Çocukluk çağı aritmilerinde yeni nesil dizileme teknikleri kullanılarak nokta mutasyonların analizi
Analysis of point mutations using a next generation of sequencing technics in juvenile arrythmia
- Tez No: 513830
- Danışmanlar: DOÇ. DR. TÜRKAN YİĞİTBAŞI
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyokimya, Biochemistry
- Anahtar Kelimeler: Ritim bozukluğu, iyon kanalları, yeni nesil dizileme, Arrythmia, ion channels, new generation sequencing
- Yıl: 2018
- Dil: Türkçe
- Üniversite: İstanbul Medipol Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyokimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 120
Özet
ÇOCUKLUK ÇAĞI ARİTMİLERİNDE YENİ NESİL DİZİLEME TEKNİKLERİ KULLANILARAK NOKTA MUTASYONLARIN ANALİZİ Normal kalp ritmindeki bozulmalar Uzun QT, Kısa QT, Brugada, Katekolaminerjik Polimorfik Ventriküler Taşikardi (KPVT) ve Aritmogenik Sağ Ventriküler Taşikardi (ASVT) gibi hastalıklara sebep olmaktadır. Yeni nesil dizileme (YND) teknikleri kullanılarak bakılan genetik mutasyonlar ve elde edilen büyük dataların biyoinformatik araçlarla incelenmesi tanı konmasına katkı sağlamaktadır. Bu çalışmada YND ile elde edilen verilerin analizinde kullanılan ACMG, HGMD, ClinVar gibi klinik veri tabanlarının sonuçlarının kıyaslanması amaçlanmıştır. Bu amaçla, Mart 2016 - Eylül 2017 tarihleri arasında İstanbul Medipol Üniversitesi Genetik Tanı Merkezi'ne kalpte ritim bozukluğu test istemiyle gelen ≤ 16 yaşında 42 erkek, 30 kadın toplamda 72 kişi çalışma kapsamına alındı. Patojenik ve muhtemel patojenik olarak raporlanan 18 varyantdan , ACMG HGMD ve ClinVar sınıflandırmalarında sırasıyla 6, 5 ve 7 tanesi uyumlu bulundu . Klinik anlamı kesin olmayan varyant (VUS) olarak raporlanan 29 varyantdan, ACMG, ClinVar sınıflandırmasına göre sırasıyla 27 ve 12 tanesi uyumlu bulundu . HGMD veri tabanında VUS sınıflaması yapılmamıştır. HGMD ve Clin Var veri tabanlarında bulunmayan 15 varyant ACMG kriterlerine göre 13 tanesi VUS, 1 patojenik ve 1 tanesi muhtemel patojenik olarak değerlendirilmiş ve raporlanmıştır. ACMG den farklı olarak raporlanan 15 varyantın 4 tanesi farklı tanımlanmıştır. Sonuç olarak; HGMD, Clin Var, ACMG veri tabanları birbirini tamamlamaktadır. Hasta kliniği, hekimin deneyimi, güncel makalelerin henüz veri tabanları tarafından değerlendirilmemiş olması sonuçları değiştirebilmektedir. Laboratuvarın kendi veri bankası sonuçların artması laboratuvar güvenilirliğini arttıracaktır.
Özet (Çeviri)
ANALYSIS OF POINT MUTATIONS USING A NEXT GENERATION OF SEQUENCING TECHNICS IN JUVENILE ARRYTHMIA Disturbances in normal heart rhythm cause Long QT, Short QT, Brugada, Catecholaminergic Polymorphic Ventricular Tachycardia (CPVT) and Arrhythmogenic Right Ventricular Tachycardia (ARVT). Examination of genetic mutations observed and large data obtained with next generation sequencing (NGS) technics, using bioinformatics tools greatly contribute to the ability to establish diagnoses.The aim of this study is to compare the results of clinic databases such as ACMG, HGMD and ClinVar which are used for analyzing data obtained with NGS. For this aim, a total of 72 individuals, consisting of 42 male individuals and 30 female individuals, requesting cardiac arrythmia tests in Istanbul Medipol University's Genetic Diagnostics Center were included in the study. These individuals are at or below 16 years old. Among the 18 variants reported as“pathogenic”and“possible pathogenic”, six, five and seven individuals respectively were found to be in line with ACMG, HGMD and ClinVar classifications. Of the 29 variants which were reported as variant of uncertain significance (VUS), 27 and 12 respectively were found to be in line with ACMG and ClinVar classifications. HGMD database does not include a VUS classification. 15 variants who are not included in HGMD and ClinVar databases were evaluated according to ACMG criteria. 13 of these variants were evaluated and reported as VUS, one as pathogenic and one as possible pathogenic. Four of the 15 variants, which weren't reported in line with ACMG, were defined differently. As a result, the HGMD, ClinVar and ACMG databases complement each other. The results of this study might be subject to variances in patient clinics, physician's level of experience and the fact that current articles are not yet evaluated using databases. Gradual accumulation of the laboratory's own database results will increase laboratory reliability.
Benzer Tezler
- Çocukluk çağı supraventriküler taşikardilerinde radyofrekans ablasyon sonrası tekrarlama oranının transösefageal elektrofizyolojik çalışma ile değerlendirilmesi
Determination of recurrence rate of initially successful ablation of supraventricular tachycardia by transesophageal electrophysiologic study in children. Hacettepe University Department of Pediatric Cardiology
İLKAY ERDOĞAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2007
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıHacettepe ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SEMA ÖZER
- Çocukluk çağı aritmilerinde sol ventrikül fonksiyonlarının iki boyutlu ekokardiyografi ile değerlendirilmesi
Başlık çevirisi yok
M.AKİF GÜVEN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
1988
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıGazi ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
- Çocukluk çağı obezitesinin kardiyak fonksiyonlar üzerine etkileri
The effect of childhood obesity on cardiac functions
ZERRİN KARAKUŞ EPÇAÇAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2011
KardiyolojiYüzüncü Yıl ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ABDURRAHMAN ÜNER
- Akut antrasiklin toksisitesinin 24 saatlik holter EKG monitarizasyon ve kalp hızı değişkenliği analizi ile incelenmesi
Başlık çevirisi yok
FATİH DİLEK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2004
Çocuk Sağlığı ve Hastalıklarıİstanbul ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYGÜN DİNDAR
- Senkoplu hastalarda aritmi sıklığının belrlenmesi ve vasovagal senkoplu olgularda tilt testinin tanısal değeri
Başlık çevirisi yok
İLKAY TOPRAKLI
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2004
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıFırat ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DOÇ.DR. ERDAL YILMAZ