Development of a loop mediated isothermal amplification (LAMP) based detection platform for genetically modified organism (GMO) detection
Genetı̇ğı̇ değı̇ştı̇rı̇lmı̇ş organı̇zma (GDO) tespı̇tı̇ ı̇çı̇n ı̇lmı̇ğe dayalı ı̇zotermal çoğaltma (LAMP) tabanlı algılama platformu gelı̇ştı̇rı̇lmesı̇
- Tez No: 558713
- Danışmanlar: PROF. DR. HÜSEYİN AVNİ ÖKTEM, DOÇ. DR. REMZİYE YILMAZ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2019
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Genetiği değiştirilmiş organizmalar (GDO) Dünya genelinde yaygın olarak kullanılmaktadır. Tüm ülkelerin izin verilen GDO eventleri ve GDO miktarları ülkelerin mevzuatlarıyla belirlenmiş olup, her ülke için farklılık göstermektedir. Bu durum, GDO tespitine olan ihtiyacı ortaya çıkarmıştır. Bu çalışmada, yüksek hassasiyeti nedeniyle LAMP reaksiyonu GDO tespiti amacıyla kullanılmıştır. LAMP reaksiyonunda Bt11 mısır, GT73 Roundup Ready kanola ve transgenik Nicotiana tabacum kullanılmıştır ve LAMP reaksiyonuyla bu organizmalarda GDO'larda sıkça kullanılan 35S promotor ve F Figwort mosaic virus (FMV) gen sekansları tespit edilmiştir. LAMP reaksiyonu için optimal koşullar belirlenmiş ve bu koşullar kullanılarak LAMP reaksiyonunun hassasiyet ve özgünlük testleri yapılmıştır. 35S promotor sekansı için Bt11 mısır ve Nicotiana tabacum; FMV sekansı için GT73 Roundup Ready kanola hedef organizmalar olarak kullanılmıştır. Hydroxy naphthol blue boyası, agaroz jel (1.5%) elektroforeze ek olarak LAMP reaksiyonunun tespiti için kullanılmıştır. Hassasiyet testleri, kullanılan her iki sekans (35S promotor ve FMV) için de GDO tespitinin 1 çift sarmal DNA kopyasına kadar mümkün olduğunu göstermiştir. Özgünlük testi ise bu çalışmada kullanılan primerlerin yüksek derecede özgün olduklarını ve özgünlüklerinin, ortamdaki yabancı DNA varlığından etkilenmediğini göstermiştir. Hızlı DNA izolasyon yöntemleri de LAMP reaksiyonu ile test edilmiş ve DNA izolasyon aşamasının 5 dakika içerisinde tamamlanabileceği görülmüştür. Ayrıca, liyofilize LAMP reaksiyonu da test edilmiş ve bu reaksiyonla 35S promotor sekansı Bt11 mısırda başarıyla tespit edilmiştir.
Özet (Çeviri)
Genetically modified organisms (GMOs) are being widely used worldwide. Every country has a different legislation regarding the allowed events and GMO levels. This creates the great need for GMO detection. In this study, LAMP assay was used for GMO detection owing to its high sensitivity with the genetically modified organisms; Bt11 maize, GT73 Roundup Ready canola, and transgenic Nicotiana tabacum, targeting the sequences most commonly used in GMO constructions; 35S promoter and Figwort mosaic virus (FMV) sequences. Optimal conditions for the LAMP assay have been determined and with these conditions, sensitivity and specificity tests of the LAMP assays of 35S promoter were done using Bt11 maize and Nicotiana tabacum. The sensitivity and specificity tests of the LAMP assays of FMV were done using GT73 Roundup Ready canola. Hydroxy naphthol blue dye was used for monitoring of the LAMP products in addition to the agarose gel (1.5%) electrophoresis. The sensitivity tests showed that GMO detection was possible for as low as 1 double stranded genomic DNA copy for both 35S promoter and FMV sequences. The specificity tests showed that both of the primer sets (35S promoter and FMV) used in this study were highly specific and their specificity was not affected by the presence of a foreign DNA. Rapid DNA extraction techniques were also tested with the LAMP assay, and it was found that DNA extraction step could be finished as short as 5 minutes. Finally, lyophilized LAMP assay successfully detected 35S promoter sequence in Bt11 maize.
Benzer Tezler
- DEVELOPMENT OF LOOP-MEDIATED ISOTHERMAL AMPLIFICATION (LAMP) BASED BIOSENSOR SET FOR DETECTION OF GENETICALLY MODIFIED ORGANISMS (GMO) AND Escherichia coli (E. Coli)
GENETİĞİ DEĞİŞTİRİLMİŞ ORGANİZMALARIN (GDO) ve Escherichia coli BAKTERİSİNİN (E. Coli) TESPİTİ İÇİN İLMİĞE DAYALI İZOTERMAL ÇOĞALTMA (LAMP) TABANLI BİYOSENSÖR SETİ GELİŞTİRİLMESİ
DOĞUKAN KAYGUSUZ
Yüksek Lisans
İngilizce
2020
BiyoteknolojiSabancı ÜniversitesiMekatronik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MELTEM ELİTAŞ
DOÇ. DR. AYHAN BOZKURT
DR. ÖĞR. ÜYESİ ÖZGÜR GÜL
- Bitki hastalığı tespiti için ilmiğe dayalı izotermal çoğaltma yönteminin optimizasyonu
Optimization of loop mediated isothermal amplification assay for plant disease detection
HASAN SAĞCAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
Biyoteknolojiİstanbul ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NESLİHAN TURGUT KARA
- Development of a nucleic acid-based isothermal diagnostic test for border disease which causes losses in animal husbandry
Hayvancılıkta kayıplara neden olan border hastalığı için nükleik asit temelli izotermal tanı kiti geliştirme
SANEM AYAZ KÖK
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
Biyoteknolojiİzmir Yüksek Teknoloji EnstitüsüBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ HÜMEYRA TAŞKENT SEZGİN
DOÇ. DR. GÜLİSTAN MEŞE ÖZÇİVİCİ
- Hava örnekleme sistemi ile biyoaerosol tespiti için mikroakışkan tabanlı tanı sistemi geliştirilmesi
Development of a microfluidics-based diagnostic system for bioaerosol detection using an air sampling system
HÜLYA ERASLAN GÜLTEKİN
Doktora
Türkçe
2025
Biyomühendislikİstanbul Teknik ÜniversitesiMekatronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ALİ FUAT ERGENÇ
- Theileria annulata'nın tanısında serolojik (indirekt ELISA) ve moleküler (PZR, çoklu PZR ve lamp) yöntemlerin geliştirilmesi
Development of serological (indirect ELISA) and molecular (PCR, multiplex PCR and LAMP) techniques for the detection of Theileria annulata
HÜSEYİN BİLGİN BİLGİÇ
Doktora
Türkçe
2010
ParazitolojiAdnan Menderes ÜniversitesiParazitoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. TÜLİN KARAGENÇ