Geri Dön

Bazı oksim bileşiklerinin bağlanma özelliklerinin moleküler kenetlenme yöntemiyle incelenmesi

Investigation of binding properties of some oxime compoundsby molecular docking method

  1. Tez No: 560916
  2. Yazar: ÖMER AYSAN
  3. Danışmanlar: PROF. DR. BÜLENT DEDE
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Kimya, Chemistry
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2019
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Süleyman Demirel Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Kimya Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 84

Özet

Bu tez çalışmasında, biyolojik aktivite gösterme potansiyeli yüksek olan bazı oksim bileşiklerinin seçilmiş bazı proteinlerin aktif bölgesine bağlanma özellikleri moleküler kenetlenme (Doking) yöntemiyle incelenmiştir. Bu amaçla çalışılan tüm oksim ligand molekülleri, Yoğunluk Fonksiyonel Teorisi (DFT) yöntemiyle B3LYP fonksiyoneli ve 6-311G(d,p) temel seti kullanılarak Gaussian 09 programında optimize edilmiştir. Optimize edilen tüm moleküllerin bazı kuantum kimyasal parametreleri, moleküler elektrostatik potansiyel (MEP) diyagramları ve HOMO-LUMO orbitalleri de hesaplanmıştır. Ligand moleküllerinin seçilen proteinlerle moleküler kenetlenme yöntemiyle bağlantı çalışmaları, ligandların optimize edilmiş geometrileri kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Protein Data Bank'dan seçilen proteinlerin kristal yapıları *.pdb formatında temin edilmiş ve bu kristal yapıların optimize ligandlarla etkileşimi SwissDock web sunucusu kullanılarak incelenmiştir. Moleküler kenetlenme çalışmaları sonucu, ligand-protein bağlanma enerjileri, ligand-protein arasında oluşan hidrojen bağ bölgeleri ve sayısı tespit edilerek değerlendirilmiştir.

Özet (Çeviri)

In this thesis study, binding properties to the protein of some oxime compounds with high potential for biological activity were investigated by molecular docking. All oxime ligand molecules studied for this purpose were optimized by Gaussian 09 program using B3LYP function by Density Functional Theory (DFT) and 6-311G(d,p) basis set. Some quantum chemical parameters, molecular electrostatic potential (MEP) diagrams and HOMO-LUMO orbitals of all optimized molecules are also calculated. Binding studies of ligand molecules with molecular docking method by selected proteins were performed using optimized geometries of the ligands. The crystal structures of selected proteins were provided in * .pdb format from the Protein Data Bank and their interactions with optimized ligands were investigated using the SwissDock web server. As a result of the molecular docking studies, ligand-protein binding energies were determined by determining the number of hydrogen bond regions that could occur between the ligand-protein.

Benzer Tezler

  1. Controlled delivery of chalcone via biopolyester nanohybrid

    Biyopoliester nanohibrit ile kalkonun kontrollü salımı

    YASEMİN KAPTAN

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    Biyoteknolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. FATOŞ YÜKSEL GÜVENİLİR

  2. Synthesis and characterization of amide containing polybenzoxazines from bio-based compounds

    Biyo bazlı bileşiklerden amid içeren polibenzoksazinlerin sentezi ve karakterizasyonu

    EMİNE YILMAZ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2024

    Polimer Bilim ve Teknolojisiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. BARIŞ KIŞKAN

  3. Oksim grubu içeren potansiyel N4-tipi yeni Schiff bazı ligandlarının metal kompleksleri: Sentez, karakterizasyon ve DNA etkileşimleri

    Metal complexes of new potential n4-type Schiff base ligands bearing oxime groups: Synthesis, characterization and DNA interactions

    CANSU GÖKÇE TOPKAYA

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2017

    KimyaMuğla Sıtkı Koçman Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. RAMAZAN GÜP

  4. Coumarines as masked phenols for amide functional benzoxazines

    Amid fonksiyonlu benzoksazin sentezinde kumarinlerin kullanımı

    BÜŞRA GİZEM KAYA

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2018

    Kimyaİstanbul Teknik Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. BARIŞ KIŞKAN

  5. Bazı ABO3 tipi perovskite yapıdaki oksit kristallerin yapısal, mekanik, elektronik ve manyetik özelliklerinin yoğunluk fonksiyoneli teorisi ile incelenmesi

    The investigation of the structural, mechanical, electronic and magnetic properties of some oxide crystals in ABO3 type perovskite structure within the density functional theory

    AYTAÇ ERKİŞİ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    Fizik ve Fizik MühendisliğiKırıkkale Üniversitesi

    Fizik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ERDEM KAMİL YILDIRIM