Development of nucleic acid coated nanoparticle based lateral flow assay for E. Coli detection
E. Coli tanısı için nükleik asit kaplanmış silika nanoparçacık tabanlı yatay akış testinin geliştirilmesi
- Tez No: 558718
- Danışmanlar: PROF. DR. HÜSEYİN AVNİ ÖKTEM, DOÇ. DR. MAHMUT DENİZ YILMAZ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2019
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 117
Özet
Gıda kaynaklı hastalıklar, insanlığın başlangıcından beri tüm toplumlar için ciddi bir problem oluşturmaktadır. Dünya Sağlık Örgütü'ne göre her yıl binlerce insan gıda kaynaklı hastalıklardan (FBD) muzdariptir. Bu hastalıklar, sık görülmeleri ve maliyetleri nedeniyle toplumu olumsuz etkler. Hem gelişmekte olan hem de gelişmiş ülkeler gıda kaynaklı büyük salgınlardan etkilenebilir. Çoğu E.coli suşu konak mikrobiyotası için faydalı olsa da, bazı serotipler konaklarında ciddi gıda zehirlenmesine neden olabilir. O157: H7, E.coli'nin en virülent soylarından biridir ve E.coli O17:H7 nin hızlı tespiti, gıda güvenliğini artırmak ve küresel salgınları en aza indirmek için önemli bir adımdır. Son zamanlarda, nanoparçacık tabanlı biyosensörler, çabukluk, kolaylık, duyarlılık ve özgüllükleri nedeniyle bilim insanlarının dikkatini çekmektedir. Yükün kontrollü bir şekilde tahliye edilmesini amaçlayan hedeflerden oluşan sistemin popülaritesi son birkaç yılda önemi ölçüde artmıştır. Bu çalışmada eaeA genini saptayabilen prob ile kaplı özgün bir sistem incelenmektedir. Hedef varlığında, kargo nanoparçacıkların gözeneklerinden seçici bir şekilde iletilir. Bu çalışmada, E.coli O157:H7'de bulunan eaeA geninden tasarlanan hedef oligonükleotidi tespit etmek için hibridizasyon amaçlanmıştır. hedefi için mükemmel uyumu olan tek sarmallı prob oligonükleotidi, 3,3 ', 5,5'-Tetrametilbenzidin (TMB) yüklü silika nanopartikülleri kaplamak için kullanıldı. Prob ve hedef arasındaki hibridizasyonun bir sonucu olarak, TMB ortama salınmış ve HRP-H202 tarafından oksitlenmiştir. LFA üzerinde uygun kolorimetrik reaksiyonun elde edilmesi için optimizasyon deneyleri yapılmıştır. Sonuç olarak, hedef konsantrasyon 7.5 μM olana kadar, hedef tümleyici problar tarafından selektif olarak algılanabilir
Özet (Çeviri)
Foodborne diseases have been a serious issue for all societies since the beginning of humanity. Thousands of people suffer from foodborne diseases (FBD) every year according to WHO. These diseases are important due to their high frequency and the expenditures that they affect community negatively. Both developing and developed countries can be affected from large outbreaks of FBD. Although most strains of Escherichia coli are beneficial for host microbiota, some serotypes can lead to serious foodborne illnesses in their host. O157:H7 is one of the most virulent strains of E.coli and fast detection of E.coli O17:H7 is a fundamental aim to help raise the food safety and diminish outbreaks globally. Recently, nanoparticle based biosensors have drawn attention of scientists because of their quickness, easiness, sensitivity and specificity. The popularity of system composed of target aiming controlled release of cargo has dramatically increased over the past few years. In this study, a novel Probe-gated system was assessed for the detection of eaeA target gene. In the presence of target, cargo is delivered selectively from the pores of nanoparticles. In this study, hybridization was triggered to detect target oligonucleotide designed from eaeA gene which is found in E.coli O17:H7. Single stranded probe oligonucleotide with perfect matching for eaeA target was used to cap 3,3',5,5'-Tetramethylbenzidine (TMB) loaded silica nanoparticles. As a result of hybridization between probe and target, horseradish peroxidase (HRP) and hydrogen peroxide (H2O2) can oxidize TMB which was liberated. Optimization studies were done in order to obtain proper colorimetric reaction on LFA. Therefore, target concentration could be selectively sensed by probes until it was 7.5 μM.
Benzer Tezler
- Development of nucleic acid coated nanoparticle based lateral flow assay for Salmonella detection
Salmonella tanısı için nükleik asit kaplanmış silika nanoparçacık tabanl yatay akış testinin geliştirlmesi
MÜSLÜM KAAN ARICI
Yüksek Lisans
İngilizce
2017
BiyoteknolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYŞE MERAL YÜCEL
PROF. DR. HÜSEYİN AVNİ ÖKTEM
- Moleküler mikrobiyolojik tanı testlerinde kullanım için kağıt bazlı hızlı nükleik asit izolasyon yönteminin geliştirilmesi ve validasyonu
Development and validation of paper based rapid nucleic acidisolation method for use in molecular microbiologicaldiagnostic tests
ESRANUR TÜRK
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
Mikrobiyolojiİstanbul Üniversitesi-CerrahpaşaTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MERT AHMET KUŞKUCU
- Tüberküloz teşhisi için kullanılmak üzere mikro ısıtıcı tasarlanması karakterizasyonu ve üretimi
Microheater design production and characterisation for using in tuberculosis detection
MUHAMMED BEKİN
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
Biyomühendislikİstanbul Teknik ÜniversitesiMakine Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. LEVENT TRABZON
- Development of sandwich type nucleic acid array platform for the detection of microRNAs in breast cancer
Meme kanseri tespiti için sandviç tabanlı nükleik asit dizi platformunun geliştirilmesi
SEREN ATILGAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2014
Bilim ve TeknolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HÜSEYİN AVNİ ÖKTEM
- Development of a sandwich-type dna array platform for the detection of label-free oligonucleotide targets
İşaretsiz hedef oligonükleotidlerin tayini için sandviç tabanlı DNA dizi platformunun geliştirilmesi
SENA CANSIZ
Yüksek Lisans
İngilizce
2010
BiyoteknolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoteknoloji Bölümü
PROF. DR. HÜSEYİN AVNİ ÖKTEM
YRD. DOÇ. DR. CAN ÖZEN