağlıklı sığırdan 2019 yılında (Mart ve Ekim aylarında) EDTA'lı kan örnekleri toplanmıştır. Kanlardan ekstrakte edilen DNA'lar, reverse line blot (RLB) yöntemiyle Anaplasma/Ehrlichia türlerinin 16S rRNA geninin V1 değişken bölgesi yönünden taranmıştır. RLB ile %38.5 (77/200) oranında Anaplasma enfeksiyonları yönünden pozitiflik saptanmıştır. En yaygın türün A. marginale (%32.5) olduğu, bunu A. centrale (%5.5), Anaplasma/Ehrlichia catch-all (%5.5) ve Anaplasma sp. Omatjanne (%2.5)'nin izlediği belirlenmiştir. Test edilen hayvanların hiçbirinde A. phagocytophilum ve A. bovis saptanmamıştır. PZR pozitif 77 amplikondan 11'i sadece Anaplasma/Ehrlichia catch-all proba sinyal verirken, membrandaki tür spesifik probların hiçbirine sinyal vermemiştir. Bu amplikonların PZR-RFLP yöntemi ile A. phagocytophilum-like 1 ve A. phagocytophilum-like 2 oldukları belirlenmiştir. DNA dizileme ve filogenetik analizler RFLP verilerini doğrulamış ve Türkiye'de sığırlarda A. phagocytophilum ile yakından ilişkili potansiyel olarak yeni iki türün bulunduğunu göstermiştir. Türkiye'de A. phagocytophilum-like 1 ve A. phagocytophilum-like 2'nin bulunduğu ilk defa bu çalışmada ortaya konmuştur. Bu çalışma sonucunda elde edilen veriler Anaplasma cinsindeki genetik çeşitliliğin beklenenden çok daha fazla olduğunu ve A. phagocytophilum benzeri suşların sığır anaplasmosisinin ayırıcı tanısında dikkate alınması gerektiğini göstermiştir.
Özet (Çeviri)
Anaplasma species are obligate intracellular rickettsial pathogens that affect the health of humans and other animals. The genus Anaplasma currently comprises 6 bacterial species mostly pathogenic to animals and/or human. Recently, two potentially novel species genetically related to A. phagocytophilum have been identified in Japan, China, and Tunisia. The aim of this study was to determine the presence and distribution of Anaplasma spp.in cattle. For this purpose, EDTA blood samples were collected in 2019 (in March and October) from 200 apparently healthy cattle farmed in 27 different willages belonging to Arguvan, Yazihan, Akçadağ district in Malatya province. DNA was screened by reverse line blot assay for the presence of the hypervariable V1 region of the 16S rRNA gene of Anaplasma/Ehrlichia species. Anaplasma spp. overall infection rates were 38.5% (77/200) by RLB. The most frequently found species was A. marginale (32.5%), followed by A. centrale (5.5%), Anaplasma/Ehrlichia catc-all (5.5%) and Anaplasma sp. Omatjanne (2.5%). A. phagocytophilum and A. bovis were not detected in any of tested animals. Eleven of 77 PCR-positive amplicons gave positive signals to the catch-all probes, but did not show any response to the species-specific probes tested. PCR-RFLP based on 16S rRNA of these amplicons provided evidence for the presence of A. phagocytophilum-like 1 and A. phagocytophilum-like 2 strains. Sequencing and phylogenetic analyses based on 16S rRNA gene validated RFLP findings, and provided evidence for circulation of two potentially novel species closely related to A. phagocytophilum in Turkish cattle. This is the first report of the presence of A. phagocytophilumlike-like strains in the country. These findings suggest that genetic diversity within the genus Anaplasma is much greater than expected, and A. phagocytophilum-like strains should be taken into account as differential diagnosis in bovine anaplasmosis.
Benzer Tezler
- Malatya yöresinde yetiştirilen bazı kayısı çeşitlerinde stomalar üzerinde çalışmalar
Investigations on stomata of some appricot varieties growing in Malatya province
HANDAN ATAOL ÖLMEZ
Yüksek Lisans
Türkçe
1997
ZiraatHarran ÜniversitesiBahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BEKİR EROL AK
- Malatya yöresinde kayısı hasadına mekanizasyon imkanlarının araştırılması
A Research on the mechanical harvesting of apricots in Malatya region
İBRAHİM GEZER
- Malatya yöresinde aşılı-aşısız olarak yetiştirilen banazı karası üzümünün bazı fenolojik, kalite ve fitokimyasal özellikleri
Some phenological, quality and phytochemical charecteristics in banazi karasi grape cultivar as ungraft-graft grown in Malatya region
HATİCE ŞAHİNER ÖYLEK
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
ZiraatBingöl ÜniversitesiBahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. ATİLLA ÇAKIR
- Malatya yöresinde kurutmalık kayısı ağaçlarının geleneksel gübrelemelerinde kullanılan klasik gübreler ile yeni nesil azot inhibitörlü (DMPB kaplamalı) gübrelerin bitki gelişimi, verim ve meyve kalitesine etkileri bakımından karşılaştırılması
Comparison of conventional fertilizers and new generation nitrogen inhibitor (DMPB coated) fertilizers used in traditional fertilization of dried apricot trees in Malatya region in terms of their effects on plant growth, yield and fruit quality
YADİGAR TOPCU
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
ZiraatKahramanmaraş Sütçü İmam ÜniversitesiBahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ YUSUF NİKPEYMA
- Malatya yöresinde farklı dikim zamanlarında yetiştirilen bazı çilek çeşitlerinin verim ve meyve kalite özelliklerinin belirlenmesi
Determination of yield and fruit quality characteristics of some strawberry varieties grown at different planting times in Malatya region
MAHMUT BOZAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
ZiraatMalatya Turgut Özal ÜniversitesiBahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. KAZİM GÜNDÜZ