Actin-like filament A (AlfA) and AlfA-driven plasmid segregation
Başlık çevirisi mevcut değil.
- Tez No: 602041
- Danışmanlar: DR. JUSTIN M. KOLLMAN
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyokimya, Biochemistry
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2018
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Unıversıty Of Washıngton
- Enstitü: Yurtdışı Enstitü
- Ana Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Özet yok.
Özet (Çeviri)
For a long time, the cytoskeleton was considered an exclusive feature of eukaryotic cells. In 1992, it was proposed that bacteria might contain actin and tubulin homologs. Cell biology and structural biology research within the last two decades led to a paradigm shift in our understanding of the cytoskeleton. Discovery of actin and tubulin homologs in bacteria that can form filaments upon nucleotide binding and their involvement in various cellular processes including cell shape determination, cell division, and DNA segregation led to a reconsideration of the evolutionary history of life. Actin-like filament A (AlfA) is a bacterial actin involved in plasmid segregation in Bacillus subtilis natto, and it is encoded by plasmid pLS32. In this dissertation, I investigate AlfA and the AlfA-driven segregation system, which is composed of the cytomotive AlfA filaments, the DNA-binding protein AlfB and the centromeric DNA sequence parN. We obtained a near-atomic resolution structure of an AlfA filament in the presence of AMP-PNP using cryo-electron microscopy (cryo-EM). We built an atomic model based on the electron density map and the sequence information to reveal the atomic details of filament formation. Sequence analysis suggested that AlfA is missing the canonical actin subdomain IIB, which we confirmed by our atomic model. Lack of subdomain IIB is compensated by increased lateral interaction surface area, which we confirmed by both cryo-EM and hydrogen-deuterium exchange mass spectrometry (HDX-MS). A comparison of AlfA structure with other actins revealed a unique nucleotide binding conformation, which causes AlfA to remain stable after nucleotide hydrolysis. In addition to the filament structure, we reconstituted the segresome (centromeric DNA-adaptor protein) complex in vitro and used it as a tool to investigate AlfA-AlfB interactions. We found that the segresome nucleates AlfA at low stoichiometric ratios while free AlfB increases the effective critical concentration by sequestering AlfA monomers. However, we found that both the segresome and free AlfB can prevent AlfA polymerization at the equimolar ratio and high stoichiometric ratios, respectively. Our crosslinking results suggest that AlfB interacts with AlfA through the same interaction surface to both sequester AlfA monomers and nucleate AlfA filaments.
Benzer Tezler
- Regulation of tau on septin3 in neuronal branching
Septin3' ün nöronal dallanma üzerindeki etkisinin tau tarafından düzenlenmesi
DİDEM BARAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2017
Biyolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
PROF. DR. ARZU KARABAY KORKMAZ
- Thermodynamic analyses of membrane proteins and Dynein-ATP interaction
Membran proteinlerinin ve Dinein-ATP etkileşiminin termodinamik analizleri
ELHAN TAKA
Yüksek Lisans
İngilizce
2019
Biyomühendislikİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
DR. ÖĞR. ÜYESİ MERT GÜR
- İzmir'de bazı yolların kapatılarak yaya bölgeleri oluşturma da kent peyzajını geliştirme açısından yeniden planlanması üzerinde araştırmalar
Başlık çevirisi yok
BAHAR TÜRKYILMAZ
Yüksek Lisans
Türkçe
1985
Şehircilik ve Bölge PlanlamaEge ÜniversitesiŞehir ve Bölge Planlama Ana Bilim Dalı
- Dokuma kumaşlarda örgü tipinin ham kumaşın boyutları ve geometrik özellikleri üzerindeki etkilerinin araştırılması
Başlık çevirisi yok
EMEL ÖNDER
Yüksek Lisans
Türkçe
1985
Tekstil ve Tekstil MühendisliğiEge ÜniversitesiTekstil Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. GÜNGÖR BAŞER