Geri Dön

Investigation of the effect of curcumin on helicobacter pylori 5'-methylthioadenosine/s-adenosylhomocysteine nucleosidase with molecular dynamics method

Kurkuminin helikobakter pilori 5'-methylthıoadenosıne/s-adenosylhomocysteıne nucleosıdase üzerine etkisinin moleküler dinamik yöntemi ile incelenmesi

PDF İndir

  1. Tez No: 521523
  2. Yazar: MAHDI IBRAHIM SAEED SAEED
  3. Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ AHMET YILDIRIM
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyofizik, Fizik ve Fizik Mühendisliği, Biophysics, Physics and Physics Engineering
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2018
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Siirt Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Fizik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Atom ve Molekül Fiziği Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: 61

Özet

Helikobakter pilori (H. pilori), gastrik ülsere ve mide enfeksiyonlarına neden olan bir bakteridir. H. pilori, metiyonin ve purin kurtarma yolları, futalosin yolu ve poliamin biyosentezi gibi çoğu bakteriyel metabolik işlemlerde 5′-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase (MTAN) proteinine ihtiyaç duyar. MTAN proteini, bakteriyel metabolizmada ve bakteriler arası iletişimde önemli bir rol oynadığı için, H. pilori gelişimini önlemede önemli bir hedef inhibitör olabilir. Doğal bir bileşik olan kurkumin, H. pilori gelişimine karşı etkili bir inhibitör olarak varsayılabilir. Bu çalışmada, Moleküler Dinamik simülasyon yöntemiyle HpMTAN'ın konformasyonel yapısı ve dinamikleri üzerine kurkumin'in etkisini araştırdık. Kurkumin, HpMTAN'ın tek bir zincirine ve her iki zincirine bağlıyken, HpMTAN'ın davranışlarını karşılaştırdık. Elde edilen sonuçlara göre; kurkuminin yaklaşık olarak -8 kcal/mol'lük yüksek bir bağlanma enerjisiyle HpMTAN'a bağlandığı ve aktif sitedeki bazı rezidülerle Hidrojen bağı oluşturduğu tespit edildi. Ayrıca, HpMTAN'a kurkumin bağlanması büyük konformasyonel değişiklere ve rezidü dalgalanmalarına neden olmadığı ancak HpMTAN'ın ara ve iç zincir korelasyonlarını arttırdığı gözlemlenmiştir.

Özet (Çeviri)

Helicobacter pylori (H. pylori) is a bacteria that causes gastric ulcers and stomach infections. H. pylori requires the protein 5′-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase (MTAN) for many bacterial metabolic processes including the methionine and purine salvage pathways, the futalosine pathway, and polyamine biosynthesis. Since MTAN plays an important role in bacterial metabolism and communication, it can be an important inhibitor target to prevent H. pylori growth. A natural compound curcumin can be considered as potent inhibitor against H. pylori growth. In this study, we investigated the effect of curcumin on the conformational structure and dynamics of HpMTAN using Molecular Dynamics simulations. We compared the behavior of HpMTAN when curcumin is bound to single and both chain(s) of HpMTAN. Our results reveal that curcumin has a high binding energy of around -8 kcal/mol with HpMTAN and forms Hydrogen bonds with some active site residues. In addition, it was observed that curcumin binding to HpMTAN does not cause large conformational changes and large residue fluctuations, however, it arises both inter and intra chain correlations of HpMTAN.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    855003

    Kurkumin (Curcumin) ile modifiye edilen montmorillonit mikro/nano kilin doğal süreçler ile (yeşil yöntemler) eldesi ve helicobacter pylori üzerine etkisinin incelenmesi

    The production of montmorillonite micro/nano clay modified with curcumin through natural processes (green methods) and investigation of its effect on helicobacter pylori

    SHAHRIYAR KARIMDOUST

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    Çevre MühendisliğiAtatürk Üniversitesi

    Nanobilim ve Nanomühendislik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. YALÇIN KEMAL BAYHAN

  2. Tez No

    433350

    SH-SY5Y nöroblastoma hücrelerinde curcuminin trpm2 katyon kanalları üzerine etkisinin patch-clamp sistemi ile araştırılması

    Investigation of the effect of curcumin on TRPM2 cation channels in SH-SY5Y neuroblastoma cells BY patch-clamp SYSTEM

    AHMİ ÖZ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    BiyofizikSüleyman Demirel Üniversitesi

    Biyofizik Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. ÖMER ÇELİK

  3. Tez No

    547667

    Curcuminin otokrin büyüme hormonu (BH) anlatımı kazandırılmış MCF-7 meme kanseri hücrelerinde endoplazmik retikulum stres ve otofajik yolaklar üzerine etkisinin irdelenmesi

    Investigation of the effect of curcumin on endoplasmic reticulum stress and autophagic pathways in the autocrine growth hormone (GH) MCF-7 breast cancer cells

    MERVE KARATAŞ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    Biyolojiİstanbul Kültür Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AJDA ÇOKER GÜRKAN

  4. Tez No

    891000

    Ratlarda oluşturulan deneysel sepsis modelinde kurkuminin over üzerine etkisinin araştırılması

    Investigation of the effect of curcumin on the ovary in an experimental sepsis model in rats

    BETÜL AHMAD

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    Histoloji ve EmbriyolojiAtatürk Üniversitesi

    Histoloji ve Embriyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. TUBA DEMİRCİ

  5. Tez No

    891002

    Sıçanlarda çekal ligasyon perforasyon yöntemi ile indüklenen sepsis modelinde kurkuminin adrenal bez üzerine etkisinin araştırılması

    Investigation of the effect of curcumin on adrenal glands in sepsis model induced by cecal ligation perforation method in rats

    NAWRAS AHMAD MATROOK ALKABABA

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    Histoloji ve EmbriyolojiAtatürk Üniversitesi

    Histoloji ve Embriyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. SEMİN GEDİKLİ

Geri Dön