Geri Dön

Zeytin UDP glukoz 4 epimeraz geninin moleküler karakterizasyonu

Molecular characterisation of olive UDP glucose 4 epimerase gene

PDF İndir

  1. Tez No: 561442
  2. Yazar: ÖZGÜN SALI ALPTEKİN
  3. Danışmanlar: PROF. DR. GÜLENDAM TÜMEN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2019
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Balıkesir Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 53

Özet

Zeytin (Olea europaea L.) yılın tüm zamanlarında yeşil yapraklı, yaklaşık 10 metreye kadar uzayabilen, çalı halli, sık dalları olan bir ağaçtır. Akdeniz iklimine sahip bölgelerde tarıma elverişli olması sebebiyle ülkemize ekonomik olarak fayda sağlamaktadır. Ayrıca sağlık sektöründeki kullanım alanlarının genişliğiyle de değerli bir ağaçtır. Daha önce Balıkesir Üniversitesi Biyoloji Bölümünde yapılan çalışmalar sonucu oluşuturulan Zeytin cDNA kütüphanesinden Yüksek Lisans tez çalışması kapsamında karakterize edilmek üzere cDNA dizisi seçilmiştir. Seçilen dizinin biyoinformatik analizleri ve moleküler karakterizasyonu yapılmıştır. gDNA dizisi ile yapılan analizlerde zeytin tahmini UDP Glukoz 4 Epimeraz dizisinin en çok Vitis vinifera bitkisine benzediği görülmiştür. Protein dizisi olarak karşılaştırma yapıldığında ise en çok Theobroma cacao bitkisiyle benzerlik gösterdiği görülmüştür. Gen Bankasından diğer bitkilere ait UDP Glukoz 4 Epimeraz cDNA dizileri ile oluşturulan filogenetik ağaçta ise en çok Solanum lycopersicum ve Solanum tuberosum ile benzerlik görülmüştür. Biyoinformatik çalışmalar kapsamında yapılan diğer araştırmalarda genin aminoasit içeriği, hidrofilik özelliği, nükleotit kompozisyonuna (BLAST, BioEdit, FinchTV, Primer3) bakılmıştır. Aminoasit kompozisyonunda en fazla Glisin aminoasitine rastlanmıştır. Genin polimorfizm çalışması UDP Glukoz 4 Epimeraz cDNA dizisi ve gen bankasından diğer bitkilere ait UDP Glukoz 4 Epimeraz cDNA dizileri ile karşılaştırılarak yapılmıştır. Gen ifadesi çalışmalarında cDNA dizisi pLATE51 vektörü kullanılarak E.coli (DH10B ve BL21) bakteri suşlarına transforme edilip, gen ekspresyonu IPTG ile indüklenme sonucu sağlanmıştır. Elde edilen protein Western Blot ile gözlenmiştir. Saflaştırma çalışmalarında ise afiniteye dayalı Ni-NTA Native saflaştıtrma method kullanılarak SDS-Page ile protein varlığı gözlenmiştir. Çalışmalar sonucunda tahmini zeytin UDP Glukoz 4 Epimeraz genin 348 aminoasit kodladığı, 38 kDA büyüklüğünde olduğu görülmüştür.

Özet (Çeviri)

Olive (Olea europaea L.) is a kind of tree which has intense branches and green leaves all year, can reach up to 10 meter long and forms a bushy state. As it is suitable for agriculture in regions with Mediterranean climate, it provides economic benefit to our country. It is also a valuable tree with its wide range of uses in the health sector. The cDNA sequence was selected from the Olive cDNA library, which was formed as a result of the studies carried out in the Department of Biology at Balıkesir University in order to be characterized within the scope of the master's thesis. Bioinformatics analysis and molecular characterization of the selected sequence was studied. The analysis of the gDNA sequence showed that olive predicted UDP Glucose 4 Epimerase sequence was most similar to Vitis vinifera plant. When the protein sequence was compared, it was seen that it was most similar to Theobroma cacao plant. In the phylogenetic tree generated by UDP Glucose 4 Epimerase cDNA sequences from other plants from Gen Bank, most similarities were observed with Solanum lycopersicum and Solanum tuberosum. In other studies conducted within the scope of bioinformatics studies, amino acid content, hydrophilic property, nucleotide composition (BLAST, BioEdit, FinchTV, Primer3) of the gene were examined. Glycine amino acid was the most common in the amino acid composition. The polymorphism study of the gene was carried out by comparing the UDP Glucose 4 Epimerase cDNA sequence with the UDP Glucose 4 Epimerase cDNA sequences from other gene banks. In gene expression studies, the cDNA sequence was transformed into E.coli (DH10B and BL21) bacterial strains using pLATE51 vector and gene expression was induced by IPTG. The resulting protein was monitored by Western Blot. In the purification studies, the presence of protein by SDS-Page was observed by using affinity-based Ni-NTA Native purification method. As a result of the studies, it was found that the estimated olive UDP Glucose 4 Epimerase gene encodes 348 amino acids and is 38 kDA in size.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    413390

    Trakya bölgesindeki zeytin ağaçlarında görülen abiyotik hastalıkların belirlenmesi ve bazı virüs hastalıklarının DAS-ELISA ile tanılanması

    Determinations of abiotic diseases on olive trees and identification of some virus diseases by DAS-ELISA in the Trakya region of Turkey

    ZEHRA VURANKAYA

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    ZiraatNamık Kemal Üniversitesi

    Bitki Koruma Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AHMET ÇITIR

  2. Tez No

    415361

    Zeytin posası (Pirina) üzerine metil viyoletin sulu çözeltiden adsorpsiyonu

    Adsorption of methl violet from aqueous solution onto olive cake (Pirina)

    MEHMET ÖNCEL

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    KimyaKilis 7 Aralık Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. BİLAL ACEMİOĞLU

  3. Tez No

    415389

    Treatment of olive mill effluent by immobilized nano-ZnO-Magnetite

    İmmobilize edilmiş nano-ZnO-Magnetit ile karasuyunun arıtılması

    MERVE BALABAN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2015

    Çevre MühendisliğiDokuz Eylül Üniversitesi

    Çevre Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. DELİA TERESA SPONZA

  4. Tez No

    417118

    Zeytin yaprağı (Olea europaea L.) ekstraktı'nın deneysel diyabette antidiyabetik, antioksidan, 8-OHdG ve koruyucu etkilerinin araştırılması

    An investigation of antidiabetic, antioxidant, 8-OHdG and protective effects of olive leaf (Olea europaea L.) extract on the experimental diabetes

    MEHMET ALİ TEMİZ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    BiyokimyaYüzüncü Yıl Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ATİLLA TEMUR

  5. Tez No

    419669

    Çocuklarda zeytin poleni duyarlılığı sıklığı ve zeytin poleni alerjisi saptanan hastaların alerjik hastalık kliniği ile duyarlılık ilişkisinin değerlendirilmesi

    Olea europaea pollen sensitization in childhood and its association with the allergic diseases

    OSMAN ŞİMŞEK

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    Aile HekimliğiSağlık Bakanlığı

    Aile Hekimliği Ana Bilim Dalı

    UZMAN FATİH ÇELMELİ

Geri Dön