Investigation of chromatinchromatin interaction of glioma risk locus at 8q24.21 by chromosome conformation capture techniquesand effects of idh mutations
Kromozom konformasyonu yakalama teknikleriyle 8q24.21 bölgesindeki glioma risk-lokus alanlarının kromatin-kromatin etkileşimlerinin belirlenmesi ve İDH mutasyonunun etkisinin araştırılması
- Tez No: 576767
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ YAVUZ OKTAY
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2019
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Dokuz Eylül Üniversitesi
- Enstitü: İzmir Uluslararası Biyotıp ve Genom Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 83
Özet
Beyin tümörleri zayıf teşhisi olan ve her yıl dünyada binlerce insanın ölümüne neden olan vakalardır. Beyin tümörleri arasında en yaygın olarak görülenler gliomalardır. Bugüne kadar, gliomalarla ilişkilendirilen pek çok mutasyon olmasına ragmen IDH (İzositrat Dehidrojenaz) mutasyonları“sürücü mutasyon”olarak tanımlanmış ve vakaların yaklaşık yüzde 80 inde görülmektedir. Yapılan çalışmalarla gliomalarla ilişkilendirilen mutasyonların sayısı gün geçtikçe artmıştır. GWAS (Genom Boyu İlişkilendirme Çalışmaları) ile önemli risk lokusları tanımlanarak hastalığın tanısı için önemli adımlar atılmıştır. Bu projenin amacı GWAS çalışmalarında tanımlanan 8q24.21 risk bölgesinde konumlanan ve en güçlü yatkınlık aleli olarak gösterilen tek nükleotit varyantı (SNP) rs55705857 G alelinin moleküler seviyedeki etki mekanizmasını anlamak ve IDH1-R132H mutasyonuyla olan ilişkisini ortaya koymaktır.Bu amaçla, IDH1-R132H mutasyonu içeren ve içermeyen ölümsüzleştirlmiş insan astrosit hücrelerinde (IHA) kromozom konformasyonu yakalama yöntemleriyle, risk aleliyle olan etkileşimler belirlenerek gliomagenez sürecini tetikleyen aday etkileşimler belirlenmiştir. Ayrıca, risk aleli genom düzenleme yöntemi ile uyarılabilen pluripotent kök hücrelerde oluşturulmuş ve MYC ifadesinde artış gözlenmiştir. Ek olarak, MYC ifadesi 2-HG (2- hidroksiglutarat, IDH-R132H ın onkometaboliti olarak bilinmekte, ile muamele edilen R132H mutasyonu içeren ölümsüzleştirilmiş insan astosit hücrelerinde de görülmüştür. Elde ettiğimiz sonuçlar, rs55705857'nin uzak mesafeli kromatin-kromatin etkileşimleri sayesinde MYC geninin ifadesini düzenlediğini göstermiştir. IDH1- R132H mutasyonu/ 2-hidroksiglutarata (2- HG) bağlı MYC ifadesinin artması, 8q24 ilişkili gliom riskinin IDH-mutant tümörlere özgü olmasını açıklayabilir. Sonuç olarak, glioma yatkınlığının mekanizmasının anlaşılması, tümör oluşumunun erken evrelerine ışık tutar. Bulunan yeni etkileşimler de hastalığın tedavi ve tanısında yeni olanaklar sağlayabilecektir.
Özet (Çeviri)
Brain tumors are poorly diagnosed and cause to death of thousands of people around the world every year. Gliomas are the most common brain tumors. Although there have been many mutations associated with gliomas to date, IDH (Isocitrate Dehydrogenase) mutations have been identified as“driver mutations”and are seen in about 80 percent of cases. The number of mutations associated with gliomas has increased day by day. GWAS (Genome Wide Association Studies) has identified significant risk locis and important steps have taken to diagnosis of the disease. The aim of this project is to identify at the molecular level of the mechanism of action of the single nucleotide polymorphism (SNP) rs55705857 G allele,which was found by GWAS, which is located in the 8q24.21 region and is defined as the mostly related glioma allele, and demonstrates its association with the IDH1-R132H mutation. For this purpose, interactions with the risk allele in the immortalized human astrocyte (IHA) cells with and without IDH1-R132H mutation were identified and the candidate interactions that increase the susceptibility to gliomagenesis were determined. In addition, the risk allele was created in the IPSCs (Induced Pluripotent Stem Cells) by genome regulation and increase in the expression of MYC was observed. In addition, expression of MYC has also been found in 2- HG (2-hydroxyglutarate, oncometabolite of IDH-R132H mutations) treated IHA-R132H cells. Our results show that rs55705857 regulates expression of the MYC gene through long-range chromatin-chromatin interactions. The increase of MYC expression due to IDH1-R132H mutation / 2-HG may explain the 8q24-associated glioma risk being specific to IDH-mutant tumors. In conclusion, understanding the mechanism of glioma susceptibility sheds light on the early stages of tumor formation
Benzer Tezler
- Terkos havzasında tuzlu su girişimlerinin geçici elektromanyetik ve doğru akım özdirenç yöntemleriyle araştırılması
Investigation of saltwater intrusion in terkos basin using transient electromagnetic and direct current resistivity methods
AYÇA SULTAN ARDALI
Doktora
Türkçe
2014
Jeofizik Mühendisliğiİstanbul ÜniversitesiJeofizik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYSAN GÜRER
- Sıçan dalağında marjinal bölge makrofajlarının incelenmesi (ışık mikroskobu, enzimhistokimya gösterimleri)
Investigation of marginal zone macrophages at rat spleen (light microscopy, enzyme-histochemistry demonstrations)
DENİZ ERGENECİ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
1996
Histoloji ve EmbriyolojiAnkara ÜniversitesiHistoloji ve Embriyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NURŞEN SAYIN
- Deri ve yumuşak doku enfeksiyonu etkeni olan toplum ve hastane kaynaklı staphylococcus aureus izolatlarının antimikrobiyal duyarlılık durumlarının ve panton valentıne leukocıdın toksini sıklığının araştırılması
Investigation of panton valentine leukocidin toxin frequency and antimicrobial susceptibilities of community and hospital acquired staphylococcus aureus isolates related with skin and soft tissue infections
TÜLİN DEMİR
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2008
MikrobiyolojiSağlık BakanlığıTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DR. NİLAY ÇÖPLÜ
- Alloksan ile diyabet oluşturulmuş tavşanlarda resveratrolün endotel fonksiyonu üzerine etkisinin incelenmesi
Investigation of resveratrol on endothelial function in alloxan-induced diabetic rabbits
MEHMET BİLGEHAN PEKTAŞ
- Stabil dönem bronşektazi hastalarında balgam ve bronkoalveolar lavaj sıvısında kantitatif kültür yöntemi ile bakteriyel kolonizasyonun araştırılması
Investigation of lower respiratory tract colonisation in sputum and bronchoalveolar lavage fluid of patients with bronchiectasis in the stable period
NAGİHAN DURMUŞ KOÇAK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2004
Göğüs HastalıklarıSağlık BakanlığıGöğüs Hastalıkları ve Tüberküloz Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BENAN NİKU ÇAĞLAYAN