Developing CHARMM compatible force fields for novel drug
İlaç adayları için CHARMM uyumlu kuvvet alanı geliştirme
- Tez No: 542637
- Danışmanlar: DOÇ. DR. NURDAN DEMİRCİ SANKIR, PROF. DR. TURGUT BAŞTUĞ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyofizik, Fizik ve Fizik Mühendisliği, Biophysics, Physics and Physics Engineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2018
- Dil: Türkçe
- Üniversite: TOBB Ekonomi ve Teknoloji Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Mikro ve Nanoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 55
Özet
Maliyetli ilaç geliştirme süreci ve bilgisayar teknolojisinin geliştirilmesi ile, bilgisayar destekli ilaç tasarımı, ilaç geliştirmede popüler hale gelmiştir. Moleküler modelleme, bilgisayar destekli ilaç tasarım sürecinde önemli bir rol oynar. Mevcut Kuvvet Alanları (CHARMM, AMBER, GROMACS, vb.) yeni geliştirilen / gelişen ilaç adaylarının fiziksel özellikleri hakkında bilgi içeren parametre dosyalarına sahip değildir, bu nedenle yeni geliştirilen ilaç adaylarının bilgisayar tabanlı Moleküler Dinamik simülasyonunu gerçekleştirmeleri mümkün değildir. Bu çalışmanın temel amacı, yeni bir ilacın potansiyelini araştırmak için yeni GST-P1 inhibitörü (C19H13N5O5) CHARMM uyumlu Kuvvet Alanı parametrelerini ve daha sonra Moleküler Dinamik Simülasyonunu tanımlamaktır. Enzim inhibitör molekülü kısmen geniş bir yapıya sahip olduğundan, parametrizasyon işleminin sonucu olarak fiziksel bir sonuç elde etmek mümkün değildir, bu nedenle molekül iki küçük (kimyasal olarak dengesiz) partiküllere ayrılır. Her iki molekülde de aynı prosedür tekrarlandı, başlangıç aşamasında moleküler geometri MP2 / 3-21G * seviyesine optimize edildi. Bu bölümlerde HF / 3-21G * SP enerjisi optimize edilmiş optimizasyon geometrisi kullanılarak hesaplanmış ve molekül ve su molekülü ile etkileşime girebilen kısım hesaplanmış ve daha sonra optimal kısmi yük konfigürasyonu QM / MM fit işlemi ile hesaplanmıştır. Son olarak, bağ ve dihedral terimleri hesaplandı ve CHARMM uyumlu bir Kuvvet Alanı geliştirildi. Oluşturulan Kuvvet Alanının validasyonu Moleküler Dinamik simülasyonu ile elde edildi. Elde edilen kuvvet alanları parametreleri MD simülasyonunda uygulandı. Simülasyon sonuçlarından molekülün stabil olduğu ve RMSD değerinin kabul edilebilir (
Özet (Çeviri)
With the costly drug development process and the development of computer technology, computer aided drug design has become popular in drug development. Molecular modeling plays a major role in the computer aided drug design process. Current Force Fields (CHARMM, AMBER, GROMACS, etc.) do not have parameter files containing information on the physical properties of newly developed / developing drug candidates, so it is not possible for newly developed drug candidates to perform computer based Molecular Dynamics simulation. The main objective of this work is to identify the novel GST-P1 inhibitor (C19H13N5O5) CHARMM compatible Force Field parameters, and then Molecular Dynamics Simulation to explore potential for a new drug. Since the enzyme inhibitor molecule has a large structure in part, it is not possible to obtain a physical result as a result of the parametrization process, so the molecule is divided into two small (chemically unbalanced) particles. The same procedure was repeated in both molecules, at the initial stage the molecular geometry was optimized to the MP2 / 3-21G * level. HF / 3-21G * SP energy is calculated in these parts by using optimized optimizing geometry and the part that can interact with the molecule and water molecule is calculated and then the optimal partial load configuration is calculated by means of QM / MM fit process. Finally, the bond and dihedral terms were calculated and a CHARMM compatible. Force Field was developed. The validation of the generated Force Field is achieved by Molecular Dynamics simulation. According to the acceptable RMSD value (
Benzer Tezler
- Duygusal algı bağlamında grafik tasarım ürünlerinde tasarlama yaklaşımlarının incelenmesi
Investigation of design approaches in graphic design products in the relationship of emotional perception
BURÇAK SALMAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Güzel SanatlarÇukurova ÜniversitesiSanat ve Tasarım Ana Sanat Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ OYA TÜRE AYGÜN
- İşveren markası algısının örgütsel bağlılık ve çalışan performansına etkisi üzerine bir araştırma
The impact of employer branding on organizationalcommitment and job performance
YUNUS EMRE AYGÜL
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
İşletmeÇanakkale Onsekiz Mart Üniversitesiİşletme Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. UMUT EROĞLU
- Troia kültürünün takı tasarımında porselen malzemeyle yorumları
Reviev of the troia culture with porcelain material for jewelry design
NEVİN EFE
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Güzel SanatlarÇanakkale Onsekiz Mart ÜniversitesiSeramik ve Cam Ana Sanat Dalı
DOÇ. DR. MEHMET FATİH KARAGÜL
- Batılılaşma sürecinden günümüze Pera/Beyoğlu ilçesi; 480 ve 476 yapı adaları örneğinde bir koruma önerisi
The protection proposal of Pera/Beyoglu region from the westernization process to present - the case of 480 and 476 building blocks
BESTE SEDA AYDIN
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
Mimarlıkİstanbul Arel ÜniversitesiMimarlık Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ GÜLFERAH ÇORAPÇIOĞLU
- Doğal ve yapay yüzen adaların rekreasyon alanı olarak kullanım potansiyeli
Potential for use of natural and artificial floating islands as recreation areas
EMRE HAN