Development of a nucleic acid-based isothermal diagnostic test for border disease which causes losses in animal husbandry
Hayvancılıkta kayıplara neden olan border hastalığı için nükleik asit temelli izotermal tanı kiti geliştirme
- Tez No: 779866
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ HÜMEYRA TAŞKENT SEZGİN, DOÇ. DR. GÜLİSTAN MEŞE ÖZÇİVİCİ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü
- Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 97
Özet
Border (sınır) hastalığı, küçükbaş hayvanlarda görülen ve düşükler, ölü doğumlar ve persiste enfekte (PI) kuzuların doğumu ile ilişkilendirilen bir viral enfeksiyondur. Yakın temasla yüksek hızda bulaşan virüs (BDV), küçükbaş hayvancılık endüstrisi için büyük bir ekonomik tehdit oluşturmaktır. Bu nedenle, Dünya Hayvan Sağlığı Örgütü (OIE) tarafından bildirilmesi zorunlu hastalıklardan biri olarak görülmektedir. BDV'ye karşı bir tedavi veya aşı bulunmadığından, enfekte hayvanların erken teşhisi ve erken izolasyonu, hastalığın yayılmasını önlemenin tek yoludur. Bu sebeple, sahada BDV tanımlaması için kullanılabilecek hızlı ve ekonomik bir tanı testine ihtiyaç duyulmaktadır. Bu tez çalışması, BDV tespiti için bir nükleik asit bazlı bir izotermal amplifikasyon (LAMP) tekniği geliştirmeyi amaçlamıştır. LAMP, DNA iplikçiklerini ayırma kabiliyeti olan bir Bst DNA polimeraz ile sabit bir sıcaklıkta, 4-6 primer kullanılarak gerçekleştirilebilen bir yöntemdir. Bu tez çalışmasında dünyanın farklı bölgelerinden izole edilmiş BDV genomlarının çoklu sekans dizilimleri gerçekleştirildi ve genomun en çok korunan bölgesinin 5'UTR olduğu tespit edildi. Ardından, 5'UTR'yi hedeflemek için LAMP primer set 1, 2a ve 2b tasarlandı. Tasarlanan primer setleri sıcaklık, floresan boya konsantrasyonu, primer karışım konsantrasyonu, Mg2+ konsantrasyonu ve enzim konsantrasyonu açısından optimize edilmiştir. Optimum koşullar belirlendikten sonra her bir primer seti için gözlemlenebilme sınırı (LOD) belirlendi ve performansları karşılaştırıldı. Tüm primer setlerinin gözlemlenebilme sınırı 2 x104 kopya/μl olarak belirlendi. Primer set 1 ve 2b, primer set 2a'ya kıyasla daha yüksek duyarlılığa ve özgüllüğe sahip olması nedeniyle LAMP ile BDV tanımlaması için kullanılmaya uygun görüldü.
Özet (Çeviri)
Border disease is viral infection of ruminants, and it is associated with abortions, stillbirth, and birth of persistently infected (PI) lambs. It has a great potential to cause an outbreak and it is declared as one of the notifiable diseases of ruminants by World Organization for Animal Health (OIE). Border disease poses a threat against ruminant farming industry by causing major economic losses. Since there is no treatment or vaccine against border disease virus (BDV), early diagnosis and early isolation of infected animals is necessary. RT-qPCR is the gold-standard method for BDV identification, but it can only be applied by trained personnel in a laboratory with expensive instruments. There is a need for a point-of-care (POC) test, specifically designed for BDV. This thesis study aimed to develop a nucleic acid-based loop mediated isothermal amplification (LAMP) technique for BDV identification. LAMP is a nucleic acid identification technique that can be performed using 4-6 primers at a constant temperature with a Bst DNA polymerase. Firstly, multiple alignment of BDV sequences across the world was performed and most conserved region of genome was detected as 5'UTR. Then, three LAMP primer sets 1, 2a and 2b were designed to target 5'UTR. Designed primer sets were optimized in terms of temperature, fluorescent dye, primer mix, Mg2+ and enzyme concentration. After designation of optimum conditions, limit of detection (LOD) was determined for each primer set and their performances were compared. All primer sets have LOD equals to 2x104 copies/μl. Overall, primer set 1 and 2b has higher sensitivity and specificity compared to primer set 2a, therefore they are more suitable to be used for BDV identification with LAMP.
Benzer Tezler
- Development of a selection protocol for target nucleic acids based on nanoparticles
Nükleik asit hedeflerinde nanopartikul tabanlı seçim protokolü geliştirilmesi
AYŞE PINAR AKALIN
Doktora
İngilizce
2024
Biyoteknolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYTEN YAZGAN KARATAŞ
- Salmonella'nın lamp yöntemi ile tespiti için tanı prototipi geliştirilmesi ve bu prototipin tanısal değerinin araştırılması
Development of a diagnostic prototype for detection of salmonella by the lamp method and investigation of the diagnostic value of this prototype
GÜLNUR SERDAR
Doktora
Türkçe
2022
Veteriner HekimliğiOndokuz Mayıs ÜniversitesiMikrobiyoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
PROF. DR. OKTAY GENÇ
- Bitki hastalığı tespiti için ilmiğe dayalı izotermal çoğaltma yönteminin optimizasyonu
Optimization of loop mediated isothermal amplification assay for plant disease detection
HASAN SAĞCAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
Biyoteknolojiİstanbul ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NESLİHAN TURGUT KARA
- Tüberküloz teşhisi için kullanılmak üzere mikro ısıtıcı tasarlanması karakterizasyonu ve üretimi
Microheater design production and characterisation for using in tuberculosis detection
MUHAMMED BEKİN
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
Biyomühendislikİstanbul Teknik ÜniversitesiMakine Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. LEVENT TRABZON
- Development of nucleic acid based lateral flow immunochromatic test platform for Salmonella detection
Salmonella tanısı için nükleik asit tabanlı yatay akış immünokromatografik test platformunun geliştirilmesi
ONUR BULUT
Yüksek Lisans
İngilizce
2014
BiyoteknolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HÜSEYİN AVNİ ÖKTEM