Improvements on Pathwaymapper: A collaborative pathway curation tool
Ortaklaşa yolak kürasyon aracı Pathwaymapper'a iyileştirmeler
- Tez No: 513979
- Danışmanlar: PROF. DR. UĞUR DOĞRUSÖZ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Computer Engineering and Computer Science and Control
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2018
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Bilgisayar Mühendisliği Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bilgi görselleştirme insan algısını güçlendirmek için soyut veriyi görsel olarak sunmaya odaklanır. Çizge görselleştirme büyük miktarda veriyi anlaşılır ve anlamlı bir şekilde sunma becerisinden dolayı bilgi görselleştirme alanındaki en yaygın türlerden biridir. Çizgeler ilişkisel bilgiyi sunmak için uygun bir veri yapısıdır ve bu nedenle çizge görselleştirme biyolojik yolak görselleştirmede de geniş bir kullanıma sahiptir. Bu tez çalışmasında, kanser yolaklarının ortak çalışmaya dayalı inşasına ve bu tür ağlar üzerinde bulunan kanser genomik verisinin görselleştirmesine odaklanıyoruz. Geçmişte biologların kanser genomik verisini incelemelerine yardım etmek amacıyla, SBGN gibi standart formatları da kapsayan çeşitli formatlar kullanan birkaç biyolojik yolak görselleştirme aracı geliştirilmiştir. Bununla birlikte, pek çok biyolog daha basit bir gösterim kullanan The Cancer Genome Atlas (TCGA) taslaklarında yayınlananlara benzer düzenlenmiş yolak diyagramlarını tercih ederler. Bu yolak diyagramları farklı kanser türleri için olan yolaklarda meydana gelen değişiklikleri özetler. Bu gereksinimi karşılamak amacıyla daha önceden PathwayMapper isimli ağ tabanlı bir araç geliştirilmişti. PathwayMapper önceden düzenlenmiş kanser yolaklarını görmek ya da yeni yolakları sıfırdan oluşturmak için kullanılabilir. Bu araç cBioPortal'dan genomik başkalaşım verisinin yüklenmesini de içeren pek çok özelliğe sahiptir. Ayrıca kullanıcıların etkileşimli şekilde kanser yolakları oluşturmalarını ve düzenlemelerini sağlamak amacıyla bir ortak çalışma modu da içermektedir. Bu tez çalışmasında, PathwayMapper'ı daha iyi bir kullanıcı arayüzü ile birlikte, daha eksiksiz ve güçlü bir araç haline getirmek amacıyla bir kaç yoldan geliştiriyoruz. Yeni özellikler karmaşıklık yönetimi işlemlerini, kenar büküm desteğini, etkileşimli köşe boyutlandırmayı ve çeşitli vurgulama imkanlarını içerir. Bunun yanında, araç çubuğunun eklenmesiyle arayüz daha kullanıcı dostu bir hale getirilmiştir.
Özet (Çeviri)
Information visualization focuses on visually representing abstract data to amplify human cognition. Graph visualization is one of the most common types in the field of information visualization because of its capabilities to present huge amount of data in a clear and meaningful manner. A graph is a suitable data structure for representing relational information and for this reason graph visualization has a wide usage in biological pathway visualization as well. In this thesis, we focus on collaborative construction of cancer pathways and visualization of cancer genomics data overlaid over such networks. Several biological pathway visualization tools have been developed to help biologists analyze cancer genomics data, using various formats, including standard formats like SBGN, in the past. Nevertheless, most biologists prefer curated pathway diagrams like the ones featured in The Cancer Genome Atlas (TCGA) manuscripts, using a simpler notation. These pathway diagrams outline the alterations occurring in pathways for different cancer types. To address this need, a web-based tool called PathwayMapper was previously developed. PathwayMapper can be used to view pre-curated cancer pathways or to create new pathways from scratch. It has many features including overlay of genomic alteration data from the cBioPortal. It also includes a collaborative mode so that the users can interactively create and modify the cancer pathways. With this thesis, we improve PathwayMapper in several ways to make it a more complete and powerful editor with a better user interface. New features include complexity management operations, edge bend support, interactive node resize, and various highlighting capabilities. Furthermore, the user interface has been improved to be more user friendly with the addition of a toolbar.
Benzer Tezler
- Improvements on the DNA diagnosis of hemophilla A and hemophilla B and establishment of type 2N von Willebrand disease diagnosis in Turkish patients
Hemofili A ve hemofili B DNA tanısının geliştirilmesi ve tip 2N von Willebrand hastalığının Türk hastalarında uygulanması
İNANÇ DEĞER FİDANCI
Yüksek Lisans
İngilizce
2004
BiyolojiBoğaziçi ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF.DR. HANDE ÇAĞLAYAN
- Improvements on one-stage object detection by visual reasoning
Görsel akıl yürütme ile tek aşamalı nesne tespitinde iyileştirmeler
TOLGA AKSOY
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
Elektrik ve Elektronik MühendisliğiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiElektrik-Elektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. UĞUR HALICI
- Improvements on Bitswap peer selection based on peer response time
Eş yanıt süresine göre Bitswap eş seçiminde iyileştirmeler
ALİ İHSAN KARABAL
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolBahçeşehir ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ECE GELAL SOYAK
- Design improvements on mixed flow pumps by means of computational fluid dynamics
Karışık akışlı pompalarda hesaplamalı akışkanlar dinamiği ile tasarım iyileştirmeleri
ONUR ÖZGEN
Yüksek Lisans
İngilizce
2006
Makine MühendisliğiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiMakine Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. KAHRAMAN ALBAYRAK
- Performance improvements with predistortion on FMCW radars
FMCW radarlarında ön bozulma ile performans iyileştirmeleri
BAYRAM MERT ALTINDAĞ
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
Elektrik ve Elektronik MühendisliğiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiElektrik-Elektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ŞİMŞEK DEMİR