Geri Dön

Epstein-Barr EBNA1 reseptörünün DNA bağlanma bölgesine moleküler yerleştirme ile yeni inhibitör geliştirilmesi

Development of new inhibitors for Epstein-Barr EBNA1 receptor DNA-binding domain by molecular docking

  1. Tez No: 571294
  2. Yazar: YUSUF ŞENSES
  3. Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ SELAMİ ERCAN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Eczacılık ve Farmakoloji, Kimya, Pharmacy and Pharmacology, Chemistry
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2019
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Batman Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Kimya Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 88

Özet

Herpesvirüs ailesine üye virüslerden biri olan Epstein-Barr virüsü (EBV) infeksiyöz mononükleaz, Burkitt lenfoması, Hodgkin lenfoması, nazofarinjiyel karsinoma ve gastrik karsinoma gibi hastalıklara yol açmaktadır. Epstein-Barr Nükleer Antijeni 1 (EBNA1) 641 amino asitten oluşan ve EBV tarafından kodlanan antijenlerden biridir. EBNA1 latent dönemde DNA replikasyonu, viral ve hücresel genlerin transkripsiyonu ve B-lenfositlerde önemli rol aldığından DNA ile etkileşiminin önlenmesi önemli bir ilaç geliştirme basamağı oluşturmaktadır. Bu çalışmada, ZINC15 ligand veritabanından 1600, literatürlerden seçilen 58 ve Schrodinger paket programında yer alan Breed programı ile tasarlanan 410 tane ligand, ilaç olma özellikleri bakımından filtrelere tabi tutularak, ilaç olma özelliği olan toplam 1635 ligand Autodock4 programı ile EBNA1 proteinin DNA bağlanma bölgesine yerleştirildi. Çalışma sonucunda tasarlanmış olan ligandlardan B288 kodlu ligandın en iyi skoru (-10.74 kcal/mol) elde ettiği belirlendi. Ligand-protein etkileşimleri incelendiğinde ligandların DNA bağlanma bölgesinde yer alan kalıntılarla önemli etkileşimlerde bulunduğu gözlendi.

Özet (Çeviri)

Epstein-Barr virus (EBV), a member of human herpesvirus, causes infectious mononucleosis, Burkitt's lymphoma, nasopharyngeal carcinoma, gastric carcinoma, and Hodgkin lymphomas. Epstein-Barr Nuclear Antigen 1 (EBNA1), one of antigens encoded by EBV, comprises of 641 amino acid residues. Among the latent infection EBNA1 acts in DNA replication, transcription of viral and cellular genes, and in immortilization of B-lymphocytes. These special roles of EBNA1 makes it an important drug target. In this study, we create a ligand set consit of totally 2068 ligands. 58 ligands were selected from literatures, while 1600 ligands downloaded from ZINC15 ligand database and 410 ligands designed by Breed, a software included in Schrodinger sowtware suite. Autodock4 docking software was used for molecular docking process. By filtering ligands according to their druggabilities totally 1635 ligands succesfully docked to EBNA1 crystal structure. Analyzes of docking results showed that B288 is the best scored ligand for DNA binding site of EBNA1. Totally 6 ligands scored less than -10.00 kcal/mol, where four of them were designed by Breed and 2 of them were from ZINC15 ligand database. It also has determined that residues located in DNA binding sites were involved in interactions with ligands.

Benzer Tezler

  1. Epstein barr virüs rekombinant proteinleri EBNA1 ve LMP1'in INS1-E (832/13) beta hücre kültüründe endoplasmik retikulum (ER) stres markırları, apoptoz ve hücre proliferasyonu üzerine etkisi

    Epstein barr virus EBNA1 and LMP1 recombinant proteins effect on the endoplasmic reticulum (ER) stress markers, apoptosis and proliferation in the INS1-E (832/13) beta cell culture

    MERVE ŞEN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    MikrobiyolojiAfyon Kocatepe Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MUSTAFA ALTINDİŞ

  2. Epstein-barr virüs (EBV) genomunun periferik kandan PCR ve real-tıme PCR ile gösterilmesi ve tiplendirilmesi

    Epstein-barr virus (EBV)genom typing detecting with real time PCR at the peripheral blood mono-nuclear cells of children with malignant disease

    DENİZ TAMER

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2006

    BiyolojiAnkara Üniversitesi

    Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF.DR. NEJAT AKAR

  3. Epsteın-barr vırüs infeksiyonunun tanısında indirekt immünoflöresan ve ELISA tanı metodlarının karsılastırılması

    Comparative evaluation of indirect immunofluorescence assay and ELISA diagnostic techniques for the diagnosis of epstein-barr virus infection

    BAHADIR FEYZİOĞLU

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2008

    MikrobiyolojiSelçuk Üniversitesi

    Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MAHMUT BAYKAN

  4. Epstein barr virüs enfeksiyonunun tanısında moleküler ve serolojik göstergelerin yeri

    The location of the molecular and serological markers in diagnosis of the epstein barr virus infection

    FAİSAL MOHSİN QADDO QADDO

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2013

    MikrobiyolojiGazi Üniversitesi

    Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SEYYAL ROTA