Geri Dön

Karaciğer hastalıklarında DNA diziliminin biyoenformatik hesaplamalarla irdelenmesi

Analyzing DNA sequence in liver diseases by using bioinformatic computations

PDF İndir

  1. Tez No: 543817
  2. Yazar: SALİHA ACAR
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. EYYÜP GÜLBANDILAR
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Biyoteknoloji, Genetik, Computer Engineering and Computer Science and Control, Biotechnology, Genetics
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2019
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Eskişehir Osmangazi Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 97

Özet

Ülkemizde en çok siroz zemininde oluşan karaciğer kanseri, dünyada en sık rastlanan ilk 5 kanser türü arasında ve aynı zamanda ölüme sebep olan kanserler içinde 3. sıradadır. Toplumda yaygın olarak görülmesinin yanı sıra en sık karşılaşılan türü olan Hepatosellüler Karsinoma (HCC) hastalarının organ nakli dışında hayatta kalma olasılıklarının çok düşük olması HCC hastalığının ortaya çıkması ve ilerlemesinde rol oynayan moleküler yapıların ve protein etkileşimlerinin belirlenmesi ve analizi için yapılan araştırmaların önemini arttırmıştır. Bu çalışmada, 10 HCC hastası ve 10 sağlıklı bireyin karaciğer doku örneklerinden elde edilen mikrodizi verileri ile 17 HCC hastası ve 20 sirozlu karaciğere sahip bireyden alınan toplam 37 doku örneğinden elde edilen mikrodizi verileri kullanılarak gen ifade değişimlerinin tespiti için Differentially Expressed Genes (DEGs) Analizi, ifadesi sağlıklı birey genlerine göre artmış ve azalmış genlerin hücresel bileşen, moleküler işlev ve biyolojik süreç bağlamında sınıflandırılması için Gene Ontology (GO) Analizi ve anahtar genlerin birbirleriyle olan etkileşimlerinin tayini için de Protein-Protein Interaction (PPI) Network Analizi yapılmıştır. Yapılan biyoenformatik analizler sonucunda önemli karaciğer hastalıklarının oluşumu ve gelişiminde anahtar rol oynadığı tespit edilen 12 genin ifade seviyelerinde sağlıklı birey genlerine göre anlamlı değişim olduğu görülmüştür. Bu durum; hücre bölünmesi, proteoliz, nükleer bölünme, DNA hasar yanıtı ve lipid metabolizması regülasyonu gibi süreçlerde görevli olan bu genlerin kodladığı proteinlerin işlevlerini yerine getirmelerinin zorlaştığını göstermektedir.

Özet (Çeviri)

Liver cancer that appeared on cirrhosis level in our country, is among the top five most common cancer types in the world and also it is the third in the cancers causing death. In addition to being widely seen in society, because of its the most common type Hepatocellular Carcinoma (HCC) patients have very low survival probabilities except for organ transplant, importance of researches conducted to determination and analysis of molecular structures and protein interactions involved in the initiation and progression of HCC, has increased. In this study; differentially expressed genes were analyzed to determine rates of the gene expressions, using microarray data obtained from 10 HCC patients' with 10 normal individuals' liver tissue samples and 17 HCC patients' with 20 cirrhosis patients' liver tissue samples. Then, Gene Ontology (GO) Analysis was performed to classify the genes those' expressions have increased or have decreased compared to normal individual's genes in context of cellular component, biological process and molecular function. Protein-protein interaction (PPI) network analysis was executed to determine interactions between the key genes. As a result of bioinformatics analysis done, meaningful changes at the level of expressions of the 12 genes which detected to play a key role in the initiation and progression of significant liver diseases. This situtation shows that it is becoming more difficult to fulfill the functions of the proteins encoded by these genes involved in processes such as cell division, proteolysis, nuclear division, DNA damage response and lipid metabolism regulation.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    661476

    Bayesian networks for omics data analysis in hepatocellular carcinoma single-cell sequencing

    Hepatosellüler karsinomun tekil hücre diziliminde omiklerin veri analizi için Bayes ağları

    MUNTADHER ZAHID JIHAD

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2021

    GenetikHacettepe Üniversitesi

    Biyoenformatik Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ İDİL YET

  2. Tez No

    851900

    Türkiye'de etçi piliçlerden izole edilen Fowl Aviadenovirusların moleküler epidemiyolojisin belirlenmesi

    Determination of molecular epidemiology of Fowl Aviadenoviruses isolated from broiler chickens in Turkey

    TANSU BIÇAKCIOĞLU

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    Veteriner HekimliğiAnkara Üniversitesi

    Mikrobiyoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. HAMİT KAAN MÜŞTAK

  3. Tez No

    339724

    Kudret Narı' nın (Momordica charantia) östrojen reseptörlerinden ESR1 ve ESR2 gen düzeyleri ile oksidatif DNA hasarı üzerindeki etkisi

    The effect of Bitter melon (Momordica charantia) on the gene levels of estrogene receptors ESR1 and ESR2 with on oxidative DNA damage

    HİKMET AKPINAR

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2013

    BiyokimyaMarmara Üniversitesi

    Biyokimya Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. RABİA OBA

    YRD. DOÇ. DR. ÖZGE ÇEVİK

  4. Tez No

    40066

    Hepatit B virüsü ile ilişkili kronik karaciğer hastalıklarında displazik değişiklikler ve hücre proliferasyonu. Hücre proliferasyonunun anti-PCNA ile gösterilmesi

    Başlık çevirisi yok

    FUNDA YILMAZ

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    1994

    PatolojiEge Üniversitesi

    Patoloji Ana Bilim Dalı

    PROF.DR. GÜL YÜCE

  5. Tez No

    108075

    Çocukluk çağı kronik karaciğer hastalıklarında serum karnitin ve lipit parametreleri

    Başlık çevirisi yok

    KAYA BAŞTÜRK

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2001

    Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıSağlık Bakanlığı

Geri Dön