Farklı coğrafik bölgelere ait çok ilaca dirençli Mycobacterium tuberculosis izolatlarının karşılaştırmalı genom analizi
Comparative genome analysis of the multidrug resistant Mycobacterium tuberculosis isolates from different geographic regions
- Tez No: 550037
- Danışmanlar: DOÇ. DR. SEZER OKAY
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biyoteknoloji, Biology, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2019
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Çankırı Karatekin Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 86
Özet
Bu çalışmada, verem hastalığının etmeni olan Mycobacterium tuberculosis (MTB) bakterisinin çok ilaca dirençli suşlarının farklı coğrafik bölgelerden elde edilen izolatlarına ait genomlarının referans suş olan MTB H37rv genomu (Genbankası erişim numarası AL123456.3) ile karşılaştırıldı. Böylece, ilaç direncinde rol oynayan genomik değişimleri ve coğrafik bölgelere ait izolatlar arasındaki olası farklılıkları ortaya çıkarıldı. Arjantin izolatı olan MTB 410 (Genbankası erişim numarası CM007646) suşu ile Malezya izolatı olan PR10 suşunun (Genbankası erişim numarası CP010968) genomları üzerinde yapılan analizlerde, çoğunluğu lipit, karbonhidrat, protein ve nükleik asit ile enerji metabolizmalarına, oksidasyon-redüksiyon prosesine, transport (taşıma) işlevine ve membran yapılara ait olmakla birlikte fonksiyonu bilinmeyen proteinlerin de bulunduğu sırasıyla 435 ve 430 adet proteinde mutasyon tespit edildi. Her iki ÇİD suşta ortak olan mutasyona uğramış, lipit metabolizmasına ait 11, karbonhidrat metabolizmasına ait 6, protein metabolizmasına ait 8, nükleik asit metabolizmasına ait 16, oksidasyon-redüksiyon prosesine ait 6, enerji metabolizmasına ait 3, demir ve sülfür metabolizmasına ait 3, transport işlevi gören 10, ilaç ve ksenobiyotik metabolizmasına ait 1, virülansta görev alan 8, kofaktör metabolizmasına ait 2, sinyal iletiminde görev alan 4, membran yapılarda yer alan 3, hücre duvarıyla ilgili 1, sekonder metabolizmaya ait 4, metilasyon görevi olan 1 protein ve farklı yolaklarda görev alan 3 protein olmak üzere toplam 90 protein olduğu belirlendi. Sonuç olarak, muhtemel değişikliğe uğramış proteinlerin daha çok biyofilm oluşumu, DNA onarımı, replikasyon, transkripsiyon, translasyon mekanizmaları, oksijenli solunum, tip 7 sekresyon sistemi, iki bileşenli sinyal iletimi, poliketit sentezi, B vitamini biyosentezi, hücre duvarı, membran ve transport işlemleri ile ilgili olduğu belirlenmiştir.
Özet (Çeviri)
The aim of this study is to find out genomic alterations playing role in drug resistance and possible differences between isolates belonging to different geographic regions. For this, comparative genome analyses of multidrug resistant (MDR) Mycobacterium tuberculosis (MTB) isolates, causing the disease tuberculosis, from different geographical regions were performed using non-MDR H37Rv strain (Genbank accession number AL123456.3) as reference. The genome analyses of the strain 410 from Argentina (Genbank accession number CM007646) and the strain PR10 from Malaysia (Genbank accession number CP010968) revealed 435 and 430 proteins with putative mutations, respectively. Majority of the mutant proteins were included into lipid, carbohydrate, protein, nucleic acid, and energy metabolisms, oxidation-reduction process, transport and membrane structures as well as proteins with unknown function. The number of common proteins in both MDR strains was 90; 11 in lipid metabolism, 6 in carbohydrate metabolism, 8 in protein metabolism, 16 in nucleic acid metabolism, 6 in redox process, 3 in energy metabolism, 3 in iron and sulfur metabolism, 10 in transport function, 1 in drug and xenobiotic metabolism, 8 in virulence, 2 in cofactor metabolism, 4 in signal transduction, 3 in membrane and 1 in cell wall structures, and 3 in diverse pathways. Consequently, it was determined that the putative mutant proteins were mostly related with biofilm production, DNA repair, replication, transcription and translation mechanisms, aerobic respiration, type VII secretion system, two-component signal transduction, polyketide synthesis, vitamin B biosynthesis, cell wall, membrane and transport functions.
Benzer Tezler
- Cytomegalovırus enfeksiyonlarında genotip ve antiviral ilaç direncinin klinik ile ilişkisi
Clinical relationship of genotype and antiviral drug resistance in cytomegalovirus infections
GİZEM AKATMACI
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
Tıbbi BiyolojiAydın Adnan Menderes ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ GÜNEŞ ÖZÇOLPAN
- Development of chromatographic and molecular spectroscopic multivariate chemometric models for the geographical classification of olive oils
Zeytinyağlarının coğrafi sınıflandırılması için kromatografik ve moleküler spektroskopik çok değişkenli kemometrik modellerin geliştirilmesi
DENİZ ÇELİK
Yüksek Lisans
İngilizce
2013
Kimyaİzmir Yüksek Teknoloji EnstitüsüKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. DURMUŞ ÖZDEMİR
- Bazı ıhlamur (Tilia sp.) türlerinde farklı aşılama yöntemlerinin ve zamanının aşı tutma başarısına etkisi
The effect of different grafting methods and timing on graft success in some linden (Tilia sp.) species
RABİA PARMAKSIZOĞLU YAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
Ormancılık ve Orman MühendisliğiDüzce ÜniversitesiOrman Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ŞEMSETTİN KULAÇ
- Evaluation of biological activities ofMmelia azedarach species and its importance in phytotherapy
Melia azedarach türünün biyolojik aktivitelerinin değerlendirilmesi ve fitoterapideki önemi
KHAWLA ABDALLA MOHAMED ESWIEI
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
Eczacılık ve Farmakolojiİstanbul ÜniversitesiFarmakognozi Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ESRA EROĞLU ÖZKAN
- Bazı toprak özelliklerinin yersel değişimlerinin jeoistatistiksel yöntemler kullanılarak belirlenmesi
Determination of spatial variability of some soil properties by geostatistical methods
ESİN HATİPOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
ZiraatBursa Uludağ ÜniversitesiToprak Bilimi ve Bitki Besleme Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. GÖKHAN ÖZSOY