Epstein-Barr EBNA1 reseptörünün DNA bağlanma bölgesine moleküler yerleştirme ile yeni inhibitör geliştirilmesi
Development of new inhibitors for Epstein-Barr EBNA1 receptor DNA-binding domain by molecular docking
- Tez No: 571294
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ SELAMİ ERCAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Eczacılık ve Farmakoloji, Kimya, Pharmacy and Pharmacology, Chemistry
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2019
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Batman Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 88
Özet
Herpesvirüs ailesine üye virüslerden biri olan Epstein-Barr virüsü (EBV) infeksiyöz mononükleaz, Burkitt lenfoması, Hodgkin lenfoması, nazofarinjiyel karsinoma ve gastrik karsinoma gibi hastalıklara yol açmaktadır. Epstein-Barr Nükleer Antijeni 1 (EBNA1) 641 amino asitten oluşan ve EBV tarafından kodlanan antijenlerden biridir. EBNA1 latent dönemde DNA replikasyonu, viral ve hücresel genlerin transkripsiyonu ve B-lenfositlerde önemli rol aldığından DNA ile etkileşiminin önlenmesi önemli bir ilaç geliştirme basamağı oluşturmaktadır. Bu çalışmada, ZINC15 ligand veritabanından 1600, literatürlerden seçilen 58 ve Schrodinger paket programında yer alan Breed programı ile tasarlanan 410 tane ligand, ilaç olma özellikleri bakımından filtrelere tabi tutularak, ilaç olma özelliği olan toplam 1635 ligand Autodock4 programı ile EBNA1 proteinin DNA bağlanma bölgesine yerleştirildi. Çalışma sonucunda tasarlanmış olan ligandlardan B288 kodlu ligandın en iyi skoru (-10.74 kcal/mol) elde ettiği belirlendi. Ligand-protein etkileşimleri incelendiğinde ligandların DNA bağlanma bölgesinde yer alan kalıntılarla önemli etkileşimlerde bulunduğu gözlendi.
Özet (Çeviri)
Epstein-Barr virus (EBV), a member of human herpesvirus, causes infectious mononucleosis, Burkitt's lymphoma, nasopharyngeal carcinoma, gastric carcinoma, and Hodgkin lymphomas. Epstein-Barr Nuclear Antigen 1 (EBNA1), one of antigens encoded by EBV, comprises of 641 amino acid residues. Among the latent infection EBNA1 acts in DNA replication, transcription of viral and cellular genes, and in immortilization of B-lymphocytes. These special roles of EBNA1 makes it an important drug target. In this study, we create a ligand set consit of totally 2068 ligands. 58 ligands were selected from literatures, while 1600 ligands downloaded from ZINC15 ligand database and 410 ligands designed by Breed, a software included in Schrodinger sowtware suite. Autodock4 docking software was used for molecular docking process. By filtering ligands according to their druggabilities totally 1635 ligands succesfully docked to EBNA1 crystal structure. Analyzes of docking results showed that B288 is the best scored ligand for DNA binding site of EBNA1. Totally 6 ligands scored less than -10.00 kcal/mol, where four of them were designed by Breed and 2 of them were from ZINC15 ligand database. It also has determined that residues located in DNA binding sites were involved in interactions with ligands.
Benzer Tezler
- Epstein barr virüs rekombinant proteinleri EBNA1 ve LMP1'in INS1-E (832/13) beta hücre kültüründe endoplasmik retikulum (ER) stres markırları, apoptoz ve hücre proliferasyonu üzerine etkisi
Epstein barr virus EBNA1 and LMP1 recombinant proteins effect on the endoplasmic reticulum (ER) stress markers, apoptosis and proliferation in the INS1-E (832/13) beta cell culture
MERVE ŞEN
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
MikrobiyolojiAfyon Kocatepe ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA ALTINDİŞ
- Epstein-barr virüs (EBV) genomunun periferik kandan PCR ve real-tıme PCR ile gösterilmesi ve tiplendirilmesi
Epstein-barr virus (EBV)genom typing detecting with real time PCR at the peripheral blood mono-nuclear cells of children with malignant disease
DENİZ TAMER
Yüksek Lisans
Türkçe
2006
BiyolojiAnkara ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF.DR. NEJAT AKAR
- Epsteın-barr vırüs infeksiyonunun tanısında indirekt immünoflöresan ve ELISA tanı metodlarının karsılastırılması
Comparative evaluation of indirect immunofluorescence assay and ELISA diagnostic techniques for the diagnosis of epstein-barr virus infection
BAHADIR FEYZİOĞLU
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2008
MikrobiyolojiSelçuk ÜniversitesiMikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MAHMUT BAYKAN
- Çeşitli lenfomalı hastalarda epstein-barr virüsü çekirdek antijenlerinin (EBNA) anti-kompleman immünfloresans tekniği (ACIF) ile araştırılması
Başlık çevirisi yok
MELTEM ARIKAN
Yüksek Lisans
Türkçe
1985
OnkolojiHacettepe ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ALTAN GÜNALP
- Epstein barr virüs enfeksiyonunun tanısında moleküler ve serolojik göstergelerin yeri
The location of the molecular and serological markers in diagnosis of the epstein barr virus infection
FAİSAL MOHSİN QADDO QADDO
Yüksek Lisans
Türkçe
2013
MikrobiyolojiGazi ÜniversitesiMikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SEYYAL ROTA