Geri Dön

Identification of novel hit molecules against B-Cell Leukemia/Lymphoma-2 (Bcl2)

B-hücreli lösemi /lenfoma-2'ye karşı yeni moleküllerin keşfedilmesi

PDF İndir

  1. Tez No: 535273
  2. Yazar: GURBET TUTUMLU
  3. Danışmanlar: PROF. DR. SERDAR DURDAĞI
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Biyomühendislik, Kimya, Biology, Bioengineering, Chemistry
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2019
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Bahçeşehir Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 77

Özet

B-cell leukemia/lymphoma-2 (BCL-2) proteinleri anti-kanser ilaç tasarım çalışmalarında kullanılan önemli onkojenik hedef yapılardan birisidir. Bu çalışmada, BCL2'ye karşı yeni ligant moleküllerinin belirlenmesi amacıyla, hem ligand bazlı hem de yapı temelli teknikler uygulanmıştır. Başlangıçta 212520 küçük molekül Specs SC veritabanından alındı ve MetaCore / MetaDrug platformunda ikili QSAR tabanlı modeller örneğin“kanser-QSAR modeli”kullanılarak tarama gerçekleştirildi. Seçilen moleküller için BCL-2'nin kristal yapısı (Protein Databank ID: 4LXD) ve BCL-2'nin NMR yapısı (Protein Databank ID: 1YSW, 1YSI, 2O2F) hedefe yönelik ilaç tarama yöntemleri (moleküler yerleştirme) kullanılarak test edildi. Bu seçilmiş bileşikler daha sonra BCL2'nin bağlanma cebinde Glide / yüksek verimli sanal taramada (HTVS) kullanıldı. Glide/HTVS'den seçilen yapılar için daha kompleks moleküler yerleştirme protokolleri (Glide / SP, Glide / IFD ve GOLD) uygulanarak doking skorları bilinen inhibitörlerle (pozitif kontrol) karşılaştırıldı. Pozitif kontrollerden daha yüksek doking skorlarına sahip olan ve bilinen çok önemli ligant-rezidü etkileşimlerini koruyan moleküller için moleküler dinamik (MD) simülasyonlar uygulandı Ayrıca, hedefin bağlanma bölgesinde ligand-protein kompleksinin yapısal ve dinamik özellikleri araştırılmıştır.

Özet (Çeviri)

B-cell leukemia/lymphoma-2 (BCL2) family proteins are one of the important oncogenic targets used in anti-cancer drug designing studies. In this study, in order to identify new hits against BCL2, both ligand- and structure-based techniques were applied. Initially 212520 small molecules were retrieved from Specs SC database and binary QSAR based models from MetaCore/MetaDrug platform were used to screen against a defined therapeutic activity,“cancer”. Crystal structure of BCL-2 (Protein Databank ID: 4LXD) and NMR structure of BCL-2 (Protein Databank ID: 1YSW,1YSI,2O2F) used for target-driven drug screening methods (i.e., molecular docking). These selected compounds were then used in Glide/high throughput virtual screening (HTVS) at the binding pocket of BCL2. Filtered structures were then used in more sophisticated molecular docking protocols (i.e., Glide/SP, Glide/IFD and GOLD); their docking scores were compared with known inhibitors (i.e., positive controls) and selected molecules were considered for molecular dynamics (MD) simulations. Selected hit molecules which are the molecules that have higher docking scores than positive controls and they construct known crucial interactions were used in MD simulations. Moreover, structural and dynamical properties of ligand-protein complex is investigated for better understanding of hit molecules at the binding pocket of the target.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    636315

    Sanal tarama ve çok boyutlu moleküler modelleme yöntemleri ile p53-MDM2 potansiyel inhibitörlerinin belirlenmesi

    Identification of p53-MDM2 potential inhibitors with virtual screening and multidimensional molecular modeling methods

    GÜLŞAH AYDIN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2020

    Kimyaİstanbul Teknik Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MİNE YURTSEVER

    PROF. DR. SERDAR DURDAĞI

  2. Tez No

    648941

    Integrated ligand- and target-driven-based virtual screening studies for the identification of novel therapeutics against breast cancer

    Meme kanserine karşı yeni terapötiklerin tanımlanmasınayönelik entegre ligand ve hedefe dayalı sanal taramaçalışmaları

    LALEHAN OKTAY

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2020

    BiyofizikBahçeşehir Üniversitesi

    Biyoloji Bilimleri ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SERDAR DURDAĞI

  3. Tez No

    532534

    Kimyasallarla indüklenen meme kanseri oluşum mekanizmalarında olası antikanser ilaç hedeflerinin araştırılması

    Investigation of mechanisms of chemically-induced breast cancer as targets for anticancer drugs

    ELİF İNCE

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    Eczacılık ve FarmakolojiEge Üniversitesi

    Farmasötik Toksikoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HANDE GÜRER ORHAN

  4. Tez No

    409644

    Yapı-temelli ilaç tasarım yöntemleriyle glutatyon S-transferaz P1 spesifik özgün inhibitörlerin geliştirilmesi ve kinetik çalışmaları

    Development of novel glutathione S-transferase specific inhibitors BY structure-based drug design methods and kinetic analysis

    DENİZ CEYHAN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    BiyokimyaHacettepe Üniversitesi

    Biyokimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. YASEMİN AKSOY

    PROF. DR. BURAK ERMAN

  5. Tez No

    818884

    Examining the interaction partners of essential chromatin regulators in triple- negative breast cancer

    Üçlü negatif meme kanserinde temel kromatin düzenleyicilerinin etkileşim partnerlerinin incelenmesi

    BERİL ESİN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2023

    BiyolojiKoç Üniversitesi

    Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. TUĞBA BAĞCI ÖNDER

Geri Dön