Mycobacterıum tuberculosİs protein kinaz g'nin sinyal iletimindeki rolünün moleküler modelleme yaklaşımlarıyla araştırılması
Investigation of the role of Mycobacterium tuberculosis protein kinaz g in signal transduction by moleculer modelling approaches
- Tez No: 566305
- Danışmanlar: PROF. DR. NECMETTİN PİRİNÇÇİOĞLU
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Kimya, Chemistry
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2019
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Dicle Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 36
Özet
Mycobacterium Tuberculosis (Mtb)'nin neden olduğu tüberküloz hastalığı günümüzün en öldürücü hastalıklarından biridir. Dolayısıyla, bu bacteriye karşı ilaç tasarlamak stratejik bir hedeftir. Bu bacteri büyüme ve çoğalma gibi işlemlerinde sinyal iletim mekanizmasına başvurmakta olup bunun için başlıca 11 adet (A-K) okaryotik benzeri serin/treonin kinazlar kullanırlar. Bu kinazlarının rollerinin bilinmesi ve bunların hedef alınması önemli ilaç tasarım hedefleridir. Biz de bu çalışmada Mtb'sin sinyal iletiminde yer aldığı bilinen Protein Kinaz G (PknG)'nin bu sinyal iletimindeki rollünü bilgisayar destekli yaklaşımlarla araştırılmasını hedefledik. Bu kinazın mevuct x-ray yapısında eksik olan kısımlar model çalışmalarla tamamlandı ve ilgili treoninler fosforlanarak bunların proteinin konformasyonunda gösterdiği değişiklşikler gözlemlendi. Bu değişimlerin PknG'nin sübstratı olarak düşünülen glycogen accumulation regulator (GarA) ile yaptığı komplekslere etkisi araştırıldı. Sonuçlar PknG'nin fosforlandığı zaman anlamlı olarak konformasyonal değişikliğe uğradığını ve bunun GarA ile etkileşiminde önemli bir rol aldığını gösterdi. Bütün hesaplamalar AMBER (Assisted Model Building with Energy Refinement) paket programları kullanılarak yapılırken protein-protein etkileşimleri Z-DOCK vasıtasıyla yapıldı.
Özet (Çeviri)
Tuberculosis caused by Mycobacterium tuberculosis (Mtb) is one of the most lethal diseases. Therefore, it is a strategic goal to design drugs against this bacterium, which emploes 11 (A-K) eukaryotic-like ser/thr kinases in the signal transduction mechanism in the growth and proliferation processes. Knowing the roles of these kinases and targeting them are important drug design targets. In this study, we aimed to investigate the role of protein kinase G (PknG) in signal transduction by using computer assisted approaches. The missing part of the protein was completed by molecular modelling calculations. The corresponding threonines were phosphorylated and the effect of the phosphorylation on the conformation of the protein was observed by molecular dynamic calculations. The conformational changes in phsophorylated PknG were found to be very significant in its ability to bind to glycogen accumulation regulator (GarA). All calculations were performed by AMBER (Assisted Model Building with Energy Refinement) and protein-protien interactions were studied by Z-DOCK.
Benzer Tezler
- Mycobacterıum tuberculosis Protein Kinaz B'nin sinyal iletimindeki rolünün moleküler modelleme yaklaşımlarıyla araştırılması
Investigation of the role of Mycobacterium tuberculosis Protein Kinaz B in signal transduction by moleculer modelling approachesi
SAMET AY
- Mycobacterium tuberculosis Protein Kinaz K'nın sinyal iletimindeki rolünün moleküler modelleme yaklaşımlarıyla araştırılması
The investigation of the role of Protein Kinase K in signal transduction in Mycobacterium tuberculosis by molecular modelling approaches
ALEV ARSLANTÜRK BİNGÜL
- İnflamatuvar eklem hastalıklarında mycobacterium tuberculosis ve mycobacterium bovisin rolü
The role of mycobacterium tuberculosis and mycobacterium bovis in inflammatory joint diseases
EMEL SESLİ ÇETİN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2003
MikrobiyolojiAnkara ÜniversitesiMikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ.DR. A. MURAT AKSOY
- Mycobacterium tuberculosis ERP proteininin rekombinant olarak saflaştırılması ve bağışıklık yanıtın preklinik düzeyde incelenmesi
Purpose of Mycobacterium tuberculosis ERP protein as a recombinant and prevalence of an immunity response analysis
RUKİYE ÇETİN
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
BiyolojiÇankırı Karatekin ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SEZER OKAY
- Mycobacterium tuberculosis MMAA4 proteininin tütün bitkisinde üretilmesi
Production of Mycobacterium tuberculosis MMAA4 protein in tobacco plant
YAHYA MOUMINE ALI
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
BiyoteknolojiÇankırı Karatekin ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SEZER OKAY