Nanoyapı örnekleme yazılımlarında eniyilemeyi arttırma yolları
Ways to increase optimization in nanostructures modelling programs
- Tez No: 546517
- Danışmanlar: DOÇ. DR. HİKMET HAKAN GÜREL
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Fizik ve Fizik Mühendisliği, Physics and Physics Engineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2019
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Kocaeli Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bilişim Sistemleri Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 66
Özet
DFT (Yoğunluk Fonksiyonel Kuramı) ortaya çıktığından beri hesaplamalı nanobilim önemli hale gelmiştir. Bilgisayarlara dayalı sayısal hesaplamalar iki önemli konuya odaklanmıştır, bunlar hesaplama hassasiyeti ve hesaplama hızıdır. Bu çalışmada, açık kaynak kodlu PW (Düzlem dalga) tabanlı QE (Quantum Espresso) yazılımı ile AO (Atomik orbital) tabanlı Siesta yazılımı BP (Siyah Fosforen) ile Alanine molekülünün etkileşimini ilk kez gerçekleştirmiştir. Aynı zamanda literatürdeki verilerle karşılaştırmak adına Adenine ve Guanine moleküllerinin etkileşim enerjileri de hesaplanmıştır. Daha sonra, hesaplama zamanını inceleyerek yazılımlar ve/ya da yöntemler arasındaki farklılıkları ortaya çıkarmaya ve sonuçların doğruluğunu bozmadan hesaplama zamanını düşürmeye yönelik çalışmalar yapılmıştır. Yapılan güncel bu tez çalışmamız, derleyicilerin ve yazılımların yeni sürümlerinin çok daha iyi performans sağladığını ve aynı zamanda derleyicilere ait parametrelerin ve çekirdek sayılarının etkili kullanımın hesaplama zamanına önemli ölçüde bir etkisinin var olduğunu göstermiştir.
Özet (Çeviri)
Since DFT (Density Functional Theory) came to existence, the computational nano science has became significant. The numerical calculations based on computers have focused on two main subject, computational accuracy and computational speed. In this work, we have compared PW (Plane wave) based QE (Quantum Espresso) Code and AO (Atomic Orbitals) based Siesta Code, which are both Open-Source, by performing the calculations of BP (Black Phosphorene)-Alanine molecule for the first time. Also we have calculated the binding energies of Adenine and Guanine molecules on the phosphorene to compare with previous results in the literature. Next, we have explored the difference between the codes and/or methodologies by analyzing computational speed, making efforts to decrease the consumed computational time without compromising calculation accuracy. Our current this study shows that the newer version of the suitable compiler yields to very promising results and also effective use of the cores and flags of the compiler have also a great impact on the computational time.
Benzer Tezler
- Development of functional surfaces for electrochemical detection of thiols
Tiyollerin elektrokimyasal tayini için fonksiyonel yüzeylerin geliştirilmesi
MELİHA ÇUBUKCU
Doktora
İngilizce
2012
KimyaEge ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÜLKÜ ANIK
PROF. DR. FATMA NİL ERTAŞ
- Nanoyapı temelli elektrokimyasal DNA biyosensörlerin geliştirilmesi
Development of nanostructure based electrochemical DNA biosensors
SİNAN CEMGİL SULTAN
- Magnetik kuantum halkalarindaki yük taşıyıcıların enerji spektrumu
The energy spectrum of carriers in the magnetic quantum rings
ŞERİFE İŞLER
Yüksek Lisans
Türkçe
2007
Fizik ve Fizik MühendisliğiSüleyman Demirel ÜniversitesiFizik Ana Bilim Dalı
DOÇ.DR. EKREM ARTUNÇ
- Nanoyapı katkılı yapıştırıcıların ortam sıcaklığı ve termal çevrim altında kırılma davranışının incelenmesi
Investigation of fracture behavior of nanostructure added under ambient temperature and thermal cycling
BELİN KANAR
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
Makine MühendisliğiErzurum Teknik ÜniversitesiMakine Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SALİH AKPINAR
- Synthesize and characterization of ZnSe based type I and type II heterostructure nanostructures
ZnSe tabanlı tür I ve tür II heteroyapı nanokristallerin sentezi ve karakterizasyonu
NEGAR GHESHLAGHI
Doktora
İngilizce
2017
Fizik ve Fizik Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiNanobilim ve Nanomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HİLMİ ÜNLÜ