Doğuakdeniz bölgesi bağlarında asma sarı benek viroid-3'ün tanılanması
Detection of Grapevine yellow speckle viroid-3 in Eastern Mediterranean vineyards
- Tez No: 601540
- Danışmanlar: PROF. DR. NİHAL BUZKAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Ziraat, Agriculture
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2019
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Kahramanmaraş Sütçü İmam Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 36
Özet
Bu çalışma Asma sarı benek viroid-3 (Grapevine yellow speckle viroid-3, GYSVd-3) (Apscaviroid, Pospiviridae)'ün Doğu Akdeniz Bölgesinde bağ alanlarında tanılamak amacıyla yürütülmüştür. Doğu Akdeniz Bölgesindeki bağ alanlarından toplanmış asma yeşil yaprak ve sürgünlerinden izole edilen toplam nükleik asit (TNA), GYSVd-3 spesifik primerler kullanılarak RT-PCR (reverse transcription polymerase chain reaction) yöntemiyle testlenmiştir. Toplam 53 bağdan, 273 örnekte yapılan testlemelerde 31 örnekte (%11,35) GYSVd-3'ün 366 bç büyüklüğünde DNA bantları elde edilmiştir. Bölge bağlarında viroidin bulunma durumu en fazla Adana'dan alınan örneklerde %18,18 görülürken bunu Kahramanmaraş (%13,79), Mersin (%9,89) ve Hatay (%7,5) takip etmektedir. Pozitif örneklerin nükleik asit dizinleri, gen bankasında kayıtlı asma viroidleri dizinleriyle karşılaştırılarak filogenetik akrabalık ilişkileri incelenmiştir. Nükleotid dizinlerin gen bankasından alınan benzer dizinlerle karşılaştırması MEGA5 v. 05 yazılımındaki Clustal W program uygulanarak, Blastn programıyla karşılaştırılmıştır. Filogenetik ağaçta yer alan Türk izolatları, GYSVd-1 varyantlarıyla %90 düzeyinde (% 98'e varan), GYSVd-2 varyantlarıyla ise daha düşük seviyelerde (%90) benzerlik göstermiştir.
Özet (Çeviri)
In this study, Grapevine yellow speckle viroid-3 (GYSVd-3) (Apscaviroid, Pospiviridae) was investigated in grapevine in the eastern Mediterranean vineyards. Total nucleic acid (TNA) extracted from one-year old shoots and leaves was tested in RT-PCR (reverse transcriptase polymerase chain reaction) with viroid-specific primer pairs. Approx. 31 sample out of (%11,35) 273 from 53 vineyards gave DNA bands of 366 bp in size. The viroid had the highest incidence had in samples from Adana province (%18,18) followed by Kahramanmaraş (%13,79), Mersin (%9,89) and Hatay (%7,5). Nucleic acid sequences from DNA templates resulting positive for GYSVd-3 in PCR were evaluated for phylogenetic relationship with viroids and/or variants having nucleotide homology in GenBank. Multiple sequences were retrieved and phylogenetic relationship with other viroids and/or variants in Genbank was investigated using ClustalW and Blastn with MEGA5 v. 05 software. Turkish GYSVd-3 isolates had high nucleotide homology with GYSVd-1 variants around % 90-98. Its nucleotide homology was low with GYSVd-2 variants (
Benzer Tezler
- Doğu akdeniz ve güneydoğu anadolu bölgesi bağlarında otokton asma varyetelerinde bazı vıtıvırus (GVA, GVB) ve nepovirus (GFLV) grubu virüslerin genetik çeşitliliğinin araştırılması
Studies on genetic diversity of some viruses in the genus vitivirus (GVA, GVB) and nepovirus (GVFL) in autochthonous grape varities the vineyards in eastern mediterranean and southeast anatolia regions
SELİN CEREN BALSAK
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
ZiraatKahramanmaraş Sütçü İmam ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NİHAL BUZKAN
- Doğu Akdeniz ve Güneydoğu Anadolu bölgesi bağlarında otokton asma varyetelerinde yeni bir viroid türü: Australian grapevine viroid
A new viroid species in autochthonous grapevine varieties in the vineyards of Eastern Mediterranean and Southeast Anatolia regions: Australian grapevine viroid
DÖNE KILIÇ
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
ZiraatKahramanmaraş Sütçü İmam ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NİHAL BUZKAN
- Doğu Akdeniz ve Güneydoğu Anadolu bölgesi bağlarında otokton asma varyetelerinde asma yaprak kıvırcıklık ilişkili virüs-2 (GLRaV-2)'ün genetik çeşitliliğinin belirlenmesi
Molecular diversity of Grapevine leafroll-associated virus-2 (GLRaV-2) in autocthonous grapevine varities in Eastern Mediterranean and Southeast Anatolia regions
MERVE YAKAR
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
ZiraatKahramanmaraş Sütçü İmam ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
PROF. NİHAL BUZKAN
- Doğu Akdeniz jeopolitiğinde enerji denklemi bağlamında Türkiye-Libya ilişkileri üzerine bir analiz
Türkiye-Libya relations in the context of the energy equation in Eastern Mediterranean geopolitics
KÜBRA AYDIN
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
Uluslararası İlişkilerAkdeniz ÜniversitesiUluslararası İlişkiler Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HAYATİ AKTAŞ
- Doğu Akdeniz enerji jeopolitiğinin bölge güvenliğine etkisi
The role of Eastern Mediterranean energy geopolitics on the regional security
MELİS ÖZDEMİR
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
Uluslararası İlişkilerBahçeşehir ÜniversitesiKüresel Siyaset ve Uluslararası İlişkiler Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ZEKERİYA TÜZEN