İzmir ilindeki bazı endemik bitki türlerinin endofitik mikroorganizma profillerinin DGGE ile belirlenmesi
Determination of the endophytic microorganism profiles of the some endemic plants in the İzmir province using DGGE
- Tez No: 514325
- Danışmanlar: PROF. DR. ATAÇ UZEL
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Mikrobiyoloji, Biyoloji, Biyoteknoloji, Microbiology, Biology, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Biyolojik çeşitlilik, Endofitik bakteri, Mikrobiyota, Moleküler tanı, Biological diversity, Endophytic bacteria, Microbiota, Molecular identification
- Yıl: 2018
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ege Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bu çalışmada, Styrax officinalis ve Dianthus erinaceus endemik bitki türlerinin kök kısımlarındaki bakteriyal ve fungal endofit çeşitliliğinin, kültürden bağımsız bir yaklaşım olan DGGE yöntemi ile belirlenmesi amaçlanmıştır. Bitkilerin köklerindeki endofitik bakteri ve fungus çeşitliliği 16S rDNA, ITS DGGE parmak izi ve filogenetik analizler kullanılarak ortaya çıkarılmıştır. Bitki örnekleri İzmir ilinin Kemalpaşa ilçesinden toplanmış ve aynı gün içinde laboratuvara getirilmiştir. Köklerin yüzeyleri sterilize edildikten sonra sterilite kontrolü yapılmıştır. Akabinde bitki örneklerinden total DNA izolasyonu, 16S rDNA ve ITS DGGE amplikonlarının jelden geri kazanımı ve dizi analizi gerçekleştirilmiştir. İki bitki örneğinden toplam 10 bakteriyel ve 13 fungal filotip elde edilmiştir. Filotipler NCBI-GenBank veribanındaki bakteri ve funguslara ait diziler ile benzerlikleri bakımından karşılaştırılmıştır. Bitki örneklerinin kök kısımlarındaki dominant endofitik bakteri çeşitliliğinin çoğunluğunu Protobacteria filum ve alt filumlarının oluşturduğu belirlenmiştir. Bitkilerdeki endofitik fungus çeşitliliğinin ise Ascomycota filumuna dahil Penicillium sp., Alternaria sp. ve kültürü yapılmamış Cladosporium sp. gibi fungus genuslarından oluştuğu belirlenmiştir. Çalışmamızda D. erinaceus'un endofitik bakteri ve fungus çeşitliliğinin S. officinalis'e göre daha yüksek olduğu saptanmıştır.
Özet (Çeviri)
This study was aimed to evaluate the bacterial and the fungal endophyte diversity of the root parts of Styrax officinalis and Dianthus erinaceus endemic plant species by culture independent DGGE method. The endophytic bacterial and fungal communitiy structures in the roots of the plants were revealed using 16S rDNA, ITS DGGE fingerprinting and phylogenetic analysis. Plant samples were collected from Kemalpaşa district of İzmir province and brought to the laboratory at the same day. The surface of the roots were subjected to sterilization and cheched for their sterility. Following the total DNA isolation from plant samples, recovery of 16S rDNA and ITS DGGE of the amplicons from the gel and sequence analysis were performed. A total of 10 bacterial and 13 fungal phylotypes were obtained from two plant samples. Phylotypes were compared with NCBI-GenBank database in terms of their similarities to the bacterial and fungal sequences. It has been determined that the majority of the dominant endophytic bacterium diversity in root parts of plant specimens is constituted by Protobacteria phylum and subfilums. The fungal diversity is constituted by Penicillium sp., Alternaria sp. and uncultured Cladosporium sp. belonging to the Ascomycota phylum. In our study, the endophytic bacterial and fungal diversity of D. erinaceus was found to be higher than S. officinalis.
Benzer Tezler
- İzmir ilindeki farklı kaynaklardan izole edilen bazı mavi-yeşil alglerin (siyanobakterilerin) moleküler özelliklerinin ve toksinlerinin araştırılması
Investigation of blue-green Algae (Cyanobacteria) moleculer properties and toxin isolated from Izmir different springs
ZELİHA DEMİREL
- İzmir ilindeki XIV-XIX. yüzyıllara ait bazı tarihi yapıların fungus florasının incelenmesi ve ilaçlama deneyleri
An investigation and disinfection experiments of fungus flora of certain historic buildings from XIV-XIX. centuries in the city of İzmir
ASLI ŞAHİNER
Yüksek Lisans
Türkçe
2005
BiyolojiAdnan Menderes ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
Y.DOÇ.DR. HALİL BIYIK
- Damla sulama sistemlerinde kullanılan bazı ekipmanların İzmir ilindeki imalat ve pazarlama durumu
Manufacturing and marketing situation several equipments used in drip irrigation systems, in the province of İzmir
KEREM DOLGUN
Yüksek Lisans
Türkçe
2013
ZiraatEge ÜniversitesiTarım Makineleri Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. HÜSEYİN YÜRDEM
- İzmir ilindeki kedi ve köpeklerde karşılaşılan tümör olgularının prevalansının belirlenmesi
Determination of the prevalence of tumor cases in cats and dogs in İzmir province
BURHAN YILMAZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2025
Veteriner HekimliğiAfyon Kocatepe ÜniversitesiCerrahi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZÜLFÜKAR KADİR SARITAŞ
- İzmir ilindeki zemin hakim periyodu ve zemin büyütmesi değişiminin mikrotremor ölçümleri ile belirlenmesi
Determination of variation in predominant soil period and soil amplification in İzmir by microtremor measurements
ÜMİT GÜLERCE
Yüksek Lisans
Türkçe
2002
İnşaat Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiGeoteknik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ATİLLA ANSAL