Geri Dön

Development of nucleic acid coated nanoparticle based lateral flow assay for E. Coli detection

E. Coli tanısı için nükleik asit kaplanmış silika nanoparçacık tabanlı yatay akış testinin geliştirilmesi

  1. Tez No: 558718
  2. Yazar: DOĞA BİNGÖL
  3. Danışmanlar: PROF. DR. HÜSEYİN AVNİ ÖKTEM, DOÇ. DR. MAHMUT DENİZ YILMAZ
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2019
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 117

Özet

Gıda kaynaklı hastalıklar, insanlığın başlangıcından beri tüm toplumlar için ciddi bir problem oluşturmaktadır. Dünya Sağlık Örgütü'ne göre her yıl binlerce insan gıda kaynaklı hastalıklardan (FBD) muzdariptir. Bu hastalıklar, sık görülmeleri ve maliyetleri nedeniyle toplumu olumsuz etkler. Hem gelişmekte olan hem de gelişmiş ülkeler gıda kaynaklı büyük salgınlardan etkilenebilir. Çoğu E.coli suşu konak mikrobiyotası için faydalı olsa da, bazı serotipler konaklarında ciddi gıda zehirlenmesine neden olabilir. O157: H7, E.coli'nin en virülent soylarından biridir ve E.coli O17:H7 nin hızlı tespiti, gıda güvenliğini artırmak ve küresel salgınları en aza indirmek için önemli bir adımdır. Son zamanlarda, nanoparçacık tabanlı biyosensörler, çabukluk, kolaylık, duyarlılık ve özgüllükleri nedeniyle bilim insanlarının dikkatini çekmektedir. Yükün kontrollü bir şekilde tahliye edilmesini amaçlayan hedeflerden oluşan sistemin popülaritesi son birkaç yılda önemi ölçüde artmıştır. Bu çalışmada eaeA genini saptayabilen prob ile kaplı özgün bir sistem incelenmektedir. Hedef varlığında, kargo nanoparçacıkların gözeneklerinden seçici bir şekilde iletilir. Bu çalışmada, E.coli O157:H7'de bulunan eaeA geninden tasarlanan hedef oligonükleotidi tespit etmek için hibridizasyon amaçlanmıştır. hedefi için mükemmel uyumu olan tek sarmallı prob oligonükleotidi, 3,3 ', 5,5'-Tetrametilbenzidin (TMB) yüklü silika nanopartikülleri kaplamak için kullanıldı. Prob ve hedef arasındaki hibridizasyonun bir sonucu olarak, TMB ortama salınmış ve HRP-H202 tarafından oksitlenmiştir. LFA üzerinde uygun kolorimetrik reaksiyonun elde edilmesi için optimizasyon deneyleri yapılmıştır. Sonuç olarak, hedef konsantrasyon 7.5 μM olana kadar, hedef tümleyici problar tarafından selektif olarak algılanabilir

Özet (Çeviri)

Foodborne diseases have been a serious issue for all societies since the beginning of humanity. Thousands of people suffer from foodborne diseases (FBD) every year according to WHO. These diseases are important due to their high frequency and the expenditures that they affect community negatively. Both developing and developed countries can be affected from large outbreaks of FBD. Although most strains of Escherichia coli are beneficial for host microbiota, some serotypes can lead to serious foodborne illnesses in their host. O157:H7 is one of the most virulent strains of E.coli and fast detection of E.coli O17:H7 is a fundamental aim to help raise the food safety and diminish outbreaks globally. Recently, nanoparticle based biosensors have drawn attention of scientists because of their quickness, easiness, sensitivity and specificity. The popularity of system composed of target aiming controlled release of cargo has dramatically increased over the past few years. In this study, a novel Probe-gated system was assessed for the detection of eaeA target gene. In the presence of target, cargo is delivered selectively from the pores of nanoparticles. In this study, hybridization was triggered to detect target oligonucleotide designed from eaeA gene which is found in E.coli O17:H7. Single stranded probe oligonucleotide with perfect matching for eaeA target was used to cap 3,3',5,5'-Tetramethylbenzidine (TMB) loaded silica nanoparticles. As a result of hybridization between probe and target, horseradish peroxidase (HRP) and hydrogen peroxide (H2O2) can oxidize TMB which was liberated. Optimization studies were done in order to obtain proper colorimetric reaction on LFA. Therefore, target concentration could be selectively sensed by probes until it was 7.5 μM.

Benzer Tezler

  1. Development of nucleic acid coated nanoparticle based lateral flow assay for Salmonella detection

    Salmonella tanısı için nükleik asit kaplanmış silika nanoparçacık tabanl yatay akış testinin geliştirlmesi

    MÜSLÜM KAAN ARICI

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2017

    BiyoteknolojiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AYŞE MERAL YÜCEL

    PROF. DR. HÜSEYİN AVNİ ÖKTEM

  2. Moleküler mikrobiyolojik tanı testlerinde kullanım için kağıt bazlı hızlı nükleik asit izolasyon yönteminin geliştirilmesi ve validasyonu

    Development and validation of paper based rapid nucleic acidisolation method for use in molecular microbiologicaldiagnostic tests

    ESRANUR TÜRK

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    Mikrobiyolojiİstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. MERT AHMET KUŞKUCU

  3. Tüberküloz teşhisi için kullanılmak üzere mikro ısıtıcı tasarlanması karakterizasyonu ve üretimi

    Microheater design production and characterisation for using in tuberculosis detection

    MUHAMMED BEKİN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2017

    Biyomühendislikİstanbul Teknik Üniversitesi

    Makine Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. LEVENT TRABZON

  4. Development of sandwich type nucleic acid array platform for the detection of microRNAs in breast cancer

    Meme kanseri tespiti için sandviç tabanlı nükleik asit dizi platformunun geliştirilmesi

    SEREN ATILGAN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2014

    Bilim ve TeknolojiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HÜSEYİN AVNİ ÖKTEM

  5. Development of a sandwich-type dna array platform for the detection of label-free oligonucleotide targets

    İşaretsiz hedef oligonükleotidlerin tayini için sandviç tabanlı DNA dizi platformunun geliştirilmesi

    SENA CANSIZ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2010

    BiyoteknolojiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Biyoteknoloji Bölümü

    PROF. DR. HÜSEYİN AVNİ ÖKTEM

    YRD. DOÇ. DR. CAN ÖZEN