Geri Dön

Gökkuşağı alabalığı (oncorhynchus mykiss walbaum 1792) kuluçkahanelerinde hastalık oluşturan flavobacterium türlerinin genotipik karakterizasyonu ve antimikrobiyal direnç gelişiminde rol oynayan genlerin varlığı-yaygınlığının belirlenmesi

Genotypic characterisation, detection and prevalance of antimicrobial resistance genes on flavobacterium species cause of disease in rainbow trout (oncorhynchus mykiss walbaum 1792) hatcheries

PDF İndir

  1. Tez No: 535469
  2. Yazar: İZZET BURÇİN SATICIOĞLU
  3. Danışmanlar: PROF. DR. SONER ALTUN
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Mikrobiyoloji, Su Ürünleri, Veteriner Hekimliği, Microbiology, Aquatic Products, Veterinary Medicine
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2018
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Bursa Uludağ Üniversitesi
  10. Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 133

Özet

Flavobacterium genusuna ait türlerin balıklarda oluşturduğu salgınlar önemli ekonomik kayıplara neden olmaktadır. Bu türlerden en fazla bilinenleri Flavobacterium psychrophilum, F. columnare ve F. branchiophilum'dur. Son yıllarda birçok yeni Flavobacterium türünün de balıklardan izole edildiği bildirilmiştir. Bu araştırmada gökkuşağı alabalığı (Oncorhynchus mykiss), Anadolu/dağ alabalığı (Salmo trutta macrostigma), Çoruh alabalığı (Salmo coruhensis), kaynak alabalığı (Salvelinus fontinalis) ve Karadeniz alabalığından (Salmo trutta labrax) izole edilmiş 109 Flavobacterium spp. izolatının dizi analizi ile identifikasyonu, PCR-RFLP profiline göre genotiplendirilmesi, antimikrobiyal direnç durumunun belirlenmesi amaçlanmıştır. Flavobacterium türlerinin identifikasyonu 16S rRNA bölgesinin dizi analiziyle, PCR-RFLP analizi ise 16S rRNA, gyrA, gyrB gen bölgeleri kullanılarak yapılmıştır. Ayrıca Flavobacterium türlerinin amoksisilin, oksitetrasiklin, oksalinik asit, sulfamethoksazol/trimetoprim, enrofloksasin, eritromisin ve florfenikol antimikrobiyallerine karşı dirençliliği fenotipik (disk difüzyon, minimum inhibitör konsantrasyonları) ve genotipik (floR, tetA, tetB, tetC, tetE, tetH, tetM, tetL, sul1, sul2 sul3, qnrA, qnrB ve qnrS) olarak belirlenmiştir. Dizi analizi sonucunda 27 farklı Flavobacterium türü identifiye edilmiştir. Bu türlerden 26'sı ülkemizde ilk kez izole edilmiştir. F. antarticum, F. terrigena, F. granuli, F. frigoris, F. saccharophilum, F. xueshanense ve F. cutihirudinis türleri ise balıklarda ilk defa tespit edilmiştir. F. psychrophilum izolatları genotipik olarak homojen bir yapı göstermiş ve amoksisilin, florfenikole karşı duyarlı, enrofloksasin ile oksalinik asite ise duyarlılığının azalmılş olduğu belirlenmiştir. F. branchiarum, F. branchiicola, F. collinsii, F. frigoris ve F. psychrophilum türlerinde floR ve F. branchiarum, F. branchiicola, F. collinsii, F. oncorhynchi, F. plurextorum, F. psychrophilum, F. spartansii, F. terrigena ve F. tiangeerense türlerinde ise sul2 direnç geni bu çalışmada ilk defa tespit edilmiştir. Anahtar Kelimeler; Flavobacterium spp., Antimikrobiyal Direnç, RFLP

Özet (Çeviri)

