Improvements on Pathwaymapper: A collaborative pathway curation tool
Ortaklaşa yolak kürasyon aracı Pathwaymapper'a iyileştirmeler
- Tez No: 513979
- Danışmanlar: PROF. DR. UĞUR DOĞRUSÖZ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Computer Engineering and Computer Science and Control
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2018
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Bilgisayar Mühendisliği Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 57
Özet
Bilgi görselleştirme insan algısını güçlendirmek için soyut veriyi görsel olarak sunmaya odaklanır. Çizge görselleştirme büyük miktarda veriyi anlaşılır ve anlamlı bir şekilde sunma becerisinden dolayı bilgi görselleştirme alanındaki en yaygın türlerden biridir. Çizgeler ilişkisel bilgiyi sunmak için uygun bir veri yapısıdır ve bu nedenle çizge görselleştirme biyolojik yolak görselleştirmede de geniş bir kullanıma sahiptir. Bu tez çalışmasında, kanser yolaklarının ortak çalışmaya dayalı inşasına ve bu tür ağlar üzerinde bulunan kanser genomik verisinin görselleştirmesine odaklanıyoruz. Geçmişte biologların kanser genomik verisini incelemelerine yardım etmek amacıyla, SBGN gibi standart formatları da kapsayan çeşitli formatlar kullanan birkaç biyolojik yolak görselleştirme aracı geliştirilmiştir. Bununla birlikte, pek çok biyolog daha basit bir gösterim kullanan The Cancer Genome Atlas (TCGA) taslaklarında yayınlananlara benzer düzenlenmiş yolak diyagramlarını tercih ederler. Bu yolak diyagramları farklı kanser türleri için olan yolaklarda meydana gelen değişiklikleri özetler. Bu gereksinimi karşılamak amacıyla daha önceden PathwayMapper isimli ağ tabanlı bir araç geliştirilmişti. PathwayMapper önceden düzenlenmiş kanser yolaklarını görmek ya da yeni yolakları sıfırdan oluşturmak için kullanılabilir. Bu araç cBioPortal'dan genomik başkalaşım verisinin yüklenmesini de içeren pek çok özelliğe sahiptir. Ayrıca kullanıcıların etkileşimli şekilde kanser yolakları oluşturmalarını ve düzenlemelerini sağlamak amacıyla bir ortak çalışma modu da içermektedir. Bu tez çalışmasında, PathwayMapper'ı daha iyi bir kullanıcı arayüzü ile birlikte, daha eksiksiz ve güçlü bir araç haline getirmek amacıyla bir kaç yoldan geliştiriyoruz. Yeni özellikler karmaşıklık yönetimi işlemlerini, kenar büküm desteğini, etkileşimli köşe boyutlandırmayı ve çeşitli vurgulama imkanlarını içerir. Bunun yanında, araç çubuğunun eklenmesiyle arayüz daha kullanıcı dostu bir hale getirilmiştir.
Özet (Çeviri)
Information visualization focuses on visually representing abstract data to amplify human cognition. Graph visualization is one of the most common types in the field of information visualization because of its capabilities to present huge amount of data in a clear and meaningful manner. A graph is a suitable data structure for representing relational information and for this reason graph visualization has a wide usage in biological pathway visualization as well. In this thesis, we focus on collaborative construction of cancer pathways and visualization of cancer genomics data overlaid over such networks. Several biological pathway visualization tools have been developed to help biologists analyze cancer genomics data, using various formats, including standard formats like SBGN, in the past. Nevertheless, most biologists prefer curated pathway diagrams like the ones featured in The Cancer Genome Atlas (TCGA) manuscripts, using a simpler notation. These pathway diagrams outline the alterations occurring in pathways for different cancer types. To address this need, a web-based tool called PathwayMapper was previously developed. PathwayMapper can be used to view pre-curated cancer pathways or to create new pathways from scratch. It has many features including overlay of genomic alteration data from the cBioPortal. It also includes a collaborative mode so that the users can interactively create and modify the cancer pathways. With this thesis, we improve PathwayMapper in several ways to make it a more complete and powerful editor with a better user interface. New features include complexity management operations, edge bend support, interactive node resize, and various highlighting capabilities. Furthermore, the user interface has been improved to be more user friendly with the addition of a toolbar.
Benzer Tezler
- Hafif elektrikli araçlarda sürekli değişken oranlı şanzıman kullanılarak menzil ve performansın artırılması
Improvements on the range and the performance of a light electric vehicle by making use of a continuously variable transmission
AHMED TALHA CAMCI
Yüksek Lisans
Türkçe
2013
Makine MühendisliğiTOBB Ekonomi ve Teknoloji ÜniversitesiMikro ve Nanoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MEHMET ALİ GÜLER
- Factors affecting the usage of social CRM applications
Sosyal CRM uygulamalarının kullanımında etkili olan faktörler
MEHMET NURİ CAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2013
Bilim ve TeknolojiBoğaziçi ÜniversitesiYönetim Bilişim Sistemleri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ASLIHAN NASIR
- On tabanında rakam çarpımına dayalı paralel çarpma algoritmasının donanım uygulamasının iyileştirilmesi
Improvements on the hardware implementation of the digit multiplication based parallel decimal multiplication algorithm
KENAN BOZDAŞ
Doktora
Türkçe
2011
Elektrik ve Elektronik MühendisliğiHacettepe ÜniversitesiElektrik-Elektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ALİ ZİYA ALKAR
- Ahşap malzemenin fotodegradasyona karşı dayanıklılığının tanen ve nano metal oksitler ile arttırılması
Improvements on weathering resistance of wood by tannin and nano metal oxides
ÖMÜR AHMET YAZICI
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Ağaç İşleriBursa Teknik ÜniversitesiOrman Ürünleri Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. EYLEM DİZMAN TOMAK
- Yeni nesil otomobillere yönelik vermiküler mikroyapıdaki döküm alaşımlarının gaz nitrürleme yöntemi ile özelliklerinin geliştirilmesi
Improvements on properties of vermicular microstructure cast alloys for new generation automobile by gas nitriding
MUHAMMET EMİN KONDAKÇI
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
Metalurji Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiMetalurji ve Malzeme Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. NURİ SOLAK