Identification of bioactive and allergen proteins by in silico tools
Biyoaktif ve alerjen proteinlerin in silico araçlarla tanımlanması
- Tez No: 566159
- Danışmanlar: PROF. DR. LEVENT ÇAVAŞ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Allerji ve İmmünoloji, Biyokimya, Allergy and Immunology, Biochemistry
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2019
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Dokuz Eylül Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyokimya Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 115
Özet
İnternet bağlantılı veri tabanları ve onlarla birlikte kullanılan biyoinformatik analiz araçları (in silico) kullanılarak gıda bileşenlerinin alerjenitesi ile ilişkili biyoinformatik analizler yapılmaktadır. Alerjen proteinlerinin klasik laboratuvar teknolojisi kullanılarak tanımlanması zaman alıcı ve aynı zamanda maliyetli bir işlemdir. Son yıllarda, biyoinformatik alanındaki gelişim sayesinde, alerjen proteinlerini tahmin etmek artık mümkündür. Bu çalışmada biyoinformatik analiz araçları kullanılarak alerjen olduğu bilinen proteinlere benzer potansiyel alerjen proteinler araştırılmıştır. Sunulan tezde farklı bitkilerde bulunan ve alerjenitesi daha önce bilinmeyen potansiyel alerjen proteinlerin alerjik etkisini araştırmak için bilgisayar tabanlı, dört farklı karşılaştırma aracı kullanılmış olup potansiyel alerjenler farklı parametrelerde incelenmiştir. Çoklu sekans karşılaştırması için Clustal W, homoloji modelleme için SWİSS-MODEL, protein parametrelerini karşılaştırma için ProtParam ve alerjenite tahmini için AlgPred kullanılmıştır. Sonuçlarının ışığı altında yedi potansiyel alerjen Corchorus olitorius, Cucumis sativus, Capsicum chinense, Carica papaya, Morus notabilis, Theobroma cacao ve Jatropha curcas türlerinde tanımlanmıştır. Araştırılan potansiyel alerjen proteinler aynı zamanda BIOPEP aracılığıyla analiz edilmiştir. Sonuçlar göz önüne alındığında, farklı türlerde yedi protein potansiyel alerjenler olarak tanımlandı. Analiz sonunda potansiyel alerjen proteinlerde bulunan biyoaktif peptitler ve bu biyoaktif peptitlerin işlevleri açıklanmıştır. Potansiyel alerjen proteinlerin in silico hidrolizi sonucu yorumlanarak potansiyel alerjen proteinlerin alerjen olmayan formu elde edilmeye çalışılmıştır. Sonuç olarak, biyoinformatik alanında kapsamında geliştirilen in silico araçlar bilinmeyen alerjen proteinlerin tahmini için büyük bir katkı sağlayabilir. Analiz sonuçlarına dayanarak, doktorlar kiwellin proteinine alerjisi olan kişilerin kiwellin-benzeri proteinleri içeren meyveleri tüketmemesi için tavsiyede bulunabilirler.
Özet (Çeviri)
Bioinformatics tools (in silico tools) can be used to identify allergens from different sources and to find the compounds that are associated with food allergens. Identification of allergen proteins by using wet-lab technology is a time-consuming and also costly process. Thanks to the development in the field of bioinformatics, it is now possible to estimate the allergen proteins. In the present thesis, four different computer-based comparison tools were used to investigate the allergic effects of potential allergen proteins in different plants and previously unknown to be allergens. For multiple sequence alignment Clustal W, for homology modelling SWISS-MODEL, for comparison of protein parameters ProtParam and for allergen estimation AlgPred were used. In addition, BIOPEP tool is used for in silico hydrolysis. Considering the results, seven proteins Corchorus olitorius, Cucumis sativus, Capsicum chinense, Carica papaya, Morus notabilis, Theobroma cacao and Jatropha curcas were defined as potential allergens in different species. At the same time, potential allergen proteins were analysed by BIOPEP. At the end of the analysis, the bioactive peptides in the potential allergen proteins and their functions were explained. Non-allergenic forms of potential allergen proteins were tried to be obtained with the results of in silico hydrolysis. In conclusion, in silico tools developed under the field of bioinformatics can provide a big contribution to the estimation of unknown allergen proteins in different fruits. Based on the in silico results, physicians can suggest people who have allergenicity to kiwellin not to consume the fruits that contain kiwellin-like proteins.
Benzer Tezler
- Gracilaria dura makroalginden proteinlerin enzim destekli ekstraksiyonu, biyoaktif ve teknofonksiyonel özelliklerinin araştırılması ve sodyum dodesilsülfat poliakrilamid jel elektroforez ile tanımlama çalışmaları
Enzyme-assisted extraction of proteins from macroalgae Gracilaria dura, investigation of bioactive and technofunctional properties and identification of proteins by sodium dodecyl sulfate-polyacrylamide gel electrophoresis
AYŞEGÜL BOZDEMİR
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
Gıda MühendisliğiAksaray ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ AYSUN YÜCETEPE
- Lokal Streptomyces suşlarının antimikrobiyal ve antikanserojen özellikte biyoaktif metabolit üretim potansiyellerinin araştırılması
Investigation of antimicrobial and anticarcinogenic bioactive metabolite production potentials of local Streptomyces strains
GİZEM TERZİ
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
BiyoteknolojiOndokuz Mayıs ÜniversitesiTarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. ASLIHAN KURT KIZILDOĞAN
PROF. DR. ŞEVKİ ARSLAN
- Modeling optimal catalytic active sites for the Morita-Baylis-Hillman reaction
Morita-Baylis-Hillman reaksiyonu için optimal katalitik aktif bölgelerinin modellenmesi
TUĞÇE ÜTNİER
Yüksek Lisans
İngilizce
2017
KimyaYeditepe ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NİHAN ÇELEBİ ÖLÇÜM
- Beyaz dut (Morus alba L.) ve yapraklarından elde edilen protein ekstraktlarının ve fraksiyonlarının biyoaktif özelliklerinin (Ace-inhibisyon ve antioksidan aktiviteleri) belirlenmesi
Identification of bioactive properties (Ace-inhibition and antioxidant activities) of protein extracts and fractions from white mulberry (Morus alba L.) and leaves
FATMA TUBA PİRİNÇ
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
Gıda Mühendisliğiİnönü ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ DİDEM ŞAHİNGİL
- Yoğurttan biyoaktif peptit eldesi ve bu peptitlerin antimikrobiyel ve antioksidan aktivitelerinin belirlenmesi
Identification of bioactive peptides obtained from yogurt and determination of antimicrobial and antioxidant activity of these peptides
HATİCE ŞANLIDERE ALOĞLU
Doktora
Türkçe
2010
BiyoteknolojiSüleyman Demirel ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ZÜBEYDE ÖNER