Investigation of GSTP1 promotor region methylation in peripheral bloods of prostate cancer
Prostat kanserli hastaların periferal kanlarında GSTP1 promotor bölge metilasyonunun araştırılması
- Tez No: 577703
- Danışmanlar: PROF. DR. TURGAY İSBİR
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Genetik, Moleküler Tıp, Genetics, Molecular Medicine
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2019
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Yeditepe Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Tıp Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 73
Özet
Bu projede, periferal kanda GSTP1 genine ait promotör bölge metilasyon analizinin mümkün olup olamayacağı araştırılmıştır. Bu amaçla, prostat kanserli hastalardan alınan periferal kanlardan DNA izolasyonu yapılmış ve elde edilen izolat kullanılarak GSTP1 genine ait promotor bölge metilasyonu incelenmiştir. İzole edilen DNA'ların bisülfit çevirim işleminden sonra metile ve metile olmayan DNA dizileri için tasarlanan primer çiftleri ve metilasyona özgü polimeraz zincir tepkimesi (MS-HRM) gerçekleştirilmiştir. Sonuç olarak bu metot ile periferik kandan elde edilen DNA izolatı incelendiğinde, lökosit gDNA'sının içerdiği yoğun miktarda metile olmayan DNA varlığı nedeniyle, GSTP1 genine ait promotor bölge metilasyonunun tespit edilemediği gözlenmiştir. Aynı DNA izolatları, yüksek hassasiyeti ve özgünlüğü sayesinde en doğru ve güvenilir araçlardan biri olarak bilinen ddPCR ile incelenmiş ve 65 adet örnekten 2 tanesinde GSTP1 geni promotor bölgesi metile olarak saptanabilmiştir. Bu çalışmada, GSTP1 promotor metilasyonunu saptayabilmek için kullanılan üçüncü metot ise nested PZT ve ardından MS-HRM yöntemlerini içeren kantitatif Nested-MS-HRM metodudur. Bu metodun kullanılmasındaki amaç lökosit gDNA'sına ait metile olmayan GSTP1 fragmentleri ile kıyaslandığında konsantrasyonu çok düşük olan tümörlü hücrelere ait metile GSTP1 fragmentlerinin kopya sayısının arttırılması ve metilasyonu saptamak için gerçekleştirilecek MS-HRM' in hassasiyetinin ve özgünlüğünün arttırılmasıdır
Özet (Çeviri)
In this project, it was investigated whether it is possible to analyse the promoter region methylation of GSTP1 gene in peripheral blood. For this purpose, DNA was isolated from peripheral blood of prostate cancer patients and the promoter region methylation of GSTP1 gene was examined by using the obtained isolate. After bisulfite modification of the isolated DNAs, Methylation Sensitive High-Resolution Melting (MS-HRM) was performed using primer pairs designed for methylated and unmethylated DNA sequences. As a result, when MS-HRM method applied to the peripheral blood DNA isolates, GSTP1 promoter methylation could not detected due to due to the presence of excessive amount of unmethylated leukocyte gDNA. The same DNA isolates were examined by ddPCR, which is known to be one of the most accurate and reliable tools due to its high sensitivity and specificity and 2 of 65 samples were detected as GSTP1 methylated. In this study, the third method used to detect GSTP1 promoter methylation was Nested MS-PCR method which consists of Nested PCR and MS-HRM. The purpose of this method is to increase the number of copies of methylated GSTP1 fragments released from the tumour cells which has very low concentration compared to unmethylated GSTP1 fragments of leukocyte gDNA and to increase the sensitivity and specificity of the MS-HRM to be performed to detect methylation. With this method, methylation was detected in the promoter region of GSTP1 gene in 9 of 65 samples.As a result of this study, although the sample could not be collected in accordance with ctDNA studies, it was shown that it is possible to detect promoter region methylation using appropriate methods.Bu yöntem ile toplamda 65 örnekten 9 tanesinde GSTP1 geni promotor bölgesinde metilasyon varlığı saptanmıştır. Bu çalışmanın sonucunda ctDNA çalışmalarına uygun olarak örnek toplanamamış olsa da uygun yöntemler kullanılarak promotor bölge metilasyonunun saptanabileceği gösterilmiştir.
Benzer Tezler
- Investigation of epigenetic profiles in exfoliated mammary epithelial cells retrieved from lactating women
Emziren kadınlardan elde edilen exfolye meme epitel hücrelerinin epigenetik profillerinin incelenmesi
MÜBECCEL ÖZGE ATASAYAN
- Meme kanserli dokularda GSTP1 VE CDH1 genlerinin MS-HRM yöntemi ile incelenmesi
Investıgatıon of GSTP1 and CDH1 genes in the tıssues wıth breast cancer by the method of MS-HRM
MİNE ERCİ
Yüksek Lisans
Türkçe
2011
GenetikEskişehir Osmangazi ÜniversitesiTıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. OĞUZ ÇİLİNGİR
- Meme kanserinde epigenetik değişim gösteren genlerde metilasyon paternlerinin bisülfid sekanslama yöntemiyle belirlemesi
Investigation of methylation patterns in epigenetically effected genes in breast cancer
SHOHREH ALİZADEH SHARGH
Doktora
Türkçe
2012
GenetikDokuz Eylül ÜniversitesiTıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MERAL SAKIZLİ
- Meme kanserlerinde epigenetik değişim gösteren genlerde metilasyon paternlerinin bisülfid sekanslama yöntemiyle belirlenmesi
Investigation of methylation patterns in epigenetically effected genes in breast cancers by
SHOHREH ALİZADEHSHARGH
Doktora
Türkçe
2012
GenetikDokuz Eylül ÜniversitesiTıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MERAL SAKIZLI
- Türk toplumunda GSTP1 gen polimorfizminin incelenmesi
The investigation of the GSTP1 gene polymorphism in a Turkish population
EMRE SOYDAŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2008
Eczacılık ve FarmakolojiAnkara ÜniversitesiFarmasötik Toksikoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MÜMTAZ İŞCAN
