Geri Dön

Leveraging the human kinome for anticancer agent cytotoxicity potency prediction

İnsan kinomunun hedef dışı ilaç etkileşimi tahmininde kullanılması

PDF İndir

  1. Tez No: 582744
  2. Yazar: MERİÇ KINALI
  3. Danışmanlar: PROF. DR. RENGÜL ATALAY, DR. ÖĞR. ÜYESİ AYBAR CAN ACAR
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Genetik, Genetics
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2019
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Enformatik Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoenformatik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 84

Özet

Kanser ölümcül hastalıklar arasında dünyada ikinci sırada yer almaktadır. Çesitli nedenlerle işlevleri değişen protein kinazlar görev aldıkları proliferasyon, anjiyojenez, invazyon, and metastaz gibi karsinogeneze temel oluşturan hücre aktivitelerini kontrol ederler. Karaciğer kanserinin en çok rastlanan türü olan Hepatosellüler karsinom (HSK) için tedavi olanakları sınırlıdır. Bu çalışmada, kinaz ailelerinin hassasiyetini belirlememizi sağlayan farklı HSK hücre hatlarından elde edilen sitotoksik bioaktivite değerlerini kullanarak bir regresyon modeli geliştirdik. Bu regresyon modelini kinazların filogenetik ağaç dallanma bilgisine göre düzenleyebilmek için insan kinom ağacındaki topolojisini kullandık. Kinaz inhibitörlerinin asıl hedefleri dışındaki yolakları da etkiledikleri bilinmektedir. Bu çalışmadaki amacımız regresyon modeli ile hesapladığımız hassasiyet değerlerini kullanarak kinaz inhibitörlerinin hedef-dışı etkilerini hesaplayabilmektir. Oluşturduğumuz regresyon modelinin performansını, KanSiL veri seti kullanarak test ettiğimizde, başarılı sonuçlar gözlemledik (medyan RMSE 2.5-4 %). Bir sonraki adımda, geliştirdiğimiz metodu diğer veri setlerine uyguladık (CCLE ve GDSC). Önerdiğimiz model ile yapılan analiz sonucunda kinaz inhibitörleri sahip oldukları RMSE değerine göre aykırı ve aykırı olmayanlar şeklinde gruplanmıştır. Son adım olarak aykırı olan kinaz inhibitör grubunun Mann-Whitney U test sonuçları, aykırı olmayan gruba göre anlamlı şekilde farklı bulunmuştur (p

Özet (Çeviri)

Cancer is the second deadly disease globally. Cell signaling cascades with altered protein kinase activities induce the majority of the hallmarks in cancer such as proliferation, angiogenesis, invasion, and metastasis. The major subtype of primary liver cancer, Hepatocellular carcinoma (HCC) has limited therapeutic options. In this study, we presented a regression model, which was applied initially on cytotoxic bioactivity data obtained from HCC cells treated with 120 kinase inhibitors called CanSyL dataset. The model then extended on publicly available datasets. The model uses human kinome tree topology-based classes of protein kinases. Small-molecule kinase inhibitors can act on other pathways by“off-target”or“pathway cross-talk”effects in addition to their previously reported targets. Our objective in this study was to predict these off-target effects as potential new targets by regularizing the regression space based on the kinome tree topology. Our regression model was tested on the CanSyL dataset by applying leave-one-out cross-validation and achieved promising predictions (median RMSE between 2.5-4 %) for the kinase inhibitor vulnerability matrix based on the regularization of the human kinome tree, with no bias in the estimates. Then we scaled up our approach to the public datasets (CCLE and GDSC). Some of the kinase inhibitors were identified as outliers based on their individual RMSE. They were significantly different from the kinase inhibitor groups that they belong to, according to the Mann-Whitney U test (p

Benzer Tezler

  1. Tez No

    905195

    Dinamik olmayan stokastik rezonans yöntemi kullanılarak su altı görüntülerinin iyileştirilmesi

    Underwater image enhancement using non-dynamic stochastic resonance

    RUSTAM SALIMOV

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    Fizik ve Fizik MühendisliğiSakarya Üniversitesi

    Fizik Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ HACI AHMET YILDIRIM

  2. Tez No

    908210

    Transhümanizm ve kelam ilmi bağlamında insan tasavvurları

    Human imaginations in the context of transhumanism and kalam science

    EDANUR ÖZYILMAZ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    DinSakarya Üniversitesi

    Temel İslam Bilimleri Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. RAMAZAN BİÇER

  3. Tez No

    492496

    Gene2Phen– A web-based tool to build, visualize and compare phenotype specific subnetworks

    Gene2Phen-Fenotipe özgü alt etkileşim ağlarının oluşturulması, görselleştirilmesi ve karşılaştırılması için web tabanlı bir araç

    BİLGESU ERDOĞAN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2018

    Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolKoç Üniversitesi

    Biyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ATTİLA GÜRSOY

    PROF. DR. ZEHRA ÖZLEM KESKİN ÖZKAYA

  4. Tez No

    289964

    İnsan hesaplama ve bilgisayar oyunları ile resim etiketleme

    Human computation and labeling image wtih computer games

    ENGİN ŞAHİN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2011

    Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolTOBB Ekonomi ve Teknoloji Üniversitesi

    Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. OSMAN ABUL

  5. Tez No

    876709

    Doğa temelli etkinliklerin ilkokul öğrencilerinin doğaya bağlılık ve ekolojik davranışlarına etkisinin incelenmesi

    Exploring the effect of nature-based activities on primary school students' connection to nature and ecological behaviours

    SEVİM BURÇİN GÜLTEKİN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    Eğitim ve ÖğretimTrabzon Üniversitesi

    Temel Eğitim Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. TANER ALTUN

Geri Dön