Outbreaks in fish species due to the Flavobacterium genus cause significant economic losses. The best known of these species are Flavobacterium psychrophilum, F. columnare and F. branchiophilum, but in recent years, it has been reported that many new Flavobacterium species have also been isolated from fishes. The present study focused on three main goals: 1) to identify the isolate by sequence analysis, 2) to detect genotypes by their PCR-RFLP profiles and 3) to determine the antimicrobial resistance status of 109 Flavobacterium spp. that were isolated from rainbow trout (Oncorhynchus mykiss), Anatolian/mountain trout (Salmo trutta macrostigma), çoruh trout (Salmo coruhensis), brook trout (Salvelinus fontinalis) and black sea trout (Salmo trutta labrax). Each Flavobacterium species was identified by sequence analysis of the 16S rRNA region and by PCR-RFLP analysis using the 16S rRNA, gyrA and gyrB gene regions. Resistance of the Flavobacterium species to amoxicillin, oxytetracycline, oxalinic acid, sulfamethoxazole/trimethoprim, enrofloxacin, erythromycin and florfenicol antimicrobials was determined phenotypically (disk diffusion, minimum inhibitor concentrations) and genotypically (floR, tetA, tetB, tetC, sul1, sul2 sul3, qnrA, qnrB and qnrS). As a result of the sequence analysis, 27 different Flavobacterium species were identified. Twenty-six of these species were isolated for the first time in Turkey. F. antarcticum, F. terrigena, F. granuli, F. frigoris, F. saccharophilum, F. xueshanense and F. cutihirudinis species were the first Flavobacterium species detected in fish. F. psychrophilum isolates showed a genotypically homogeneous structure, and it was determined that the isolates were susceptible to amoxicillin and florfenicol, while enrofloxacin and oxalinic acid susceptibility was decreased in this species. Also in this study, the floR antimicrobial resistance gene in the F. branchiarum, F. branchiicola, F. collinsii, F. frigoris and F. psychrophilum species as well as the sul2 resistance gene in the F. branchiarum, F. branchiicola, F. collinsii, F. oncorhynchi, F. plurextorum, F. psychrophilum, F. spartansii F. terrigena and F. tiangeerense species were detected for the first time. Keywords; Flavobacterium spp., Antimicrobial Resistance, RFLP

Benzer Tezler

  1. Tez No

    606766

    Van ili gökkuşağı alabalığı (Oncorhynchus mykiss, Walbaum, 1792) anaç populasyonlarının büyüme hormonu (GHh) gen ekspresyon seviyeleri, genetik polimorfizm ile bazı fenotipik parametrelere göre değerlendirilmesi ve yönetimine yönelik bir araştırma

    A research on the evaluation and management of rainbow trout (Oncorhynchus mykiss, Walbaum, 1792) in Van province according to growth hormone (GH) gene expression levels, genetic polymorphism and some phenotypic parameters

    BORAN KARATAŞ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    Balıkçılık TeknolojisiVan Yüzüncü Yıl Üniversitesi

    Su Ürünleri Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MUHAMMED ARABACI

  2. Tez No

    215863

    Mersin Çağlarca köyündeki gökkuşağı alabalığı(Oncorhynchus mykiss, Wabaum, 1792) Flavobacterium Spp.'nin araştırılması

    In investigate of Flavobacterium Spp. in rainbow trout (Oncorhynchus mykiss, Wabaum, 1792) hatcheries in Caglarca village of Mersin

    SEVGİ YILDIRIM

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2007

    MikrobiyolojiMersin Üniversitesi

    Su Ürünleri Yetiştiriciliği Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. SELMİN ÖZER

  3. Tez No

    341704

    Gökkuşağı alabalığı (Oncorhynchus mykiss Walbaum 1792)'nda kefir ilaveli yemin spesifik olmayan immun sistem ve büyüme parametreleri üzerine etkisi

    Effect on growth parameters and nonspecific immune system of feed supplemented kefir in rainbow trout (Oncorhynchus mykiss Walbaum 1792)

    ŞEFİK GÜNEY

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2013

    Su ÜrünleriSüleyman Demirel Üniversitesi

    Su Ürünleri Yetiştiriciliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AYŞEGÜL KUBİLAY

  4. Tez No

    185308

    Vakum ambalajlı gökkuşağı alabalığı (Oncorhynchus mykiss walbaum,1792) havyarının üretimi ve muhafazası sırasında duyusal ile kimyasal kalitesinde meydana gelen değişimler

    Changes in sensory and chemical quality in vacummed rainbow trout (Oncorhynchus mykiss walbaum,1792)when producing caviar and storageing

    EMİNE ÖZPOLAT

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2006

    Su ÜrünleriFırat Üniversitesi

    Avlama ve İşleme Teknolojisi Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. BAHRİ PATIR

  5. Tez No

    247707

    Gökkuşağı alabalıklarında (Oncorhynchus mykiss - walbaum 1792) bazı antibiyotik kalıntılarının saptanması

    Determination of some antibiotic residues in rainbow trouts (Oncorhynchus mykiss - Walbaum 1792)

    EVREN ÖZDEMİR

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2010

    Besin Hijyeni ve TeknolojisiAnkara Üniversitesi

    Besin Hijyeni ve Teknolojisi Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. TARIK HALUK ÇELİK

Geri Dön